Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002702`

染色体: Chr07 坐标: 26398846-26402730 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002702`
名称	SmilChr07G002702
描述	protein PTST homolog 2, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	26398846 - 26402730 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995715`
GeneID	`130995715`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995715`
原始查询	`LOC130995715`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein PTST homolog 2, chloroplastic-like
产物	protein PTST homolog 2%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT1G27070` (AT1G27070) 5'-AMP-activated protein kinase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839596] identity=40.9; qcov=0.897; evalue=1.06e-101; confidence=medium
Rice	`Os03g0686900` (FLO6) - identity=37.2; qcov=0.922; evalue=9.75e-78; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF02922 (CBM_48); PF16561 (AMPK1_CBM)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995715

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057777093.1`
2	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.60000	`XP_057777093.1`
3	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.40000	`XP_057777093.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057777093.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057777093.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:26399164`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B99
`Chr7:26399321`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B100,C57,D4
`Chr7:26399367`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr7:26399595`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B99
`Chr7:26400069`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C39,C75,D7
`Chr7:26400200`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C39,C75,D7
`Chr7:26400426`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B136,B99
`Chr7:26400530`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C15,C21,C78
`Chr7:26400531`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A23,B86,C17
`Chr7:26400715`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B10,B107,C19,C82
`Chr7:26400717`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B106,B47
`Chr7:26400865`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777093.1

526 aa

263

526

AMPK1_CBM

PF16561 AMPK1_CBM 436-487 aa

XP_057777094.1

513 aa

256

513

CBM_48

AMPK1_CBM

PF02922 CBM_48 435-495 aa PF16561 AMPK1_CBM 436-512 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777093.1`	Pfam	`PF16561`	AMPK1_CBM	Family	436	487	1.4e-17	64.3	Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase
`XP_057777094.1`	Pfam	`PF02922`	CBM_48	Domain	435	495	7.6e-06	26.9	Carbohydrate-binding module 48 (Isoamylase N-terminal domain)
`XP_057777094.1`	Pfam	`PF16561`	AMPK1_CBM	Family	436	512	1.1e-19	71.1	Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921110.1
TCGCGGTTTTCAATAAGACAAGATTCCATTATGAATAACCGTCTCATTTATTTATGGATTACATAACAGTGAAATTAATTATTAATACAGTTAAACAATAAAATGCATTTACATAGAAGTACGAATTAAGCAACAGTTGAATTGGGCAGTTAATGGTGGTCACGCTTTTTCATGCTGCATTGTTCGTTGCTTACTCGTCAATTCCCTCTTCTTCTTCTTATTCTCTCTCCGCTTTCTTCTTCCATTCAACCAAGCACAAG...

XM_057921111.1
TCGCGGTTTTCAATAAGACAAGATTCCATTATGAATAACCGTCTCATTTATTTATGGATTACATAACAGTGAAATTAATTATTAATACAGTTAAACAATAAAATGCATTTACATAGAAGTACGAATTAAGCAACAGTTGAATTGGGCAGTTAATGGTGGTCACGCTTTTTCATGCTGCATTGTTCGTTGCTTACTCGTCAATTCCCTCTTCTTCTTCTTATTCTCTCTCCGCTTTCTTCTTCCATTCAACCAAGCACAAG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130995715
ATGCTATCCTTCACAGCTCACACCCAAATCCCAAGCTCAAACCTTCGCTTATCTTTCTTCAAGGTCAGTCTCGTCCCCGCTCTAATTCCCGCGTGGAAGTTCAAGAATCGGGACAACAAGTGTCAGAAATCGTTAAATTTGAGTTTCCGGTTGAATGAAGAGAGGCGGGCGCTCCAATTAGAGATAAATCTCGATAGGTCTTTGCGTTGCGGATGCCATAAGGACGTGGAGTTGGAGGCGGAGATAATGAATTTCATGGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057777093.1
MLSFTAHTQIPSSNLRLSFFKVSLVPALIPAWKFKNRDNKCQKSLNLSFRLNEERRALQLEINLDRSLRCGCHKDVELEAEIMNFMAQSEKPSMFPTKEELVRAGRFDLVIAVKKRGGWYSFGWDVENVEETTGSDIAEFQRRIESCKQSGSSDEGIVRSSPQNLDSLQLAASSSLDSCSSQQLAADEDSGIDGILSRLEKQRNSNFSGKLGRNGYEAQSKSKDERDDGHYDTPLGFGGTDLEENSRLMPSYHPNGMLDS...

XP_057777094.1
MLSFTAHTQIPSSNLRLSFFKVSLVPALIPAWKFKNRDNKCQKSLNLSFRLNEERRALQLEINLDRSLRCGCHKDVELEAEIMNFMAQSEKPSMFPTKEELVRAGRFDLVIAVKKRGGWYSFGWDVENVEETTGSDIAEFQRRIESCKQSGSSDEGIVRSSPQNLDSLQLAASSSLDSCSSQQLAADEDSGIDGILSRLEKQRNSNFSGKLGRNGYEAQSKSKDERDDGHYDTPLGFGGTDLEENSRLMPSYHPNGMLDS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器