当前解析结果
SmilChr07G002906| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002906 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002906 |
| 描述 | putative methylesterase 11, chloroplastic |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 29473045 - 29475715 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130995904 |
|---|---|
| GeneID | 130995904 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995904 |
| 原始查询 | LOC130995904 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | putative methylesterase 11, chloroplastic |
| 产物 | putative methylesterase 11%2C chloroplastic |
| Arabidopsis | AT1G26360 (MES13)methyl esterase 13 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839178] identity=58.9; qcov=0.671; evalue=8.96e-119; confidence=high |
| Rice | Os07g0603600- identity=57.2; qcov=0.74; evalue=6.19e-113; confidence=high |
| GO | GO:0080030 (methyl indole-3-acetate esterase activity); GO:0080032 (methyl jasmonate esterase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00561 (Abhydrolase_1); PF12146 (Hydrolase_4); PF12697 (Abhydrolase_6) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995904 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.60000 | XP_057777375.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057777375.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057777375.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057777375.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057777375.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:29473731 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 17 | A7,B13,B22,B23,B27,B40,B45,B65,B74,B77,C14,C15,C44,C47,C72,C79,C9 |
Chr7:29473918 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C65 |
Chr7:29475075 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr7:29475082 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B128,C17,C45,C61 |
Chr7:29475123 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr7:29475410 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B99 |
Chr7:29475515 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057777375.1PF12146
Hydrolase_4 130-242 aa
PF00561
Abhydrolase_1 134-370 aa
PF12697
Abhydrolase_6 135-374 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057777375.1 |
Pfam | PF12146 |
Hydrolase_4 | Domain | 130 | 242 | 1.4e-08 | 35.0 | Serine aminopeptidase, S33 |
XP_057777375.1 |
Pfam | PF00561 |
Abhydrolase_1 | Domain | 134 | 370 | 6.3e-14 | 52.9 | alpha/beta hydrolase fold |
XP_057777375.1 |
Pfam | PF12697 |
Abhydrolase_6 | Domain | 135 | 374 | 3.2e-22 | 80.9 | Alpha/beta hydrolase family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。