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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003022

染色体: Chr07 坐标: 31256458-31263034 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003022
名称SmilChr07G003022
描述ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向31256458 - 31263034 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995924
GeneID130995924
locus_tag-
NCBI NameLOC130995924
原始查询LOC130995924

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15
产物ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15
ArabidopsisAT1G17110 (UBP15)
ubiquitin-specific protease 15 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838281]
identity=44.2; qcov=1.06; evalue=0; confidence=medium
RiceOs02g0244300 (UBP15)
-
identity=42.5; qcov=1.05; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004197 (cysteine-type endopeptidase activity); GO:0004843 (cysteine-type deubiquitinase activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0016579 (protein deubiquitination)
KEGG-
PfamPF00443 (UCH); PF01753 (zf-MYND); PF13423 (UCH_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995924

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057777404.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057777404.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057777404.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777404.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777404.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:31258764 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B2,B26,B75,D3
Chr7:31258924 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr7:31259671 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B2,B26,B75,D3
Chr7:31259960 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr7:31260087 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,C2
Chr7:31260314 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B119,C17,C27,C31
Chr7:31260318 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B44,C19,C31,C35
Chr7:31260527 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B2,B26,D3
Chr7:31261126 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,B45
Chr7:31261428 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B44,C19,C31,C35
Chr7:31262019 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr7:31262109 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B119,C17,C27,C31

