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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002858

染色体: Chr07 坐标: 28740689-28745834 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002858
名称SmilChr07G002858
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g50420
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向28740689 - 28745834 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995854
GeneID130995854
locus_tag-
NCBI NameLOC130995854
原始查询LOC130995854

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g50420
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At3g50420
ArabidopsisAT3G50420 (AT3G50420)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824206]
identity=48.5; qcov=0.97; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0672700 (OSJNBb0004A17.12)
-
identity=42.6; qcov=0.95; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995854

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057777283.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777283.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777283.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777283.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057777283.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:28740835 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B111
Chr7:28740881 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,B128,B15,B27,B85
Chr7:28741005 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B128,C17,C45,C61
Chr7:28741061 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:28741072 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B71,C65
Chr7:28741074 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B38,B39,D3
Chr7:28741204 TCG T 2bp_deletion frameshift_variant 2 C32,C68
Chr7:28741204 TCG T 2bp_deletion CDS_variant 2 C32,C68
Chr7:28741689 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B119,B122,B81
Chr7:28741757 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:28741906 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B86
Chr7:28741915 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777283.1
706 aa
N
1
353
706
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR
E_motif
C
PF01535 PPR 43-71 aa PF01535 PPR 146-173 aa PF13812 PPR_3 172-219 aa PF13041 PPR_2 172-220 aa PF01535 PPR 175-203 aa PF01535 PPR 247-268 aa PF13041 PPR_2 272-321 aa PF01535 PPR 275-301 aa PF01535 PPR 377-407 aa PF13812 PPR_3 475-522 aa PF13041 PPR_2 477-522 aa PF01535 PPR 479-508 aa PF01535 PPR 513-542 aa PF01535 PPR 549-571 aa PF20431 E_motif 598-655 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777283.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 43 71 2e-58 191.3 PPR repeat
XP_057777283.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 146 173 2e-58 191.3 PPR repeat
XP_057777283.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 172 219 1.3e-24 86.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057777283.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 172 220 1.8e-69 230.4 PPR repeat family
XP_057777283.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 175 203 2e-58 191.3 PPR repeat
XP_057777283.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 247 268 2e-58 191.3 PPR repeat
XP_057777283.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 272 321 1.8e-69 230.4 PPR repeat family
XP_057777283.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 275 301 2e-58 191.3 PPR repeat
XP_057777283.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 377 407 2e-58 191.3 PPR repeat
XP_057777283.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 475 522 1.3e-24 86.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057777283.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 477 522 1.8e-69 230.4 PPR repeat family
XP_057777283.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 479 508 2e-58 191.3 PPR repeat
XP_057777283.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 513 542 2e-58 191.3 PPR repeat
XP_057777283.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 549 571 2e-58 191.3 PPR repeat
XP_057777283.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 598 655 4e-13 50.1 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XR_009092300.1
AGTACATTGGGTGTGACAAGAGAATTTGTGTATTATAGATGTCTGGCTAGAGAATAAAGCAAATAATCAGACATTTTATGCCACCTTCATCTTCCCACCTCCTCCGGAAATGCGCCGCCGCGACCTCCCTCCGAGAAGCCCGGCGCCTCCACGCCCTCCTTCTCACCACCGCACACCCACCAACGCAAACCCCCCTATTCCTACACAACAACATCCTCTCAATGTACGCTCGCTGCGGATCTTTCGCGGACTCCCACCTC...
XR_009092301.1
AGTACATTGGGTGTGACAAGAGAATTTGTGTATTATAGATGTCTGGCTAGAGAATAAAGCAAATAATCAGACATTTTATGCCACCTTCATCTTCCCACCTCCTCCGGAAATGCGCCGCCGCGACCTCCCTCCGAGAAGCCCGGCGCCTCCACGCCCTCCTTCTCACCACCGCACACCCACCAACGCAAACCCCCCTATTCCTACACAACAACATCCTCTCAATGTACGCTCGCTGCGGATCTTTCGCGGACTCCCACCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995854
ATGCCACCTTCATCTTCCCACCTCCTCCGGAAATGCGCCGCCGCGACCTCCCTCCGAGAAGCCCGGCGCCTCCACGCCCTCCTTCTCACCACCGCACACCCACCAACGCAAACCCCCCTATTCCTACACAACAACATCCTCTCAATGTACGCTCGCTGCGGATCTTTCGCGGACTCCCACCTCCTGTTCGACAAAATGCCTCGAAGAAACGTCGTCTCTTACAACACCCTGATCGCCGCCTACTCTCGTAGACCTCATCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777283.1
MPPSSSHLLRKCAAATSLREARRLHALLLTTAHPPTQTPLFLHNNILSMYARCGSFADSHLLFDKMPRRNVVSYNTLIAAYSRRPHHAHLAFQLLDQLAHESHVPNGSTITSLLQASAAVGDVVLGSSLHAHCAKTGLLDNIRVQTSLLGMYSNCGVVDCAKKVFTAMKDKDCIAWTSIISGYVKNGKILESLELLQNMLEDDVQPNSFTYSLVLNACAKLQDYESGKCVHAQILLSGTCVDLPLHNTMLDMYCSCGDTR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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