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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002809

染色体: Chr07 坐标: 28082391-28089788 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002809
名称SmilChr07G002809
描述anaphase-promoting complex subunit 2
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向28082391 - 28089788 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995786
GeneID130995786
locus_tag-
NCBI NameLOC130995786
原始查询LOC130995786

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述anaphase-promoting complex subunit 2
产物anaphase-promoting complex subunit 2
ArabidopsisAT2G04660 (APC2)
anaphase-promoting complex/cyclosome 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815008]
identity=65.8; qcov=0.99; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0484800 (APC2)
-
identity=63.4; qcov=0.969; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005680 (anaphase-promoting complex); GO:0006511 (ubiquitin-dependent protein catabolic process); GO:0031625 (ubiquitin protein ligase binding)
KEGGsmil04120 (Ubiquitin mediated proteolysis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF08672 (ANAPC2); PF25773 (TPR_ANAPC2); PF26557 (Cullin_AB)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995786

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057777181.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057777181.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057777181.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777181.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777181.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:28082506 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B106
Chr7:28083066 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B126,B135,C33
Chr7:28084971 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B137,C17,C45
Chr7:28085183 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B42,C52
Chr7:28085835 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D9
Chr7:28085908 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B6,C35,C40
Chr7:28086471 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D9
Chr7:28087327 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B5,B62,B84,C79
Chr7:28087333 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr7:28089472 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777181.1
883 aa
N
1
442
883
TPR_ANAPC2
Cullin_AB
ANAPC2
C
PF25773 TPR_ANAPC2 355-463 aa PF26557 Cullin_AB 649-761 aa PF08672 ANAPC2 821-878 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777181.1 Pfam PF25773 TPR_ANAPC2 Repeat 355 463 1.1e-41 142.0 ANAPC2-like, TPR repeats
XP_057777181.1 Pfam PF26557 Cullin_AB Domain 649 761 4.4e-14 53.4 Cullin alpha+beta domain
XP_057777181.1 Pfam PF08672 ANAPC2 Domain 821 878 3.3e-23 82.6 Anaphase promoting complex (APC) subunit 2

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921198.1
CTGTGTTTTTCGACACACTGTTTCAAAAGGTTAGAAATGGCGAGATTGAGTAATGGCAGAAATTATGGCGCGCTGAAGCACATACCTCGACAATCCCTCCTTATAATTCCTTTTTCAAATTTATTATGTATTGAAGTTCGCCGAGTCGAAGTGATTTTTGAAATTATGTACTGGTTAAGTAAATGCTTTGATTCGTAGTTCAAGCTAAAATTCTTTTCGTTTTTCTTTTTTCAAATTTATTTTTGTCAAAATGGCGGCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995786
ATGGCGGCGACGAAGGGTTCGTCATCGTCGCCGATGTGTAATTTGGCGGTTTTGGATTCTTTGAGTGAAAACTCAATCGGAGAAATGGCGGATAGCTGGAATGCGTTTTGCGCAGCAACAGAAGCGCTGCTTAGAGGCGATGAAAATTTGTCGTTCGCTTCTGATATCGTGCCACGTGTTCGAAATCTTTGCGTTCATGGGCTCCAGTCACTGATCGTCGAGCACTTCCTTTGCTCTGTGGAGAAAATATTTGAGAAAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777181.1
MAATKGSSSSPMCNLAVLDSLSENSIGEMADSWNAFCAATEALLRGDENLSFASDIVPRVRNLCVHGLQSLIVEHFLCSVEKIFEKNGALRFWKHFDAYSKLVVLDMEDMDQQGEMQNVLHTALQQISSEKQYQEKCLLVLIQALEMCRDIKPTETAHSDAERNYLLSKYQLIVTSVLMASLPRHFPDVLQWYFKGQLEELSAMMATGSEYDNKLNVDDEGDLDCRRMEMDIDENHHQRIILGNNKLVKNIGEVVRDLRN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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