Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002828`

染色体: Chr07 坐标: 28336051-28340472 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002828`
名称	SmilChr07G002828
描述	serine/threonine-protein kinase VIK-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	28336051 - 28340472 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995802`
GeneID	`130995802`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995802`
原始查询	`LOC130995802`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	serine/threonine-protein kinase VIK-like
产物	serine/threonine-protein kinase VIK-like
Arabidopsis	`AT1G14000` (VIK) VH1-interacting kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837960] identity=80.8; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os07g0632800` - identity=78.6; qcov=0.93; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF00023 (Ank); PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF12796 (Ank_2); PF13606 (Ank_3); PF13637 (Ank_4); PF13857 (Ank_5)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995802

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057777214.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057777214.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057777214.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057777214.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057777214.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:28336462`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr7:28337066`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B10,B57,C23,C44,C82
`Chr7:28338103`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	B9,C12,C58,C85
`Chr7:28338103`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	4	B9,C12,C58,C85
`Chr7:28338123`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr7:28338568`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B106
`Chr7:28338607`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B51,D10
`Chr7:28339333`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr7:28339775`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B69
`Chr7:28339941`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A9,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777214.1

428 aa

214

428

Ank_4

Ank_2

Ank_5

Ank_3

Ank

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

PF13637 Ank_4 32-81 aa PF12796 Ank_2 33-106 aa PF13857 Ank_5 46-98 aa PF13606 Ank_3 60-89 aa PF00023 Ank 60-92 aa PF00069 Pkinase 155-408 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 156-410 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777214.1`	Pfam	`PF13637`	Ank_4	Repeat	32	81	3.4e-11	43.8	Ankyrin repeats (many copies)
`XP_057777214.1`	Pfam	`PF12796`	Ank_2	Repeat	33	106	8.3e-11	43.0	Ankyrin repeats (3 copies)
`XP_057777214.1`	Pfam	`PF13857`	Ank_5	Repeat	46	98	1e-08	36.0	Ankyrin repeats (many copies)
`XP_057777214.1`	Pfam	`PF13606`	Ank_3	Repeat	60	89	8.1e-08	32.6	Ankyrin repeat
`XP_057777214.1`	Pfam	`PF00023`	Ank	Repeat	60	92	1.4e-09	38.4	Ankyrin repeat
`XP_057777214.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	155	408	2.3e-55	188.5	Protein kinase domain
`XP_057777214.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	156	410	4.2e-63	213.8	Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921231.1
GTTTTTTTTTTTAGGGAATTCCATTTTGGTTTTAAAATTGTCAACTATACATATCTTCACAATACTACGACTATGAAAAAGTCAATTTTTATTTTAATATTGTTAAAATATAGTCAACTTCATTAAAGAAAAAAAATGTAGGAGTGTAATGTATTTACACATTATATAGACATGCGACCATTTTCCAATTCCAATAGTTTTTCAAGTGATCCATAACGTTTAGTCATAATTTCCAAATATATTAATTTGGTGTCCTTTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995802
ATGAGCGGGAGCAGCGGCAGCTCCGGCGGCGTAGCACCGGCGGAGAGGGAGAAGAAGAAGGAGAAGGCGCGGGTGAGCAGGACGTCTCTGATTCTGTGGCACGCACATCAAAACGACCTCGCGGCCGTGAGAAGGCTTTTGGAGGAGGATCCCTCGCTGGTGAACGCCAGAGACTACGATAATCGGACTCCTCTCCACGTCGCGGCGATCCACGGCTGGGTCGACGTTGCCAAGTGTCTTCTCGAGTACGAAGCTGACGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057777214.1
MSGSSGSSGGVAPAEREKKKEKARVSRTSLILWHAHQNDLAAVRRLLEEDPSLVNARDYDNRTPLHVAAIHGWVDVAKCLLEYEADVNAQDRWRNTPLADAEGAKRSRIIVLLKSYGGLSYGQSGSHFEPRPVAPPLPNKCDWEIEPSELDFASSTLIGKGSFGEILKAGWRGTPVAVKRILPNLSDDKLVIQDFRHEVNLLVKLRHPNIVQFLGAVTERKPLMLVTEYLRGGDLHQHLKGKGSLSPSTAVNFALDIARG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器