Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002763`

染色体: Chr07 坐标: 27485701-27490454 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002763`
名称	SmilChr07G002763
描述	uncharacterized SmilChr07G002763
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	27485701 - 27490454 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995775`
GeneID	`130995775`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995775`
原始查询	`LOC130995775`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ran guanine nucleotide release factor, putative (Mog1/PsbP/DUF1795-like photosystem II reaction center PsbP family protein) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843304]; symbol=AT1G69680; hit=AT1G69680; species=arabidopsis; confidence=high
产物	ran guanine nucleotide release factor, putative (Mog1/PsbP/DUF1795-like photosystem II reaction center PsbP family protein) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843304]; symbol=AT1G69680; hit=AT1G69680; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G69680` (AT1G69680) ran guanine nucleotide release factor, putative (Mog1/PsbP/DUF1795-like photosystem II reaction center PsbP family protein) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843304] identity=70.3; qcov=1; evalue=4.52e-103; confidence=high
Rice	`Os04g0459600` - identity=67.7; qcov=0.98; evalue=1.95e-92; confidence=high
GO	GO:0005085 (guanyl-nucleotide exchange factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006606 (protein import into nucleus); GO:0031267 (small GTPase binding)
KEGG	-
Pfam	PF04603 (Mog1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995775

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057777167.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057777167.1`
3	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057777167.1`
4	Nucleoplasm	核质	0.40000	`XP_057777167.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057777167.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:27485919`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B100,C15,C21,C57,D4
`Chr7:27485972`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A3
`Chr7:27486204`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D1
`Chr7:27486326`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B129,B21,C26,C71
`Chr7:27488405`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A14,B2,B34,B45,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777167.1

202 aa

101

202

Mog1

PF04603 Mog1 10-150 aa

XP_057777168.1

202 aa

101

202

Mog1

PF04603 Mog1 10-150 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777167.1`	Pfam	`PF04603`	Mog1	Domain	10	150	1.1e-40	140.0	Ran-interacting Mog1 protein
`XP_057777168.1`	Pfam	`PF04603`	Mog1	Domain	10	150	1.1e-40	140.0	Ran-interacting Mog1 protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921185.1
GGAACCAAAAAGCCCAAAATTTGATTTAATAATTTCGAAAAATGATGATAAAGCAGTACTTCACTTTTTATTTTTCTATGCGCCTCTCTTCACTTTCCCTAATCTCTCAAACTCTGCAAATTAAGAATCCGGCGCATCCAACTTATACTGTCGTCTCCAACTCGTCAACTCCCTCAAGGCTCAACGACTTCATCTAGGCCACACATAATCACGTCTATTTGTTGTTTTCACTCTTTCCCGGTCTCTCTCTGTCGTCCGAC...

XM_057921184.1
TTCACTTTTTATTTTTCTATGCGCCTCTCTTCACTTTCCCTAATCTCTCAAACTCTGCAAATTAAGAATCCGGCGCATCCAACTTATACTGTCGTCTCCAACTCGTCAACTCCCTCAAGGCTCAACGACTTCATCTAGGCCACACATAATCACGTCTATTTGTTGTTTTCACTCTTTCCCGGTCTCTCTCTGTCGTCCGACGTAGCCGCCGCCTAGCCCTCGCCGGCTTGCCTCGTCTCCTTCGATCGACGGCAGAAGTG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130995775
ATGCCTGAGGATTTATGCATTCAACACGCTCTCTTCGGTGGCGCTATCTCCTCCACCTTCCCGCTCCGCTTCCAGGACATAAGCAACATACGCCAAGTTCCTGATCATCAGGAGGTTTTTGTTGATCCAACGCGTGACGAGAGCTTGATATTTGAGCTCCTCGACTTGAAGACGGATGTGGCAGATCACGGAAGTGCCACATGGTTTCTTCAAGACTTGGCTAATGAGCAAGATGCTGAAGGAACAATGGTGCTAGAACA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057777167.1
MPEDLCIQHALFGGAISSTFPLRFQDISNIRQVPDHQEVFVDPTRDESLIFELLDLKTDVADHGSATWFLQDLANEQDAEGTMVLEQSGVFEADGLRFRSSPAVITTAIGQMGISKGRQGRDAQNLVKVYLANLRLKDVGTDVLITAYEPVTINPLSESAATVGAGLAVPAAQSGCMPMEEVFRGAVSSFKVNDWSLFGAVA

XP_057777168.1
MPEDLCIQHALFGGAISSTFPLRFQDISNIRQVPDHQEVFVDPTRDESLIFELLDLKTDVADHGSATWFLQDLANEQDAEGTMVLEQSGVFEADGLRFRSSPAVITTAIGQMGISKGRQGRDAQNLVKVYLANLRLKDVGTDVLITAYEPVTINPLSESAATVGAGLAVPAAQSGCMPMEEVFRGAVSSFKVNDWSLFGAVA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器