当前解析结果
SmilChr07G002722| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002722 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002722 |
| 描述 | subtilisin-like protease SBT4.3 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 26706457 - 26707788 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130995731 |
|---|---|
| GeneID | 130995731 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995731 |
| 原始查询 | LOC130995731 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | subtilisin-like protease SBT4.3 |
| 产物 | subtilisin-like protease SBT4.3 |
| Arabidopsis | AT5G59190 (AT5G59190)subtilase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836037] identity=56.8; qcov=0.845; evalue=8.45e-40; confidence=medium |
| Rice | Os08g0326700 (OsSub55)- identity=47.5; qcov=0.824; evalue=1.52e-31; confidence=medium |
| GO | GO:0004252 (serine-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00082 (Peptidase_S8) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995731 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057777115.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057777115.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057777115.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057777115.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057777115.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:26706817 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 58 | A11,A22,A25,B102,B104,B105,B106,B11,B110,B111,B113,B114,B120,B121,B123,B125,B126,B132,B133,B17,B18,B25,B30,B36,B42,B43,B46,B47,B48,B49,B5,B60,B62,B66,B79,B84,B89,B91,B93,C10,C14,C22,C23,C24,C27,C30,C36,C37,C47,C50,C52,C59,C7,C72,C79,C86,C9,D11 |
Chr7:26706854 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B35 |
Chr7:26706927 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 7 | A2,A3,B14,B35,B56,B96,C10 |
Chr7:26706977 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C67 |
Chr7:26707010 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C15,C21,C78 |
Chr7:26707226 |
ATT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B34 |
Chr7:26707226 |
ATT |
A |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B34 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057777115.1PF00082
Peptidase_S8 1-51 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057777115.1 |
Pfam | PF00082 |
Peptidase_S8 | Domain | 1 | 51 | 1.5e-09 | 38.3 | Subtilase family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。