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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002723

染色体: Chr07 坐标: 26719902-26721853 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002723
名称SmilChr07G002723
描述uncharacterized SmilChr07G002723
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向26719902 - 26721853 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995734
GeneID130995734
locus_tag-
NCBI NameLOC130995734
原始查询LOC130995734

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述DGCR14-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819970]; symbol=AT3G07790; hit=AT3G07790; species=arabidopsis; confidence=high
产物DGCR14-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819970]; symbol=AT3G07790; hit=AT3G07790; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G07790 (AT3G07790)
DGCR14-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819970]
identity=63; qcov=0.992; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0502900
-
identity=57.2; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GOGO:0071013 (catalytic step 2 spliceosome)
KEGG-
PfamPF09751 (Es2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995734

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057777116.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057777116.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777116.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057777116.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057777116.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:26720113 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:26720125 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,A18
Chr7:26720368 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,B73
Chr7:26720394 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr7:26720586 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B86
Chr7:26720758 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,B99
Chr7:26720806 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B107,C19,C82
Chr7:26720864 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B70,C40,C55
Chr7:26720881 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,C26,C71
Chr7:26721221 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr7:26721364 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr7:26721388 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777116.1
518 aa
N
1
259
518
Es2
C
PF09751 Es2 47-458 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777116.1 Pfam PF09751 Es2 Family 47 458 2.9e-101 341.0 Nuclear protein Es2

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921133.1
AGGCGACCAAGCTTGGCGGGTGTATACGCGTCACGCGTTCTGCATCCAGTTCCATAACACCAAAATTCTCTTCTGATTTCCCCCAAATTCCCAAACCCTAATTCATTCAATTTCTGCTTCTTCTCCTTCCTCCCGCCGCATCTCTCACTGAAACAATCATGCTGTTATCCCCAGGCCACTCGCCCCGCCACCTCTCCACGCCTTCCCCCGCCCCTTCCGATGCCAACCTTAACCCTAATTCATCCGATCTCAACTCTTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995734
ATGCTGTTATCCCCAGGCCACTCGCCCCGCCACCTCTCCACGCCTTCCCCCGCCCCTTCCGATGCCAACCTTAACCCTAATTCATCCGATCTCAACTCTTCAACGCCCGATTTCGCCACCCGAAAGCGCCGCCGTGGGCCCGCCGTTCTAGACGAAGATGCGTACGTAGCCGCAATCGAGAAGATCATCGAGCGAGACTTTTTCCCTGACATCCCCAAGCTGCGCGATCGCCTCGATTGGCTGCAGGCCATTCGCAGCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777116.1
MLLSPGHSPRHLSTPSPAPSDANLNPNSSDLNSSTPDFATRKRRRGPAVLDEDAYVAAIEKIIERDFFPDIPKLRDRLDWLQAIRSRDPVLIRDAQLKILERRRIRKGEKSAADASLRSATATPGSSFLRNSSITPSLYNEHKENLASDKIDGGDDGGEEQVDVSVSLDEFFRRYTSEDNESFSKLVEKVNRKKKEKYGYLLEFDSAEGNSGNKLIEDGNKREKSNTDGYGTSDQPVSTLEGWKYTAKNLLMYHPADRGE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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