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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003010`

染色体: Chr07 坐标: 30953833-30957731 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003010`
名称	SmilChr07G003010
描述	putative U-box domain-containing protein 42
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	30953833 - 30957731 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995920`
GeneID	`130995920`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995920`
原始查询	`LOC130995920`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative U-box domain-containing protein 42
产物	putative U-box domain-containing protein 42
Arabidopsis	`AT1G68940` (AT1G68940) Armadillo/beta-catenin-like repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843228] identity=48.3; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0275700` (OsPUB22) - identity=43.7; qcov=0.951; evalue=0; confidence=medium
GO	GO:0004842 (ubiquitin-protein transferase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0016567 (protein ubiquitination)
KEGG	-
Pfam	PF00514 (Arm); PF04564 (U-box)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995920

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057777400.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057777400.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057777400.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057777400.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057777400.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:30954615`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C74
`Chr7:30954687`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B89
`Chr7:30954687`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B89
`Chr7:30956016`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr7:30956043`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B72,B88
`Chr7:30956154`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B84,C44
`Chr7:30956280`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C58
`Chr7:30956561`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3
`Chr7:30956951`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr7:30957222`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C78
`Chr7:30957226`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B37,B67,C79
`Chr7:30957399`	`GAT`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	A3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777400.1

1042 aa

521

1042

U-box

Arm

PF04564 U-box 248-321 aa PF00514 Arm 906-939 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777400.1`	Pfam	`PF04564`	U-box	Domain	248	321	1.2e-13	51.7	U-box domain
`XP_057777400.1`	Pfam	`PF00514`	Arm	Repeat	906	939	9.8e-09	35.7	Armadillo/beta-catenin-like repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921417.1
CATCCTGTTTCATAAAATAATCAAGATTTTTAGTATTATCATACAAGAATTTATAGCATGCTGCATTATTCTATCAAAATGCTACTTTCACGAAGAAAAGGATGCATACAGAAAGCATTTCCAGAGACTCATTCAATGATCTACATATTAAAATTTCCTTTTCTAACTGAAGAAATGAGGCACCACTCTCTCATCTTCGAGAGTTGAGTTTCTTGCACTGCTAACAAACATGTCTGACAATAGCTCCGACTGGTCGCAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995920
ATGTCTGACAATAGCTCCGACTGGTCGCAGTTGAGGGATGAGAGGAGTCCACTTAGCAGACTTGCTGAGTCCTTGTTGGCAAGTATTGCAGAAATCATTAAGTCAGTGATACACATACAAGTAGAGAAAGAGATTTTCATTGAAATCGGCTGCTTCTTTTATCGGGCATCTGCCATAGTCATGGAGCTTCACATAAACTGGAATACTCCAACAAATACAACTGAGATCTTACAATCTCTGTGCAACAAAGTAGAGTTGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057777400.1
MSDNSSDWSQLRDERSPLSRLAESLLASIAEIIKSVIHIQVEKEIFIEIGCFFYRASAIVMELHINWNTPTNTTEILQSLCNKVELAKSFTAKLGKNTQTLRYPNFTSMLKQLEDVVRGIGENLSLIPLSTYGNHEYTEWAAKALSKEMKDVSFSVSPSHGSESKGKQLHRVPSKEEMKQVETDLYSVDADASATNLQLSDTSQSYLSASQDQESSMSLGRNYPKSLSGGSSLMAFPQLAQYMEPLYDTFFCPLTKKVME...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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