Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002909`

染色体: Chr07 坐标: 29493997-29496759 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002909`
名称	SmilChr07G002909
描述	ubiquinone biosynthesis protein COQ4 homolog, mitochondrial
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	29493997 - 29496759 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995907`
GeneID	`130995907`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995907`
原始查询	`LOC130995907`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ubiquinone biosynthesis protein COQ4 homolog, mitochondrial
产物	ubiquinone biosynthesis protein COQ4 homolog%2C mitochondrial
Arabidopsis	`AT2G03690` (AT2G03690) coenzyme Q biosynthesis Coq4 family protein / ubiquinone biosynthesis Coq4 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814897] identity=79.5; qcov=0.982; evalue=7.47e-134; confidence=high
Rice	`Os04g0674200` - identity=79.3; qcov=0.974; evalue=4.1e-135; confidence=high
GO	GO:0005743 (mitochondrial inner membrane); GO:0006744 (ubiquinone biosynthetic process)
KEGG	smil00130 (Ubiquinone and other terpenoid-quinone biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF05019 (Coq4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995907

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057777386.1`
2	Mitochondrion membrane	线粒体膜	1.00000	`XP_057777386.1`
3	Mitochondrion inner membrane	线粒体内膜	1.00000	`XP_057777386.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057777386.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057777386.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:29494180`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B59,C10
`Chr7:29494205`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B78
`Chr7:29494205`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B78
`Chr7:29494207`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B78
`Chr7:29494207`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B78
`Chr7:29494277`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C37
`Chr7:29494301`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	7	B126,B21,B32,C20,C26,C49,C50
`Chr7:29494321`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr7:29494410`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C32,C83
`Chr7:29494440`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A11
`Chr7:29494477`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B111
`Chr7:29494521`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777386.1

228 aa

114

228

Coq4

PF05019 Coq4 5-221 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777386.1`	Pfam	`PF05019`	Coq4	Family	5	221	5.3e-80	268.6	Coenzyme Q (ubiquinone) biosynthesis protein Coq4

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921403.1
ATCTTCTATCTCTCACTGCCTGAGTCTATCGCCACCGCCTCCACCACCTCATAAACCCTAGCGCCGCTTGGTACACGACGCATCTGTCCCCGTCGGCTCTGCGCCTGGTTCACGATGCCCCTCCACCAGCCGTCCTTGTAGAAGGTGTCCACCTCGTCATTCGAATCGAAGCCCTTGACGACCTCCTGTACCGGTGGCGCGGGCCTCACAAACAACGGCTCGAGGACGGTGGTGGAGCCTCCACCACCATCTCCTAAACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995907
ATGATAGGGGGTGGTCGAGTGAAACTCAAGGGATGGCAGCAAGCTGCTGTTGCAGTTGGATCAGCTGTTGGAGCGTTGTTGGATCTGCGAAGAGCTGATTTGATAGCTGCTCTTGGGGAGACCACTGGAAAGCCCGCATTTCAAAGGGTTCTTGAGAGAATGAAGACAAGTCCAGAAGGGAGGGCTGTACTACTGGAGCGCCCTCGTGTCATCTCTGCTAACGTAGGGCATGCATGGGACCTTCCGCCAAACACATTTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057777386.1
MIGGGRVKLKGWQQAAVAVGSAVGALLDLRRADLIAALGETTGKPAFQRVLERMKTSPEGRAVLLERPRVISANVGHAWDLPPNTFGAAYAKFMGSRNFSPDDRPPVRFMETEEIAYVATRAREVHDFWHTLFDLPTNLIGESALKVIEFEQMLLPMCALSVAGGTARFSRSQRNLFYQHYFPWALRAGVRCTDLMCVYYERHFDEDLEDVRRIWGIVPAPPPPLRAA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器