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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002787

染色体: Chr07 坐标: 27762704-27770080 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002787
名称SmilChr07G002787
描述myb family transcription factor PHL8-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向27762704 - 27770080 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995823
GeneID130995823
locus_tag-
NCBI NameLOC130995823
原始查询LOC130995823

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述myb family transcription factor PHL8-like
产物myb family transcription factor PHL8-like
ArabidopsisAT1G69580 (AT1G69580)
Homeodomain-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843294]
identity=60.3; qcov=0.391; evalue=1.16e-17; confidence=low
RiceOs03g0325500
-
identity=67.9; qcov=0.348; evalue=4.79e-18; confidence=low
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity)
KEGG-
PfamPF00249 (Myb_DNA-binding); PF14379 (Myb_CC_LHEQLE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995823

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057777250.1
2 Chromosome 染色体 1.00000 XP_057777255.1
3 Telomere 端粒 0.20000 XP_057777255.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057777255.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777250.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:27762879 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B29,B33,B66,B67,C53
Chr7:27763210 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,B56,B96
Chr7:27763515 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B28,B58,C37,C78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777250.1
200 aa
N
1
100
200
Myb_DNA-binding
Myb_CC_LHEQLE
C
PF00249 Myb_DNA-binding 19-70 aa PF14379 Myb_CC_LHEQLE 103-149 aa
XP_057777251.1
200 aa
N
1
100
200
Myb_DNA-binding
Myb_CC_LHEQLE
C
PF00249 Myb_DNA-binding 19-70 aa PF14379 Myb_CC_LHEQLE 103-149 aa
XP_057777252.1
200 aa
N
1
100
200
Myb_DNA-binding
Myb_CC_LHEQLE
C
PF00249 Myb_DNA-binding 19-70 aa PF14379 Myb_CC_LHEQLE 103-149 aa
XP_057777254.1
197 aa
N
1
98
197
Myb_DNA-binding
Myb_CC_LHEQLE
C
PF00249 Myb_DNA-binding 19-67 aa PF14379 Myb_CC_LHEQLE 100-146 aa
XP_057777255.1
164 aa
N
1
82
164
Myb_CC_LHEQLE
C
PF14379 Myb_CC_LHEQLE 67-113 aa
XP_057777256.1
164 aa
N
1
82
164
Myb_CC_LHEQLE
C
PF14379 Myb_CC_LHEQLE 67-113 aa
XP_057777257.1
161 aa
N
1
80
161
Myb_CC_LHEQLE
C
PF14379 Myb_CC_LHEQLE 64-110 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777250.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 19 70 2.7e-08 34.5 Myb-like DNA-binding domain
XP_057777250.1 Pfam PF14379 Myb_CC_LHEQLE Family 103 149 1e-21 77.1 MYB-CC type transfactor, LHEQLE motif
XP_057777251.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 19 70 2.7e-08 34.5 Myb-like DNA-binding domain
XP_057777251.1 Pfam PF14379 Myb_CC_LHEQLE Family 103 149 1e-21 77.1 MYB-CC type transfactor, LHEQLE motif
XP_057777252.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 19 70 2.7e-08 34.5 Myb-like DNA-binding domain
XP_057777252.1 Pfam PF14379 Myb_CC_LHEQLE Family 103 149 1e-21 77.1 MYB-CC type transfactor, LHEQLE motif
XP_057777254.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 19 67 4.7e-09 36.9 Myb-like DNA-binding domain
XP_057777254.1 Pfam PF14379 Myb_CC_LHEQLE Family 100 146 9.6e-22 77.2 MYB-CC type transfactor, LHEQLE motif
XP_057777255.1 Pfam PF14379 Myb_CC_LHEQLE Family 67 113 8.6e-22 77.3 MYB-CC type transfactor, LHEQLE motif
XP_057777256.1 Pfam PF14379 Myb_CC_LHEQLE Family 67 113 8.6e-22 77.3 MYB-CC type transfactor, LHEQLE motif
XP_057777257.1 Pfam PF14379 Myb_CC_LHEQLE Family 64 110 8.3e-22 77.4 MYB-CC type transfactor, LHEQLE motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921274.1
ACACCCGAATTAATATATATCACCATCAATTTTTATCAATCTTTCTTGTACAGTCTTCTTGCAGAAAGTTTTCCCCTTTGGCGTGCATCATGTAAAAAGGTCCACATCTTCATGAGATTCTCTCCACCCTTTCAAGTCAAATAAAAAAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAGTTGGATATGAAATGGGAAATGGGAGAAAAAAAAAAGAAGAAGAAAGGGGCACAGCTCAGAGCATATATTCCCTCACAACAG...
XM_057921268.1
ACCATCAATTTTTATCAATCTTTCTTGTACAGTCTTCTTGCAGAAAGTTTTCCCCTTTGGCGTGCATCATGTAAAAAGGTCCACATCTTCATGAGATTCTCTCCACCCTTTCAAGTCAAATAAAAAAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAGTTGGATATGAAATGGGAAATGGGAGAAAAAAAAAAGAAGAAGAAAGGGGCACAGCTCAGAGCATATATTCCCTCACAACAGAACCCCACTTATGTTTCCAGA...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC130995823
ATGGCTCTTGACAATCAAGAAATGAAGCTAGTTCTCTCCAGCGACGCCAAGCCCAGATTGAAATGGACTCCTCAGCTCCACCGCCGATTCGTCGACGCCGTCAAACAGCTCGGAGAGGCCACTCCGAAATCGTTGATGAGAGTGATGGGCATTCAAGGCCTCACCTTGTACCACCTCAAGAGCCATTTGCAGAAATACAGACTAGGGCGAAGTCAGCAATCACAAAGCTTTCACCACGACAAACCCCAAGAGAATGAGAG...
LOC130995823
ATGGCTCTTGACAATCAAGAAATGAAGCTAGTTCTCTCCAGCGACGCCAAGCCCAGATTGAAATGGACTCCTCAGCTCCACCGCCGATTCGTCGACGCCGTCAAACAGCTCGGAGGTGCAGAGAAGGCCACTCCGAAATCGTTGATGAGAGTGATGGGCATTCAAGGCCTCACCTTGTACCACCTCAAGAGCCATTTGCAGAAATACAGACTAGGGCGAAGTCAGCAATCACAAAGCTTTCACCACGACAAACCCCAAGA...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057777250.1
MALDNQEMKLVLSSDAKPRLKWTPQLHRRFVDAVKQLGGAEKATPKSLMRVMGIQGLTLYHLKSHLQKYRLGRSQQSQSFHHDKPQENERKKSKLEEEKINDVQIAEALKMQMEVQRKLEQQMEVQRHLQLRIEAQGRYLQSVLNKAKATHLLHSASDNSSLTSSDTSQHKTTKTIDLNLNEFDSGPTTGINLNHFASTF
XP_057777251.1
MALDNQEMKLVLSSDAKPRLKWTPQLHRRFVDAVKQLGGAEKATPKSLMRVMGIQGLTLYHLKSHLQKYRLGRSQQSQSFHHDKPQENERKKSKLEEEKINDVQIAEALKMQMEVQRKLEQQMEVQRHLQLRIEAQGRYLQSVLNKAKATHLLHSASDNSSLTSSDTSQHKTTKTIDLNLNEFDSGPTTGINLNHFASTF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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