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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003800

染色体: Chr01 坐标: 56376191-56381223 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003800
名称SmilChr01G003800
描述uncharacterized SmilChr01G003800
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向56376191 - 56381223 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995923
GeneID130995923
locus_tag-
NCBI NameLOC130995923
原始查询LOC130995923

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述elongation factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825136]; symbol=AT3G59670; hit=AT3G59670; species=arabidopsis; confidence=medium
产物elongation factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825136]; symbol=AT3G59670; hit=AT3G59670; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT3G59670 (AT3G59670)
elongation factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825136]
identity=44.1; qcov=1.06; evalue=3.53e-99; confidence=medium
RiceOs05g0366300 (OSJNBb0111K12.17)
-
identity=33; qcov=0.825; evalue=1.55e-35; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995923

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057777409.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777409.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777409.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057777409.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057777409.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:56376604 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr1:56376607 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B56,B96,C74,C8,D4
Chr1:56377017 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,C56
Chr1:56377191 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr1:56377373 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C16
Chr1:56378112 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B117
Chr1:56379607 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B139,B22,B41,C50
Chr1:56379732 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,B11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921426.1
CAGAAAAGAAAAAAAAAATGAAAAAATATAAATACACACACAATGAAAACACAGAACGTTCAGTTGTTAACACACTCAAAAACATACGCCGCTCGTGCAGTCGCCGCCAACCTCCATTTGGCTCTGGTGTCTTGTGTTTGGTTATTGATTTGTGCTACTCAATGGGGATTCATGTATAGAGGACGAGACAACAAGAACAAGCTGAATATTCAGAGAGCAGCAGTTCAAGAGCTTGGTGAGAATGGCCTGAACTGCACAAG...
XM_057921435.1
CAGAAAAGAAAAAAAAAATGAAAAAATATAAATACACACACAATGAAAACACAGAACGTTCAGTTGTTAACACACTCAAAAACATACGCCGCTCGTGCAGTCGCCGCCAACCTCCATTTGGCTCTGGTGTCTTGTGTTTGGTTATTGATTTGTGCTACTCAATGGGGATTCATGTATAGAGGACGAGACAACAAGAACAAGCTGAATAGTAAGTCACATAATTGCAGCATAAACAATCCATGGAGACAAACTTTGATAGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130995923
ATGTTGGTTGAAGGTTATAAATCTTTGAAGGCTGCAGAGGACATTCCTGTTGATATACTTGAACTTTCACGAAGCAGGGACCTCAAGGTGGAGGCAAAAGAGGACCCTGATGCCACTGAAAATTCAAGCTCATTTGCCGACACAATTTCTGGAAATGAAAATGCTTCCAGTTTAAGCGATGCTGAAGTTGAGTCACAGTTCATTCCTGACATTGATTTGGCTCCTGCATTTGATGGATTTGGCAGTGTCTTCCCAATAAG...
LOC130995923
ATGTTGGTTGAAGGTTATAAATCTTTGAAGGCTGCAGAGGACATTCCTGTTGATATACTTGAACTTTCACGAAGCAGGGACCTCAAGGTGGAGGCAAAAGAGGACCCTGATGCCACTGAAAATTCAAGCTCATTTGCCGACACAATTTCTGGAAATGAAAATGCTTCCAGTTTAAGCGATGCTGAAGTTGAGTCACAGTTCATTCCTGACATTGATTTGGCTCCTGCATTTGATGGATTTGGCAGTGTCTTCCCAATAAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057777409.1
MLVEGYKSLKAAEDIPVDILELSRSRDLKVEAKEDPDATENSSSFADTISGNENASSLSDAEVESQFIPDIDLAPAFDGFGSVFPIRKKKLTAHWRNFIHPLMWRCKWTELRIKELESQASKYAREVSVIDREKHMPLDKTTVEQLGSKSLPIPLQSRRKRPMKRRKRKRVENTSDITTYMSNHILFSERENKRPDLDGVPTWENNGNSDKHAGTRDEFGLHDDYSFHEENDNILEHILRKIELVHTRVHKLRTQLDVVL...
XP_057777418.1
MLVEGYKSLKAAEDIPVDILELSRSRDLKVEAKEDPDATENSSSFADTISGNENASSLSDAEVESQFIPDIDLAPAFDGFGSVFPIRKKKLTAHWRNFIHPLMWRCKWTELRIKELESQASKYAREVSVIDREKHMPLDKTTVEQLGSKSLPIPLQSRRKRPMKRRKRKRVENTSDITTYMSNHILFSERENKRPDLDGVPTWENNDKHAGTRDEFGLHDDYSFHEENDNILEHILRKIELVHTRVHKLRTQLDVVLINN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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