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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002924

染色体: Chr07 坐标: 29621922-29624870 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002924
名称SmilChr07G002924
描述fructokinase-like 2, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向29621922 - 29624870 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995932
GeneID130995932
locus_tag-
NCBI NameLOC130995932
原始查询LOC130995932

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述fructokinase-like 2, chloroplastic
产物fructokinase-like 2%2C chloroplastic
ArabidopsisAT1G69200 (FLN2)
fructokinase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843251]
identity=58.8; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0602600 (HSA1)
-
identity=55.2; qcov=0.898; evalue=0; confidence=high
GOGO:0009658 (chloroplast organization); GO:0009662 (etioplast organization); GO:0042644 (chloroplast nucleoid); GO:0042793 (plastid transcription)
KEGG-
PfamPF00294 (PfkB)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995932

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057777423.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057777423.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777423.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777423.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777423.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:29622213 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr7:29622216 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B72,C71
Chr7:29622286 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 174 A10,A11,A13,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A23,A24,A25,A3,A4,A6,A7,B10,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B110,B112,B114,B117,B118,B119,B12,B120,B122,B123,B125,B127,B13,B131,B132,B133,B134,B138,B14,B140,B16,B17,B18,B19,B2,B20,B23,B24,B29,B3,B33,B35,B36,B37,B38,B39,B40,B42,B43,B44,B48,B49,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B58,B61,B64,B66,B67,B7,B70,B72,B73,B75,B76,B78,B79,B8,B80,B81,B83,B84,B86,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B96,B97,C10,C11,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C21,C22,C23,C24,C25,C27,C28,C3,C30,C32,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C40,C41,C43,C45,C46,C48,C5,C50,C51,C52,C54,C55,C60,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C79,C8,C81,C82,C83,C86,C87,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D5
Chr7:29622392 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B35
Chr7:29622795 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:29622951 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr7:29622997 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B72,C71
Chr7:29623476 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:29623662 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr7:29623680 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B72,C71
Chr7:29623727 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 186 A1,A10,A11,A13,A15,A18,A19,A2,A21,A23,A24,A3,A4,A6,A9,B10,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B110,B112,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B122,B123,B125,B127,B13,B131,B132,B133,B134,B137,B138,B139,B14,B140,B16,B17,B18,B19,B2,B20,B22,B23,B26,B29,B3,B33,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B42,B43,B44,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B54,B55,B56,B57,B58,B61,B64,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B72,B73,B74,B75,B76,B78,B79,B8,B80,B81,B83,B84,B85,B86,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B96,B97,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C27,C28,C3,C30,C32,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C43,C44,C45,C46,C48,C5,C50,C51,C52,C55,C59,C6,C60,C63,C64,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C79,C81,C82,C83,C86,C87,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D8
Chr7:29624065 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,B68,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777423.1
571 aa
N
1
286
571
PfkB
C
PF00294 PfkB 227-524 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777423.1 Pfam PF00294 PfkB Domain 227 524 5e-32 112.2 pfkB family carbohydrate kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921440.1
ATATACTGCCATAAGAAATAAATTAAATAATAAAATTTTAAAATTGGAATATCAGAATTATCTATTGCTACTACTTCGAGACTTGGTCTCTTCCCCTAAACCCCTTCGCAAGATTTTGTGGGGTTTAGCTAAAATCTTTATGGAATGGCTTCAATTTCTTTCACACAGTTTTCTTCGATGCCCAGGATATGCAGGTGGCAATCGAAAGGTAATTCCCCTTGTATAAACTTATGGAAAATTCAAGATTTTCGATTAAATGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995932
ATGGCTTCAATTTCTTTCACACAGTTTTCTTCGATGCCCAGGATATGCAGGTGGCAATCGAAAGGTAATTCCCCTTGTATAAACTTATGGAAAATTCAAGATTTTCGATTAAATGGAAAAGTAGTTATGGCAGTATCGAGGAGTAAAACAACTGGTTCTTCACCTGAAATGGAATCAGCTGGAGAAGCAGTAGTTGTGGAGAAGAAGACTCGAAAAACTACTAAGCGAGCTTCTGCAAGAACCAAAAAAGTAGTGGATAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777423.1
MASISFTQFSSMPRICRWQSKGNSPCINLWKIQDFRLNGKVVMAVSRSKTTGSSPEMESAGEAVVVEKKTRKTTKRASARTKKVVDNPVEISAVNDNVGGEELLTTADSAEDSSKTKPRTRKKAPSTSKALAEDGVTKKPTRQRRRSKKADAADNLGSETELSDGEGEAFISTLDEESEEELELEIDDGEDISFTYGWPPLVCCFGAAQHAFVPAGRRANRLIDYEFHESKKDVLWEPERFVRASGGSASTVAVALASLG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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