Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002824`

染色体: Chr07 坐标: 28293124-28297669 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002824`
名称	SmilChr07G002824
描述	phosphate transporter PHO1 homolog 3-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	28293124 - 28297669 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995789`
GeneID	`130995789`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995789`
原始查询	`LOC130995789`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	phosphate transporter PHO1 homolog 3-like
产物	phosphate transporter PHO1 homolog 3-like
Arabidopsis	`AT1G14040` (AT1G14040) EXS (ERD1/XPR1/SYG1) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837965] identity=62.3; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0110100` (Pho1) - identity=33.3; qcov=1.05; evalue=1.32e-148; confidence=low
GO	GO:0000822 (inositol hexakisphosphate binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0005802 (trans-Golgi network); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006817 (phosphate ion transport); GO:0015114 (GO:0015114); GO:0016036 (cellular response to phosphate starvation)
KEGG	-
Pfam	PF03105 (SPX); PF03124 (EXS)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995789

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057777194.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057777194.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057777194.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057777194.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057777194.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:28293932`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C57
`Chr7:28294116`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B106,B51
`Chr7:28294265`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B91
`Chr7:28294403`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B107,C81,D10,D9
`Chr7:28294780`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C15,C21
`Chr7:28294922`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B103
`Chr7:28295600`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C41
`Chr7:28295636`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C81
`Chr7:28295648`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B12
`Chr7:28295753`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B107,D10,D9
`Chr7:28295863`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B82
`Chr7:28295899`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B128,C17,C45,C61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777194.1

797 aa

398

797

SPX

EXS

PF03105 SPX 1-346 aa PF03124 EXS 435-771 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777194.1`	Pfam	`PF03105`	SPX	Domain	1	346	2.7e-78	265.1	SPX domain
`XP_057777194.1`	Pfam	`PF03124`	EXS	Family	435	771	2e-102	343.6	EXS family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921211.1
GTTGATAAATTATTTTTTCCTTTGAGGGGGTGGGACGGGGAAGAACCCTAGACCTCGTCTGCCTTTTGGACGTCTCTCCGAAGAAATCCAAAAGGATCTGTGTCTGCATGCCCTGCACAACACAACCATGCATGATTAAGCTAGCTAAGAAAATCTGTCACCCAAAAAAAAAAAAACCATGAAGTTTGGTAAGGAATTTGCCTCACAAATGGTGCCAGAATGGCAAGAAGCATACACAGATTATGAGTACTTGAAAACTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995789
ATGAAGTTTGGTAAGGAATTTGCCTCACAAATGGTGCCAGAATGGCAAGAAGCATACACAGATTATGAGTACTTGAAAACTCTTGTAAAAGAAATCGAAATATTCAAGCAAAGAACGAGAGCGGAGAAGGCGGCTGGTCCGAGGCGAAGCCACACTCTGTACAGAGCCTTCAGTGGGCTAACACAGAGGGTGAACTCTCCAAGAGCTCATCAGGCTGCTGCAGCTGACATAGAGAATCAAGCCATTCTGGTGCAGAGCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057777194.1
MKFGKEFASQMVPEWQEAYTDYEYLKTLVKEIEIFKQRTRAEKAAGPRRSHTLYRAFSGLTQRVNSPRAHQAAAADIENQAILVQSVRRDGEERSETMFLMAADDGGEYELVYFKRLDDEFNKVLKFYRLKVDEVMKEAAVLNKQMEALIAFRVKVEHPQGWTTSVEETTQLASDAAASSAALFANTPSAVKASRRVPMAVIDEEGSMPGSQGQSDESQGDRKDGNNETMRPVNARIQELKQNDIKAKRPAPLEILKRVK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器