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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002860

染色体: Chr07 坐标: 28754729-28761031 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002860
名称SmilChr07G002860
描述ARF guanine-nucleotide exchange factor GNOM
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向28754729 - 28761031 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995849
GeneID130995849
locus_tag-
NCBI NameLOC130995849
原始查询LOC130995849

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ARF guanine-nucleotide exchange factor GNOM
产物ARF guanine-nucleotide exchange factor GNOM
ArabidopsisAT1G13980 (GN)
sec7 domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837958]
identity=80.7; qcov=0.995; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0666100 (OsGNOM1)
-
identity=66.4; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005085 (guanyl-nucleotide exchange factor activity); GO:0032012 (regulation of ARF protein signal transduction)
KEGGsmil04144 (Endocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01369 (Sec7); PF12783 (Sec7-like_HUS); PF23325 (TPR_28)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995849

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 0.80000 XP_057777276.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057777276.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057777276.1
4 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.40000 XP_057777276.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777276.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:28756079 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B57
Chr7:28756079 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B57
Chr7:28756244 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B128,C17,C45,C61
Chr7:28756376 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:28756478 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C56
Chr7:28756616 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B124,C16
Chr7:28757275 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,B103
Chr7:28757420 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr7:28757535 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr7:28757596 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr7:28757631 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,B36,B67,B88
Chr7:28757632 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,B36,B67,B88

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777276.1
1449 aa
N
1
724
1449
Sec7-like_HUS
Sec7
TPR_28
C
PF12783 Sec7-like_HUS 315-477 aa PF01369 Sec7 563-746 aa PF23325 TPR_28 1246-1421 aa
XP_057777278.1
1449 aa
N
1
724
1449
Sec7-like_HUS
Sec7
TPR_28
C
PF12783 Sec7-like_HUS 315-477 aa PF01369 Sec7 563-746 aa PF23325 TPR_28 1246-1421 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777276.1 Pfam PF12783 Sec7-like_HUS Repeat 315 477 2.2e-39 135.6 Mon2/Sec7/BIG1-like, HUS domain
XP_057777276.1 Pfam PF01369 Sec7 Domain 563 746 1.1e-70 237.8 Sec7 domain
XP_057777276.1 Pfam PF23325 TPR_28 Repeat 1246 1421 1.9e-45 155.5 GBF1-like, tetratrico peptide repeat region
XP_057777278.1 Pfam PF12783 Sec7-like_HUS Repeat 315 477 2.2e-39 135.6 Mon2/Sec7/BIG1-like, HUS domain
XP_057777278.1 Pfam PF01369 Sec7 Domain 563 746 1.1e-70 237.8 Sec7 domain
XP_057777278.1 Pfam PF23325 TPR_28 Repeat 1246 1421 1.9e-45 155.5 GBF1-like, tetratrico peptide repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921293.1
AACCTTCCTCTTTTCTCACCTTTTTCCCTTTTTTCAATTTTTAATTTTATTTCGATAAAATTCTCTCTCCACCTTTTTTTCACTCTAATGTTTCGTCCTTTTTAATTTTCTCACTGTTGCTCCTCGCCAACAGTCAACAGGAAATCCACCGGCGGTTCATTTCCTCAAATATCGCCGCCGGAAACCGGGATTTCCCCCGTCGAATCTCGGATCTACTCTGCACTTGTCTTCTCTGTCTGCTGTAGATTGCTTCTTGAAAG...
XM_057921295.1
TATTTCGATAAAATTCTCTCTCCACCTTTTTTTCACTCTAATGTTTCGTCCTTTTTAATTTTCTCACTGTTGCTCCTCGCCAACAGTCAACAGGAAATCCACCGGCGGTTCATTTCCTCAAATATCGCCGCCGGAAACCGGGATTTCCCCCGTCGAATCTCGGATCTACTCTGCACTTGTCTTCTCTGTCTGCTGTAGGTGCAATTTGCTCTTAGCAATGGGGCGTTTAAGGTTACAATCTAGCATCAATGCAATTGAAG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130995849
ATGGGGCGTTTAAGGTTACAATCTAGCATCAATGCAATTGAAGAGGAACCAGAAGACTGTGAGGCTAGCTCTTCCAATAAGGCTGCAATGGGTTCTATGATTAATTCAGAGATAGGAGCAGTACTGGCAGTCATGAGAAGGAACGTGAGATGGGGAGGTCGTTATGTGTCTGGTGAAGATCAGTTGGAGCACTCTCTCATTCAATCTCTTAAAACCTTGAGAAGACAAGTATTTTCATGGCAACATGACTGGCAATCGGT...
LOC130995849
ATGGGGCGTTTAAGGTTACAATCTAGCATCAATGCAATTGAAGAGGAACCAGAAGACTGTGAGGCTAGCTCTTCCAATAAGGCTGCAATGGGTTCTATGATTAATTCAGAGATAGGAGCAGTACTGGCAGTCATGAGAAGGAACGTGAGATGGGGAGGTCGTTATGTGTCTGGTGAAGATCAGTTGGAGCACTCTCTCATTCAATCTCTTAAAACCTTGAGAAGACAAGTATTTTCATGGCAACATGACTGGCAATCGGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057777276.1
MGRLRLQSSINAIEEEPEDCEASSSNKAAMGSMINSEIGAVLAVMRRNVRWGGRYVSGEDQLEHSLIQSLKTLRRQVFSWQHDWQSVNPSLYLQPFLDVIRSDETGASITGVALSSVYKILTLDVLDINTVNVDDAMHLVVDAVTSCRFEVTDPASEEVVLTKILQVLLACMKSKASVMLSNQHVCTIVNTCFRIVHQAGTKGELLQRIARHTMHELVRCIFSHLPDVDNTERSLVKGGSSIKNEAAGLDPDYSFSSKAE...
XP_057777278.1
MGRLRLQSSINAIEEEPEDCEASSSNKAAMGSMINSEIGAVLAVMRRNVRWGGRYVSGEDQLEHSLIQSLKTLRRQVFSWQHDWQSVNPSLYLQPFLDVIRSDETGASITGVALSSVYKILTLDVLDINTVNVDDAMHLVVDAVTSCRFEVTDPASEEVVLTKILQVLLACMKSKASVMLSNQHVCTIVNTCFRIVHQAGTKGELLQRIARHTMHELVRCIFSHLPDVDNTERSLVKGGSSIKNEAAGLDPDYSFSSKAE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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