Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002777`

染色体: Chr07 坐标: 27639379-27640892 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002777`
名称	SmilChr07G002777
描述	amino acid transporter AVT1I-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	27639379 - 27640892 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995801`
GeneID	`130995801`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995801`
原始查询	`LOC130995801`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	amino acid transporter AVT1I-like
产物	amino acid transporter AVT1I-like
Arabidopsis	`AT5G15240` (AT5G15240) Transmembrane amino acid transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831376] identity=49.6; qcov=0.988; evalue=9.47e-149; confidence=high
Rice	`Os04g0460300` (OsATL13) - identity=56.4; qcov=0.968; evalue=1.92e-167; confidence=high
GO	GO:0005886 (plasma membrane)
KEGG	smil04082 (Neuroactive ligand signaling - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01490 (Aa_trans); PF03222 (Trp_Tyr_perm)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995801

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057777213.1`
2	Vacuole	液泡	0.40000	`XP_057777213.1`
3	Vacuole membrane	液泡膜	0.40000	`XP_057777213.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057777213.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057777213.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:27639479`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B70,C40,C55
`Chr7:27639732`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A15,B95,C29
`Chr7:27639734`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr7:27639774`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B125,B137
`Chr7:27639775`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B125,B137
`Chr7:27639775`	`CG`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B125,B137
`Chr7:27639856`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B104,B123,B34,B52,B85
`Chr7:27639919`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B66,B67,B94,C29,C86
`Chr7:27639981`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A24,B70,C3,C40,D6
`Chr7:27639986`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A16
`Chr7:27640018`	`CAT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	20	A1,B105,B41,B51,B57,B58,B61,B7,B74,B81,C20,C37,C42,C47,C53,C76,C78,C84,C9,D9
`Chr7:27640028`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B14,B51,B93,C6,C78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777213.1

412 aa

206

412

Aa_trans

Trp_Tyr_perm

PF01490 Aa_trans 22-401 aa PF03222 Trp_Tyr_perm 36-242 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777213.1`	Pfam	`PF01490`	Aa_trans	Domain	22	401	5.1e-68	230.3	Transmembrane amino acid transporter protein
`XP_057777213.1`	Pfam	`PF03222`	Trp_Tyr_perm	Family	36	242	7.1e-06	26.1	Tryptophan/tyrosine permease family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921230.1
AAATACATTATACCTCTCTCTAAAATTGCAGGTCCGAATACACAATTAAGCATGGAGTTGGGCAATATAGAAAAGATGGAATCCCAAAACCATTCCCACCCACAAAACAACGGTGCTACTTTCATCACAACTTGCTTCAATGGCCTCAATGCTCTAACAGGGATTGGACTATTATCGATACCATATGCAGTATCACAGGGAGGGTGGCTTTCTCTGACAACACTTGTTGGAATAGCCATTATCTGTTTCTACACAGCTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995801
ATGGAGTTGGGCAATATAGAAAAGATGGAATCCCAAAACCATTCCCACCCACAAAACAACGGTGCTACTTTCATCACAACTTGCTTCAATGGCCTCAATGCTCTAACAGGGATTGGACTATTATCGATACCATATGCAGTATCACAGGGAGGGTGGCTTTCTCTGACAACACTTGTTGGAATAGCCATTATCTGTTTCTACACAGCTTTGCTTCTGAAAAAATGCATGGATTCAAACCCTTTGATCAAAAGCTACCCGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057777213.1
MELGNIEKMESQNHSHPQNNGATFITTCFNGLNALTGIGLLSIPYAVSQGGWLSLTTLVGIAIICFYTALLLKKCMDSNPLIKSYPDIGEHAFGKKGRAVISVFMYVELFLLAVEFLILEGDNLQKLFPHTEVGVWGKTIGGKSLFIILTALVMLPTTWLRDLSLLAYVSAAGILASLILLATVFWIGAFEKVGFHEKGILWRYSGMPTAVSFFTFCYCGHAVFPTICTSMKDKSQFPKVLLVCFVLSSISYGSMAVLGY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器