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777404.1
909 aa
N
1
454
909
zf-MYND
UCH
UCH_1
C
PF01753 zf-MYND 76-113 aa PF00443 UCH 448-751 aa PF13423 UCH_1 449-733 aa
XP_057777405.1
909 aa
N
1
454
909
zf-MYND
UCH
UCH_1
C
PF01753 zf-MYND 76-113 aa PF00443 UCH 448-751 aa PF13423 UCH_1 449-733 aa
XP_057777406.1
909 aa
N
1
454
909
zf-MYND
UCH
UCH_1
C
PF01753 zf-MYND 76-113 aa PF00443 UCH 448-751 aa PF13423 UCH_1 449-733 aa
XP_057777407.1
909 aa
N
1
454
909
zf-MYND
UCH
UCH_1
C
PF01753 zf-MYND 76-113 aa PF00443 UCH 448-751 aa PF13423 UCH_1 449-733 aa
XP_057777408.1
909 aa
N
1
454
909
zf-MYND
UCH
UCH_1
C
PF01753 zf-MYND 76-113 aa PF00443 UCH 448-751 aa PF13423 UCH_1 449-733 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777404.1 Pfam PF01753 zf-MYND Domain 76 113 2.2e-09 37.9 MYND finger
XP_057777404.1 Pfam PF00443 UCH Family 448 751 1.1e-52 180.0 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
XP_057777404.1 Pfam PF13423 UCH_1 Domain 449 733 1.2e-24 88.3 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
XP_057777405.1 Pfam PF01753 zf-MYND Domain 76 113 2.2e-09 37.9 MYND finger
XP_057777405.1 Pfam PF00443 UCH Family 448 751 1.1e-52 180.0 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
XP_057777405.1 Pfam PF13423 UCH_1 Domain 449 733 1.2e-24 88.3 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
XP_057777406.1 Pfam PF01753 zf-MYND Domain 76 113 2.2e-09 37.9 MYND finger
XP_057777406.1 Pfam PF00443 UCH Family 448 751 1.1e-52 180.0 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
XP_057777406.1 Pfam PF13423 UCH_1 Domain 449 733 1.2e-24 88.3 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
XP_057777407.1 Pfam PF01753 zf-MYND Domain 76 113 2.2e-09 37.9 MYND finger
XP_057777407.1 Pfam PF00443 UCH Family 448 751 1.1e-52 180.0 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
XP_057777407.1 Pfam PF13423 UCH_1 Domain 449 733 1.2e-24 88.3 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
XP_057777408.1 Pfam PF01753 zf-MYND Domain 76 113 2.2e-09 37.9 MYND finger
XP_057777408.1 Pfam PF00443 UCH Family 448 751 1.1e-52 180.0 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
XP_057777408.1 Pfam PF13423 UCH_1 Domain 449 733 1.2e-24 88.3 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921424.1
GGTGCACCTGTAAGTAGTGTACATGGAATCATTTCCCTGCCTTAAAAGTTGAACAAAGAAGAAAGCTTAAGTGAGAAACTGGTTTGCTGCAACGAAAGACTAATTTAACTGTGTTCTTTTATTTTTGCCTACAATTTGAGAACCGAAAGAAAGTGTAACAGATGGTTATTCATGCTACATACTGTGGATACCTGATCTTTTGAGTGACCGGGTTCATAGCTAAGGAAGTTCGCTGTTTGAAAGAACACCATTTGTTGCAG...
XM_057921421.1
CCTGTAAGTAGTGTACATGGAATCATTTCCCTGCCTTAAAAGTTGAACAAAGAAGAAAGCTTAAGTGAGAAACTGGTTTGCTGCAACGAAAGACTAATTTAACTGTGTTCTTTTATTTTTGCCTACAATTTGAGAACCGAAAGAAAGTAAGGAGTGCCCACATTGAAGTGTAACAGATGGTTATTCATGCTACATACTGTGGATACCTGATCTTTTGAGTGACCGGGTTCATAGCTAAGGAAGTTCGCTGTTTGAAAGAA...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130995924
ATGCTTGAGCCAAGGGAAACCGATATACCGGCTTTGTTTCTCATCTTTGTTGTCCTTCCCCTGGTTACCTATTTCATACTAGGAAAATGGAGTGAGACTTCCAAAAGAAAGGAGAGGATAAGTTTGATTGCTAGCGGAGCAGTTGAGGAAGCTCTGCAAGTCGACCATATGGCTGTTGGTGGTATTATTCCCATGGTACATATGCCAAATAGTGGGATTCATCAATGTGCAAGATGCTTCGGCCCAGCTGGGACCCGTTG...
LOC130995924
ATGCTTGAGCCAAGGGAAACCGATATACCGGCTTTGTTTCTCATCTTTGTTGTCCTTCCCCTGGTTACCTATTTCATACTAGGAAAATGGAGTGAGACTTCCAAAAGAAAGGAGAGGATAAGTTTGATTGCTAGCGGAGCAGTTGAGGAAGCTCTGCAAGTCGACCATATGGCTGTTGGTGGTATTATTCCCATGGTACATATGCCAAATAGTGGGATTCATCAATGTGCAAGATGCTTCGGCCCAGCTGGGACCCGTTG...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057777404.1
MLEPRETDIPALFLIFVVLPLVTYFILGKWSETSKRKERISLIASGAVEEALQVDHMAVGGIIPMVHMPNSGIHQCARCFGPAGTRCSQCKSVWYCSGRCQIVHWRNVHKLECQQLGKDCHRPFLKCGSEEGSRGRVSYGETTEQCTFQYKVQQPSIDGTFSKDFVLHPLTALTPATTSGMALSASEKSIINQRSAEIGPFLTGQIDSLKTVDSAVLSSSGEGCGSSFTLPNSSQPSEDPYLREGNFSLSERHANSPHVS...
XP_057777405.1
MLEPRETDIPALFLIFVVLPLVTYFILGKWSETSKRKERISLIASGAVEEALQVDHMAVGGIIPMVHMPNSGIHQCARCFGPAGTRCSQCKSVWYCSGRCQIVHWRNVHKLECQQLGKDCHRPFLKCGSEEGSRGRVSYGETTEQCTFQYKVQQPSIDGTFSKDFVLHPLTALTPATTSGMALSASEKSIINQRSAEIGPFLTGQIDSLKTVDSAVLSSSGEGCGSSFTLPNSSQPSEDPYLREGNFSLSERHANSPHVS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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