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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002900`

染色体: Chr07 坐标: 29383562-29386429 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002900`
名称	SmilChr07G002900
描述	uncharacterized SmilChr07G002900
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	29383562 - 29386429 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995875`
GeneID	`130995875`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995875`
原始查询	`LOC130995875`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0106900; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os08g0106900; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT5G41980` (AT5G41980) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834203] identity=34.6; qcov=0.832; evalue=8.47e-45; confidence=low
Rice	`Os08g0106900` - identity=43.2; qcov=0.902; evalue=2.89e-70; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF13359 (DDE_Tnp_4); PF26138 (DUF8040)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995875

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057777339.1`
2	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057777339.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057777339.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057777339.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057777339.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:29384501`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A9,B77,C14,C37,D11
`Chr7:29384538`	`G`	`GCT`	2bp_insertion	frameshift_variant	25	A11,A13,A22,B102,B124,B125,B28,B35,B46,B56,B77,B84,B90,B95,C19,C24,C28,C36,C41,C47,C48,C5,C50,C56,C71
`Chr7:29384541`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr7:29384544`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B125,B46,B90
`Chr7:29384547`	`TGC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	31	A11,A13,A22,B102,B107,B124,B125,B126,B28,B35,B40,B46,B56,B77,B83,B84,B90,B95,C24,C28,C29,C36,C41,C47,C48,C49,C5,C50,C63,C71,C87
`Chr7:29384583`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A20,C54
`Chr7:29384584`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr7:29384592`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B104,B67,B72,B88,C65
`Chr7:29384603`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A10,B112,B67
`Chr7:29384612`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A10,B112,B67
`Chr7:29384623`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	23	A22,A7,B102,B107,B124,B40,B46,B56,B61,B83,B90,C28,C32,C4,C46,C47,C48,C49,C5,C50,C63,C68,C87
`Chr7:29384630`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B40

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777339.1

316 aa

158

316

DUF8040

DDE_Tnp_4

PF26138 DUF8040 71-151 aa PF13359 DDE_Tnp_4 182-316 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777339.1`	Pfam	`PF26138`	DUF8040	Domain	71	151	1.3e-19	70.6	Domain of unknown function (DUF8040)
`XP_057777339.1`	Pfam	`PF13359`	DDE_Tnp_4	Domain	182	316	3.6e-18	66.4	DDE superfamily endonuclease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XR_009092302.1
AAACCAGCAGGGACCCCAGGTTTATTAATCTGGAGAGAGAAATGTGCTCAAGATTAAAAATTTCATTACAACTCTACCCCCAAAATGAAATTGAAACCATTTGAATTTTTAGGTCTGCGCCGCTCATTTGCAAAAAGCTCATGTAGTCTCTGAAAGGAACGCCACGCCCTACAGTTCAACGTCGCTGCGAAAGAGATTTCCGACGGAAAAAAAAATATTTTCCGTGGTTGGTTAATTTACTTCTCTCCCTATCTCGGCGT...

XM_057921356.1
AAACCAGCAGGGACCCCAGGTTTATTAATCTGGAGAGAGAAATGTGCTCAAGATTAAAAATTTCATTACAACTCTACCCCCAAAATGAAATTGAAACCATTTGAATTTTTAGGTCTGCGCCGCTCATTTGCAAAAAGCTCATGTAGTCTCTGAAAGGAACGCCACGCCCTACAGTTCAACGTCGCTGCGAAAGAGATTTCCGACGGAAAAAAAAATATTTTCCGTGGTTGGTTAATTTACTTCTCTCCCTATCTCGGCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995875
ATGTCGACTTTGGGGCGCAAGAAAGCTTGTATATATCTTGTTGTGGAGGAAATCCTCCATGAGCAAATGTTGCAATTGACCGTGGTCCTTGATTCAATTGAGAAGGCAGGGTCACGAAAAAGAAAACGTAATGGGAGAAATGTAGCTTATGGTATACTACACAGAATTCCCGATCAAGTGAAGCACTTGAATCAAATGATAGGTTTTAGTGATGTCGATTGTGTTATAAATCTTAGGATGGATAGAAATACTTTCGGTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057777339.1
MSTLGRKKACIYLVVEEILHEQMLQLTVVLDSIEKAGSRKRKRNGRNVAYGILHRIPDQVKHLNQMIGFSDVDCVINLRMDRNTFGKLCRLLRDLGGLTDGRFVTVEEQVVVFLSVLAHHKKKNKVVKFDFWRSGQTISHYIHVVLRAILKLHVILLVKPTAVPEDSTDPRWKWFKGCLGALDGTYINVMVPNNDKPRYRTRKGQISTNTLVVCDRNLKFVYVLPGWEGSPADARILRDALNRVNGFKAPRGSYYLCDNG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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