同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002870

染色体: Chr07 坐标: 28900240-28902366 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002870
名称SmilChr07G002870
描述uncharacterized SmilChr07G002870
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向28900240 - 28902366 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995884
GeneID130995884
locus_tag-
NCBI NameLOC130995884
原始查询LOC130995884

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功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814871]; symbol=AT2G03420; hit=AT2G03420; species=arabidopsis; confidence=high
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814871]; symbol=AT2G03420; hit=AT2G03420; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G03420 (AT2G03420)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814871]
identity=69.05; qcov=0.656; evalue=1.17e-55; confidence=high
RiceOs03g0210700
-
identity=61.91; qcov=0.219; evalue=4.87e-13; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995884

打开注释模块

非零投票定位候选(最多五项)

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五折投票;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,投票比例不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。

Rank定位位置中文五折投票比例Protein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057777355.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 1.00000 XP_057777355.1
3 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 0.40000 XP_057777355.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:28900495 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B119,B122,B81
Chr7:28901498 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B90,B92,C21,D10
Chr7:28901507 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 8 A19,B125,B21,B32,B89,C49,C50,C72
Chr7:28901551 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 59 A11,A13,A15,A20,A24,B102,B112,B118,B12,B124,B125,B126,B133,B135,B19,B20,B24,B33,B39,B40,B43,B45,B54,B58,B65,B69,B8,B83,B85,B87,B88,B92,B93,B94,B96,C11,C12,C23,C25,C26,C28,C31,C34,C58,C59,C62,C64,C65,C66,C69,C7,C77,C81,C84,D2,D3,D5,D6,D8
Chr7:28901670 GAA G 2bp_deletion frameshift_variant 12 A2,A9,B140,B22,B44,B50,B89,C1,C44,C6,C62,D8
Chr7:28901675 T TCC 2bp_insertion frameshift_variant 12 A2,A9,B140,B22,B44,B50,B89,C1,C44,C6,C62,D8
Chr7:28901678 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 211 A1,A10,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A21,A22,A23,A25,A3,A4,A5,A6,A8,B1,B10,B100,B101,B102,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B113,B114,B115,B117,B12,B121,B122,B123,B124,B125,B127,B128,B129,B131,B132,B133,B134,B135,B137,B138,B139,B14,B140,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B24,B25,B26,B27,B28,B3,B30,B31,B32,B33,B34,B35,B38,B39,B4,B41,B42,B43,B44,B45,B47,B48,B49,B5,B51,B52,B54,B55,B57,B58,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B72,B73,B74,B75,B77,B78,B79,B8,B81,B82,B83,B84,B86,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B97,B99,C11,C12,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C40,C42,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C50,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C60,C61,C62,C63,C64,C67,C69,C7,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C85,C87,C9,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D9
Chr7:28901866 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 88 A1,A18,A21,A5,A7,A8,B101,B103,B104,B108,B109,B11,B110,B111,B113,B114,B117,B120,B127,B128,B129,B131,B132,B134,B138,B139,B140,B17,B18,B23,B27,B3,B30,B31,B35,B4,B41,B48,B49,B5,B55,B57,B59,B6,B62,B7,B70,B73,B75,B78,B79,B84,B85,B91,B95,C10,C13,C16,C17,C18,C19,C20,C24,C27,C29,C3,C30,C33,C35,C36,C37,C42,C46,C5,C51,C52,C53,C54,C56,C57,C61,C70,C71,C75,D11,D4,D7,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921373.1
ATATTGTGAATAATTAGAAAATTATAAAATGGAAAAAGGAAAATTGATTTTATAGTGACCAAAGCCGTTACTTTTCATCAACTCCTCGAGTCTTCTTATCGCTTGCTTCTTCCCACTCCTCTCACCATAAACCAATATGGTTCTCTCTTTGCTCAATGCTTCTCTCACTAACCCATCTCCGACAACCTTAATCTCCACGAATAAATTCGGAATCCCTTCTCGCTCTCGTCAAGGAACATTTTTGCCGATCGTTTCGTGCC...
XM_057921372.1
TTATAGTGACCAAAGCCGTTACTTTTCATCAACTCCTCGAGTCTTCTTATCGCTTGCTTCTTCCCACTCCTCTCACCATAAACCAATATGGTTCTCTCTTTGCTCAATGCTTCTCTCACTAACCCATCTCCGACAACCTTAATCTCCACGAATAAATTCGGAATCCCTTCTCGCTCTCGTCAAGGAACATTTTTGCCGATCGTTTCGTGCCGCAGAGAACCGGAGCATTCGAAACCCAGATATTTTGGCCGAGAATGCTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080393.1_cds_XP_057777355.1_38224
ATGGTTCTCTCTTTGCTCAATGCTTCTCTCACTAACCCATCTCCGACAACCTTAATCTCCACGAATAAATTCGGAATCCCTTCTCGCTCTCGTCAAGGAACATTTTTGCCGATCGTTTCGTGCCGCAGAGAACCGGAGCATTCGAAACCCAGATATTTTGGCCGAGAATGCTCCGCCATTGAACAGATTGTGCATCAGAAATCTACGTTTCTTGTAGCTGCGTCTCTTGCTATTGTTGTCTGGTCTAATCCAGCTCATGC...
lcl|NC_080393.1_cds_XP_057777356.1_38225
ATGGTTCTCTCTTTGCTCAATGCTTCTCTCACTAACCCATCTCCGACAACCTTAATCTCCACGAATAAATTCGGAATCCCTTCTCGCTCTCGTCAAGGAACATTTTTGCCGATCGTTTCGTGCCGCAGAGAACCGGAGCATTCGAAACCCAGATATTTTGGCCGAGAATGCTCCGCCATTGAACAGATTGTGCATCAGAAATCTACGTTTCTTGTAGCTGCGTCTCTTGCTATTGTTGTCTGGTCTAATCCAGCTCATGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057777355.1
MVLSLLNASLTNPSPTTLISTNKFGIPSRSRQGTFLPIVSCRREPEHSKPRYFGRECSAIEQIVHQKSTFLVAASLAIVVWSNPAHAGFLSGSTGMESVPGPQLPQMDFLTRFNEENQKKYAENDARFKESPILKKLLEQSKLNKEKNKQEILDKYCIRGAEWGVGDCSADGMSAEDREKFIAMLKQKAGVE
XP_057777356.1
MVLSLLNASLTNPSPTTLISTNKFGIPSRSRQGTFLPIVSCRREPEHSKPRYFGRECSAIEQIVHQKSTFLVAASLAIVVWSNPAHAGFLSGSTGMESVPGPQLPQMDFLTRFNEENQKKYAENDARFKESPILKKLLEQSKLNKEKNKQEILDKYCIRGAEWGVGDCSADGMSAEDREKFIAMLKQKAGVE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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