Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003801`

染色体: Chr01 坐标: 56389668-56399008 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003801`
名称	SmilChr01G003801
描述	BAG-associated GRAM protein 1-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	56389668 - 56399008 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995718`
GeneID	`130995718`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995718`
原始查询	`LOC130995718`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	BAG-associated GRAM protein 1-like
产物	BAG-associated GRAM protein 1-like
Arabidopsis	`AT3G59660` (AT3G59660) C2 domain-containing protein / GRAM domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825135] identity=53.4; qcov=0.959; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os09g0516900` - identity=49.5; qcov=0.985; evalue=5e-180; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00168 (C2); PF02893 (GRAM); PF16016 (VASt)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995718

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	0.80000	`XP_057777099.1`
2	Cell membrane	细胞膜	0.40000	`XP_057777107.1`
3	Endosome	内体	0.40000	`XP_057777107.1`
4	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.20000	`XP_057777099.1`
5	Golgi apparatus	高尔基体	0.20000	`XP_057777099.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:56389955`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C16
`Chr1:56390038`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B114,B85,C56
`Chr1:56390063`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C15
`Chr1:56391103`	`AGT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C84
`Chr1:56391103`	`AGT`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C84
`Chr1:56392448`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A18,B114,B123,C76
`Chr1:56392853`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C14
`Chr1:56394034`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	4	B23,B78,C21,C53
`Chr1:56394034`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	4	B23,B78,C21,C53
`Chr1:56394067`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C27
`Chr1:56396682`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A4
`Chr1:56396811`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777099.1

656 aa

328

656

GRAM

VASt

PF00168 C2 78-174 aa PF02893 GRAM 275-349 aa PF16016 VASt 470-615 aa

XP_057777107.1

543 aa

272

543

GRAM

VASt

PF00168 C2 4-61 aa PF02893 GRAM 162-236 aa PF16016 VASt 357-502 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777099.1`	Pfam	`PF00168`	C2	Domain	78	174	2.6e-16	60.5	C2 domain
`XP_057777099.1`	Pfam	`PF02893`	GRAM	Domain	275	349	6.5e-17	62.1	GRAM domain
`XP_057777099.1`	Pfam	`PF16016`	VASt	Domain	470	615	1.1e-26	94.7	VAD1 Analog of StAR-related lipid transfer domain
`XP_057777107.1`	Pfam	`PF00168`	C2	Domain	4	61	1.2e-07	32.6	C2 domain
`XP_057777107.1`	Pfam	`PF02893`	GRAM	Domain	162	236	4e-17	62.8	GRAM domain
`XP_057777107.1`	Pfam	`PF16016`	VASt	Domain	357	502	7.7e-27	95.2	VAD1 Analog of StAR-related lipid transfer domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921116.1
TAAAATAATAATGCACGCTTAACTTTTCCCGACTTCTTTCTTCCTCAGTTCCTCCCTTCACCTCTCTCTGTGTAACTGTGTACACACATGCAGGAAAGCCTTTCCCTATATATCATGCACACAGTAGCGCACGCACCGAGTGTGTTGTTGCGTGCTGATCTAGCTCACGCCTCTGCGCATTTGTATGAGGTTTTTTGCATTGCGGTGCCAAACTCCTTTTACATTTCGTAAAATTTGAGTGATTTTTTGGAGGGGGAATG...

XM_057921124.1
TGCAGAAAAGCGCTTAAGGTGATTGATCTCTCTGGCCTCTCTAAAGCACTCCTGGGCAAGATTTTGGAATAAGCATGCCACATTCCTCTTTTCTATGGTATCTGGCTCAAGAAATCCTATTTGGAGGGAGGGGTTCAATTTTGTAGTGGACGAGCTCCCTGTTGAGATTAAAGTGACAGTTTATGGTTGGGATATAATTCGAAGAAGTACAGTTCTTGGTTCTGTGAATATTTCTGTTGAACAAGAAGGTCAAACTGGTG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130995718
ATGCTGGTGCTGGAGGCTTTGATCGAGTTTCTGCTGCCGTCATGGTCGGAGGTGCAAGTCTCCGTGGCGGCGGCGGCGCTGGTGTTGGCGGCGTACTGGTTCTTAACCGTCACCGCTGGTGCGGATGAGCGGACTCTCGTGGATGGTTCCGCGAGCGTGGCGAATGTGAATGATGGCAGAGAAGTGGTGGATCAGTATAAAAGAGATCTTCAGAGAAATTTAGTGTATTTAATTAAGGTGGAGCTCTTAGCAGCTAAGAA...

LOC130995718
ATGGTATCTGGCTCAAGAAATCCTATTTGGAGGGAGGGGTTCAATTTTGTAGTGGACGAGCTCCCTGTTGAGATTAAAGTGACAGTTTATGGTTGGGATATAATTCGAAGAAGTACAGTTCTTGGTTCTGTGAATATTTCTGTTGAACAAGAAGGTCAAACTGGTGCGATGTGGTATGCATTGGATACTGCATCGGGACAGGTATGTCTTCACATTAAGACCATCCAACTTCAGATGGACTCTTCCAGGGAGTTTGATAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057777099.1
MLVLEALIEFLLPSWSEVQVSVAAAALVLAAYWFLTVTAGADERTLVDGSASVANVNDGREVVDQYKRDLQRNLVYLIKVELLAAKNLIGVNLNSTSDPYAIISCGAEKRLSSMVSGSRNPIWREGFNFVVDELPVEIKVTVYGWDIIRRSTVLGSVNISVEQEGQTGAMWYALDTASGQVCLHIKTIQLQMDSSREFDKKTFTEETAISWRESEQGIAGIKRVGVMLQMSASKRSTPDGTNISRGMNGCPDANVQRKGL...

XP_057777107.1
MVSGSRNPIWREGFNFVVDELPVEIKVTVYGWDIIRRSTVLGSVNISVEQEGQTGAMWYALDTASGQVCLHIKTIQLQMDSSREFDKKTFTEETAISWRESEQGIAGIKRVGVMLQMSASKRSTPDGTNISRGMNGCPDANVQRKGLSKEPMVPYQKHGPLQTIFSLLSDEVVVHSYSCSLEISFLYHGRMYVSARHICFHSNVFSKQIKVIIPFGDIKEIRKSQHALINPSITIILREGTGGHGLPPLGNADGIIRYKF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器