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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002718

染色体: Chr07 坐标: 26640792-26648171 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002718
名称SmilChr07G002718
描述uncharacterized SmilChr07G002718
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向26640792 - 26648171 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995728
GeneID130995728
locus_tag-
NCBI NameLOC130995728
原始查询LOC130995728

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995728

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057777111.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057777111.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777111.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777111.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777111.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:26645587 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B58,C17,C54
Chr7:26645602 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 9 B110,B33,B38,B39,B78,C20,C23,C75,D1
Chr7:26645610 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B58,C17,C54
Chr7:26645611 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B120,B32,B49,C35
Chr7:26645637 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B110,B95,C46,C56
Chr7:26645641 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B35,C24,C35
Chr7:26645679 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr7:26645686 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B2,B40,B45
Chr7:26645718 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,D6
Chr7:26645738 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B28,B58,C78,D11
Chr7:26645739 A AT 1bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 9 B31,B34,B42,B43,C17,C19,C25,C87,D1
Chr7:26645797 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921128.1
TAGAATATTAAATCTAGGTCTGGCGTCTCCAGCTAGGTTATATTTTAATAAGAGAAATAAGCAGGTCTGGCGTCTCCAGCTAGGTTATATTTTAATAAGAGAAATAAGCAGGTCTGGCGTCTCCAGCTGTTTATCGACACAGTAAGTAGGAATTGGGGTACGTCCGTTGCGTTTCACGGTATCCTATAACTGGTTGGTTGATAGGGATTAATTAATCATTGCGTCAATGATCAGAGTCATTAAATTAATATGGATTTATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995728
ATGGTTGAACCCAGTGCTTCTACTGCGGAAGATGATCTGTTTGCCCAAACGGATCCTGATTCAGAGGCAGAAACAAAAACCGAAGAAGATCCTAAATCTATTTTTATGACTGTGATTGATCCTTTGATTGATGATTTTGTTGCGAATTTCAGGGAAGAGGAGCTCGAGCAAGTTATTTTTAGTGTGCTGAATGACGAGGATGCCAAAACAGAGGAGAATGACGCTATTCGAGAGATTATCATACAGTTGTACTCCATTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777111.1
MVEPSASTAEDDLFAQTDPDSEAETKTEEDPKSIFMTVIDPLIDDFVANFREEELEQVIFSVLNDEDAKTEENDAIREIIIQLYSIDEIPIRHLSSRMPKSTSSEPTVVKPLELDLKEVGFGCHFEDSGEFGVKLDTMLSVVELTAILEIDGGFDLLQIPAIVSLSITPPPKPTPAISTRMSPPETPLPPRPPPEPPPSAFCRHLHKAACTVMSFPCV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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