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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002738

染色体: Chr07 坐标: 26889998-26893429 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002738
名称SmilChr07G002738
描述UDP-galactose/UDP-glucose transporter 3
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向26889998 - 26893429 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995750
GeneID130995750
locus_tag-
NCBI NameLOC130995750
原始查询LOC130995750

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-galactose/UDP-glucose transporter 3
产物UDP-galactose/UDP-glucose transporter 3
ArabidopsisAT1G14360 (UTR3)
UDP-galactose transporter 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837998]
identity=84.6; qcov=0.997; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0593100
-
identity=72.5; qcov=1.01; evalue=2.64e-170; confidence=high
GOGO:0000139 (Golgi membrane); GO:0005459 (UDP-galactose transmembrane transporter activity); GO:0005460 (UDP-glucose transmembrane transporter activity); GO:0005789 (endoplasmic reticulum membrane); GO:0072334 (UDP-galactose transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF08449 (UAA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995750

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057777138.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057777138.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.60000 XP_057777138.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777138.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777138.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:26892410 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr7:26892429 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,A18
Chr7:26892863 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:26893075 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,A18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777138.1
332 aa
N
1
166
332
UAA
C
PF08449 UAA 15-317 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777138.1 Pfam PF08449 UAA Family 15 317 2.9e-77 260.6 UAA transporter family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921155.1
GACCCGAATTTAATCTGCACCGGAGCAGTCAAATGTAGAGTCTGCTTCGTCTCAACCAATCACATCGTGCTCCAACTCACTCCATCCACTAATAAGTTGCCACGTGGAGAGAAACAGTTGATCCCCACTTGGCCTCTACAAAATTCGCTCGCCATACCAATAGGCAAACACGGAATATTCTCGTACGTACCGCCGTGGCAAAGAAATAGAAATATCACCGGTCAATTCGTACGGCGGCGATCTGGTTTTCCGGCCAACCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995750
ATGGAGTCTCATGGCTCCGGACTCCGCCGCGTGTTGCTTCTGGCATTTTGTATCTCCGGGATTTGGGCGGCTTATATTTATCAAGGCGTCCTGCAAGAAACTCTGTCGACGAAGAGATTCGGTCTTGATGGAAAGAGGTTTGAGCACTTGGCTTTCTTGAATCTTGCTCAAAGTGTAGTGTGCTTGATATGGTCATTTATGATGATAATAATTTGGTCGGATGGTGGAAAGGGTGGTGCTCCGTGGTGGAGCTATTGGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777138.1
MESHGSGLRRVLLLAFCISGIWAAYIYQGVLQETLSTKRFGLDGKRFEHLAFLNLAQSVVCLIWSFMMIIIWSDGGKGGAPWWSYWSAGITNTIGPAMGIEALKYISYPAQVLAKSSKMIPVMLMGALVYGIKYTVPEYVCTLLVAGGVSIFALSKTSSKTISKLARPNAPLGYGLCFLNLAFDGFTNATQDSLTARYPKTNAWNMMLGMNLWGTIYNMVFMFGWPGAIGYDAVQFCQKHPEAAWDIFLYCLCGAVGQNF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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