Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002808`

染色体: Chr07 坐标: 28079894-28081759 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002808`
名称	SmilChr07G002808
描述	methyltransferase FGSG_00040
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	28079894 - 28081759 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995794`
GeneID	`130995794`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995794`
原始查询	`LOC130995794`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	methyltransferase FGSG_00040
产物	methyltransferase FGSG_00040
Arabidopsis	`AT1G26760` (SDG35) SET domain protein 35 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839217] identity=55.2; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0168700` (OsSET14) - identity=44.4; qcov=0.987; evalue=1.25e-145; confidence=medium
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00856 (SET)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995794

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057777201.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057777201.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057777201.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057777201.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057777201.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:28080198`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107
`Chr7:28080203`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B2,C32,C68
`Chr7:28080309`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr7:28080778`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B138
`Chr7:28080808`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B2,C32,C68,C81
`Chr7:28080872`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B59
`Chr7:28080872`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B59
`Chr7:28081393`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B138
`Chr7:28081547`	`ATC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C82
`Chr7:28081547`	`ATC`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C82
`Chr7:28081592`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777201.1

539 aa

270

539

SET

PF00856 SET 200-370 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777201.1`	Pfam	`PF00856`	SET	Family	200	370	1.5e-15	58.2	SET domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921218.1
AAAAGGATAATTACTATCCAATTCGACCGTTACATTTCCTTGAGATTCAAACTTTCATCTCCACAAGTAGGTAAAAACTGCACAAATATTTCCAAAGCACTCAACCACGAAAAACAAAAATAAAAATGAGAGAAACAGAAATATCAAAGGAGGAAGAGATGGAATTTGCAGTAGACGAGGAGGAAGAAGAAGAGATAATTAAAAATCTGAGATCCAAAGCCACAGAGCTTCTCCTGAGAGAGGAATACAAAGAGTCGTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995794
ATGAGAGAAACAGAAATATCAAAGGAGGAAGAGATGGAATTTGCAGTAGACGAGGAGGAAGAAGAAGAGATAATTAAAAATCTGAGATCCAAAGCCACAGAGCTTCTCCTGAGAGAGGAATACAAAGAGTCGTTGAAAACCTACTCCGAAATCATCTCTCTCTGCCAAGAAACCATTTCTAAATCCAATGAACCCCGCCTCTCAAATCTCCGACGAACCCTCTGCTTGGCCTTCTCCAACCGGGCTGAGGCCCGGGCCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057777201.1
MRETEISKEEEMEFAVDEEEEEEIIKNLRSKATELLLREEYKESLKTYSEIISLCQETISKSNEPRLSNLRRTLCLAFSNRAEARARQSEFSEALRDCEAALSIDKSHFKTLLCKGRILLSLNRYTAALDCFKQANLDPHATHNSDMVNGLLTKCKKLQSLSRGGAFDISDWVLGGFRGKTPELAEFIGAVEIKKSDISGRGLFATRNVESGTLMVVTRAVAVDRAIMPQDSGENAHLVIWKNFIDKVVETAKKCEHVSS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器