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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002802

染色体: Chr07 坐标: 28009264-28011358 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002802
名称SmilChr07G002802
描述cytochrome P450 704B1
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向28009264 - 28011358 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995798
GeneID130995798
locus_tag-
NCBI NameLOC130995798
原始查询LOC130995798

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytochrome P450 704B1
产物cytochrome P450 704B1
ArabidopsisAT1G69500 (CYP704B1)
cytochrome P450, family 704, subfamily B, polypeptide 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843283]
identity=72.9; qcov=1.06; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0168600 (CYP704B2)
-
identity=67.6; qcov=1.05; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGGsmil00071 (Fatty acid degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00073 (Cutin, suberine and wax biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995798

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057777207.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057777208.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777207.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777207.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777207.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:28009432 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:28009516 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:28009528 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B121,B25,B30,B85
Chr7:28010009 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:28010061 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr7:28010892 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777207.1
506 aa
N
1
253
506
p450
C
PF00067 p450 27-500 aa
XP_057777208.1
493 aa
N
1
246
493
p450
C
PF00067 p450 27-487 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777207.1 Pfam PF00067 p450 Domain 27 500 1.1e-67 229.6 Cytochrome P450
XP_057777208.1 Pfam PF00067 p450 Domain 27 487 1.2e-57 196.5 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921224.1
CACCATCACTTTTCTTTTCATTTTTCTGAAAAGAAAAGAAAAGAAAGCAATGCAAATACTAGTGATATCTGTTTGCATGCTATTTGCATGGCTATTCATCCACAGAGTGAAGCAAAGAGGCTGTAAAGGGCCCAAAACATGGCCCTTTCTGGGAGCCGCCGTGGAACAGCTGATGAACTACAACGTCATGCACGATTGGATCCTCAACTACTTAACGGCCTCAAGAACCGTCGTCGTCCCCATGCCTTTCTCCACCTACA...
XM_057921225.1
ACCATCACTTTTCTTTTCATTTTTCTGAAAAGAAAAGAAAAGAAAGCAATGCAAATACTAGTGATATCTGTTTGCATGCTATTTGCATGGCTATTCATCCACAGAGTGAAGCAAAGAGGCTGTAAAGGGCCCAAAACATGGCCCTTTCTGGGAGCCGCCGTGGAACAGCTGATGAACTACAACGTCATGCACGATTGGATCCTCAACTACTTAACGGCCTCAAGAACCGTCGTCGTCCCCATGCCTTTCTCCACCTACAC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130995798
ATGCAAATACTAGTGATATCTGTTTGCATGCTATTTGCATGGCTATTCATCCACAGAGTGAAGCAAAGAGGCTGTAAAGGGCCCAAAACATGGCCCTTTCTGGGAGCCGCCGTGGAACAGCTGATGAACTACAACGTCATGCACGATTGGATCCTCAACTACTTAACGGCCTCAAGAACCGTCGTCGTCCCCATGCCTTTCTCCACCTACACCTACATTGCCCATCCCGCCGACGTCGAGCACGTCTTAAAAACCAACTT...
LOC130995798
ATGCAAATACTAGTGATATCTGTTTGCATGCTATTTGCATGGCTATTCATCCACAGAGTGAAGCAAAGAGGCTGTAAAGGGCCCAAAACATGGCCCTTTCTGGGAGCCGCCGTGGAACAGCTGATGAACTACAACGTCATGCACGATTGGATCCTCAACTACTTAACGGCCTCAAGAACCGTCGTCGTCCCCATGCCTTTCTCCACCTACACCTACATTGCCCATCCCGCCGACGTCGAGCACGTCTTAAAAACCAACTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057777207.1
MQILVISVCMLFAWLFIHRVKQRGCKGPKTWPFLGAAVEQLMNYNVMHDWILNYLTASRTVVVPMPFSTYTYIAHPADVEHVLKTNFNNYPKGEVYHSYMEVLLGDGIFNVDGELWRKQRKTASFEFASKNLRDFSTVVFREYSLKLASILSHASCNNQVVDMQELLMRMTLDSICKVGFGVEIGTLAADLPDNQFAKAFDSANITVTLRFIDPLWKIKKFLNMGSEAVLDQDMKIIDDFTYSVIRRRKAELEESRDEKM...
XP_057777208.1
MQILVISVCMLFAWLFIHRVKQRGCKGPKTWPFLGAAVEQLMNYNVMHDWILNYLTASRTVVVPMPFSTYTYIAHPADVEHVLKTNFNNYPKGEVYHSYMEVLLGDGIFNVDGELWRKQRKTASFEFASKNLRDFSTVVFREYSLKLASILSHASCNNQVVDMQVGFGVEIGTLAADLPDNQFAKAFDSANITVTLRFIDPLWKIKKFLNMGSEAVLDQDMKIIDDFTYSVIRRRKAELEESRDEKMKHDILSRFIELSK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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