当前解析结果
SmilChr07G002862| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002862 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002862 |
| 描述 | 11S globulin seed storage protein Ana o 2.0101-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 28766415 - 28768490 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130995872 |
|---|---|
| GeneID | 130995872 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995872 |
| 原始查询 | LOC130995872 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | 11S globulin seed storage protein Ana o 2.0101-like |
| 产物 | 11S globulin seed storage protein Ana o 2.0101-like |
| Arabidopsis | AT1G07750 (AT1G07750)RmlC-like cupins superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837290] identity=78.1; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os05g0116000- identity=68.7; qcov=0.997; evalue=1.14e-178; confidence=high |
| GO | GO:0045735 (nutrient reservoir activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00190 (Cupin_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995872 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.60000 | XP_057777325.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.40000 | XP_057777325.1 |
| 3 | Cell wall | 细胞壁 | 0.20000 | XP_057777325.1 |
| 4 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057777325.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057777325.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:28766580 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,D10 |
Chr7:28766886 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C44,C71 |
Chr7:28766985 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B72 |
Chr7:28767000 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B131,C2 |
Chr7:28767059 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A14,B34,B45 |
Chr7:28767389 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B136,D6 |
Chr7:28767491 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B72 |
Chr7:28768192 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C12 |
Chr7:28768215 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B129 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057777325.1PF00190
Cupin_1 12-154 aa
PF00190
Cupin_1 198-335 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057777325.1 |
Pfam | PF00190 |
Cupin_1 | Domain | 12 | 154 | 1.6e-49 | 168.0 | Cupin |
XP_057777325.1 |
Pfam | PF00190 |
Cupin_1 | Domain | 198 | 335 | 1.6e-49 | 168.0 | Cupin |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。