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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002866

染色体: Chr07 坐标: 28870625-28876228 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002866
名称SmilChr07G002866
描述uncharacterized SmilChr07G002866
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向28870625 - 28876228 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995852
GeneID130995852
locus_tag-
NCBI NameLOC130995852
原始查询LOC130995852

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述T-box transcription factor, putative (DUF863) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843268]; symbol=AT1G69360; hit=AT1G69360; species=arabidopsis; confidence=low
产物T-box transcription factor, putative (DUF863) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843268]; symbol=AT1G69360; hit=AT1G69360; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT1G69360 (AT1G69360)
T-box transcription factor, putative (DUF863) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843268]
identity=33.3; qcov=1.03; evalue=1.26e-119; confidence=low
RiceOs03g0758600
-
identity=29.5; qcov=0.465; evalue=4.35e-26; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF05904 (DUF863); PF27565 (ELF3_helical)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995852

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057777279.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777279.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777279.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057777279.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057777279.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:28872580 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B128,B71,C17,C45,C61
Chr7:28872976 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B34,C38,C65
Chr7:28873038 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,C73
Chr7:28873262 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B35,C32,C68
Chr7:28873455 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr7:28873574 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,B139
Chr7:28873614 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,C38
Chr7:28874580 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B34,C38,C65
Chr7:28874699 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B42,B43
Chr7:28874789 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B111
Chr7:28874902 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B129,B86,C17
Chr7:28874906 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777279.1
1044 aa
N
1
522
1044
ELF3_helical
DUF863
C
PF27565 ELF3_helical 62-91 aa PF05904 DUF863 141-1033 aa
XP_057777280.1
1044 aa
N
1
522
1044
ELF3_helical
DUF863
C
PF27565 ELF3_helical 62-91 aa PF05904 DUF863 141-1033 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777279.1 Pfam PF27565 ELF3_helical Domain 62 91 1.4e-14 54.3 ELF3 helical domain
XP_057777279.1 Pfam PF05904 DUF863 Family 141 1033 1.5e-256 855.0 Plant protein of unknown function (DUF863)
XP_057777280.1 Pfam PF27565 ELF3_helical Domain 62 91 1.4e-14 54.3 ELF3 helical domain
XP_057777280.1 Pfam PF05904 DUF863 Family 141 1033 1.5e-256 855.0 Plant protein of unknown function (DUF863)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921296.1
AAAAGCAAGGTAGGGAAGGTGGAGATAATCTAGAAATGCCCATTTCTTTTCATTTTCCTCAAAACCCCAGAAATTCTTTAATAACTGTATAGCTGAAACAAATCATGAGAGGGACAGAGGCGGAGATTTGTGTGTGTCTGAGCGAGTGAGTTTTTTTAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGGCGAGGAAAAAGCAGAGAATAAAAAGAGACCGGATGTTGACAAATTTCGTGTCACTGTTCTTAGAAGGTCGTTTGTTAGTGT...
XM_057921297.1
TAGGGAAGGTGGAGATAATCTAGAAATGCCCATTTCTTTTCATTTTCCTCAAAACCCCAGAAATTCTTTAATAACTGTATAGCTGAAACAAATCATGAGAGGGACAGAGGCGGAGATTTGTGTGTGTCTGAGCGAGTGAGTTTTTTTAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGGCGAGGAAAAAGCAGAGAATAAAAAGAGACCGGATGTTGACAAATTTCGTGTCACTGTTCTTAGAAGGTCGTTTGTTAGTGTGAAGATTTCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130995852
ATGGGAACAAAAGTAGATAGCAAGAGCTATTTTCCGGGATATTACTCCATGAGAGATCTTAATGAGGATTCTAGCAGTAGTAGCTGGCCCCTTTGTTACGGAGATAAGGCTATCTCGAACGGGCAATATTACAATGGCTTCATGCCTAGGACAGCAATGGATGGTTATCCTGGGTATGGCAAGGATGCATTGAAGCAGAAAATGCTTGAACACGAAGCTGTTTTTAAGAATCAGGTTTATGAACTCCACCGTCTTTACCG...
LOC130995852
ATGGGAACAAAAGTAGATAGCAAGAGCTATTTTCCGGGATATTACTCCATGAGAGATCTTAATGAGGATTCTAGCAGTAGTAGCTGGCCCCTTTGTTACGGAGATAAGGCTATCTCGAACGGGCAATATTACAATGGCTTCATGCCTAGGACAGCAATGGATGGTTATCCTGGGTATGGCAAGGATGCATTGAAGCAGAAAATGCTTGAACACGAAGCTGTTTTTAAGAATCAGGTTTATGAACTCCACCGTCTTTACCG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057777279.1
MGTKVDSKSYFPGYYSMRDLNEDSSSSSWPLCYGDKAISNGQYYNGFMPRTAMDGYPGYGKDALKQKMLEHEAVFKNQVYELHRLYRIQRDMMEEYRRKELHRIRPSIEPSSSSSLRGPQVPSEEARKWHMTGFPMLNSTYERTSISGIEIANSPMSCTKGNTNLQPGQFPFQNGSSSVKDSELLDSRPLKVRKKLFDLELPADEYVDTDEGKESLDCKGSHVSSYAHNGNLKSGPETQKSSPVGHIGATTNCRIDVSAS...
XP_057777280.1
MGTKVDSKSYFPGYYSMRDLNEDSSSSSWPLCYGDKAISNGQYYNGFMPRTAMDGYPGYGKDALKQKMLEHEAVFKNQVYELHRLYRIQRDMMEEYRRKELHRIRPSIEPSSSSSLRGPQVPSEEARKWHMTGFPMLNSTYERTSISGIEIANSPMSCTKGNTNLQPGQFPFQNGSSSVKDSELLDSRPLKVRKKLFDLELPADEYVDTDEGKESLDCKGSHVSSYAHNGNLKSGPETQKSSPVGHIGATTNCRIDVSAS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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