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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002906

染色体: Chr07 坐标: 29473045-29475715 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002906
名称SmilChr07G002906
描述putative methylesterase 11, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向29473045 - 29475715 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995904
GeneID130995904
locus_tag-
NCBI NameLOC130995904
原始查询LOC130995904

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative methylesterase 11, chloroplastic
产物putative methylesterase 11%2C chloroplastic
ArabidopsisAT1G26360 (MES13)
methyl esterase 13 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839178]
identity=58.9; qcov=0.671; evalue=8.96e-119; confidence=high
RiceOs07g0603600
-
identity=57.2; qcov=0.74; evalue=6.19e-113; confidence=high
GOGO:0080030 (methyl indole-3-acetate esterase activity); GO:0080032 (methyl jasmonate esterase activity)
KEGG-
PfamPF00561 (Abhydrolase_1); PF12146 (Hydrolase_4); PF12697 (Abhydrolase_6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995904

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057777375.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057777375.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057777375.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777375.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777375.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:29473731 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 17 A7,B13,B22,B23,B27,B40,B45,B65,B74,B77,C14,C15,C44,C47,C72,C79,C9
Chr7:29473918 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr7:29475075 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:29475082 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B128,C17,C45,C61
Chr7:29475123 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:29475410 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr7:29475515 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777375.1
392 aa
N
1
196
392
Hydrolase_4
Abhydrolase_1
Abhydrolase_6
C
PF12146 Hydrolase_4 130-242 aa PF00561 Abhydrolase_1 134-370 aa PF12697 Abhydrolase_6 135-374 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777375.1 Pfam PF12146 Hydrolase_4 Domain 130 242 1.4e-08 35.0 Serine aminopeptidase, S33
XP_057777375.1 Pfam PF00561 Abhydrolase_1 Domain 134 370 6.3e-14 52.9 alpha/beta hydrolase fold
XP_057777375.1 Pfam PF12697 Abhydrolase_6 Domain 135 374 3.2e-22 80.9 Alpha/beta hydrolase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921392.1
CGCACAAGTAACGCAAGGACTAATTATATTTTTCTATAATTAGTTCAATAATACCCAAAACAAACACTTGTATTTATTAGTAGTTGTCACAATTATTGTTGTAAATATGAATTTTCGCCTTGCGCAAATTTTCTGGATGTATTATCAAATCAGGAAAAGTATCAAGAAATAAACCGCCTTGTATTTTAAGTCAATAGATACTTTGCTCATCTACATTTTTCAACATACATATTTTCTAACAAGAATGGTCATACTCTTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995904
ATGGGAAATTCTATTGCATGCTTCTCTCTCTCGAAATCTCCAGCAAAGGAGCTTCTCCCTCCATGGATTGCCCCCTCGGCTCCCCACAGAAGATCAAGAAAATCGACATCGTCGTCGTCTTCTTCCCCGGCCAAGAAAACCTCGGACTTGTTGGACGAATCCTATATTAAGCAGCAAGCTCAGATTGCTTCCATGCTCTACCACCATCACTTGCAAAACAATGGAGCTGATCTTCTTCTCCACTTAGACCGCTCCGTTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777375.1
MGNSIACFSLSKSPAKELLPPWIAPSAPHRRSRKSTSSSSSSPAKKTSDLLDESYIKQQAQIASMLYHHHLQNNGADLLLHLDRSVSTKNPPPSSSSKKLPRRSRSVSSSTPLSSLHLPNLQDAAKNDGQEKKHFVLVHGGGFGAWCWYKIIALLKEAKCEVDAIDLTGSGANFCDVTSIKTIPQYAKPLIDFLANLADDKEVILVGHDLGGACISYAMEMSPSKVSRAVFVAATMLSNGQSALDVFSKQSGLTEMNQRA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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