当前解析结果
SmilChr01G003779| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003779 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003779 |
| 描述 | UDP glycosyltransferase 9-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 56182250 - 56184975 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130995935 |
|---|---|
| GeneID | 130995935 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995935 |
| 原始查询 | LOC130995935 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | UDP glycosyltransferase 9-like |
| 产物 | UDP glycosyltransferase 9-like |
| Arabidopsis | AT1G05680 (UGT74E2)Uridine diphosphate glycosyltransferase 74E2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837075] identity=42.4; qcov=0.987; evalue=5.55e-118; confidence=medium |
| Rice | Os09g0518000 (OsUGT74H4)- identity=38.9; qcov=1.03; evalue=2.36e-90; confidence=medium |
| GO | GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00201 (UDPGT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995935 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057777429.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057777429.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057777429.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057777429.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057777429.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:56182908 |
CCG |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B73,B93 |
Chr1:56182908 |
CCG |
C |
2bp_deletion | CDS_variant | 2 | B73,B93 |
Chr1:56182912 |
CG |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B73,B93 |
Chr1:56182912 |
CG |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B73,B93 |
Chr1:56182914 |
T |
TC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 17 | B12,B133,B19,B21,B26,B32,B41,B52,B56,B99,C15,C30,C41,C60,C63,D1,D5 |
Chr1:56182919 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 17 | B12,B133,B19,B21,B26,B32,B41,B52,B56,B99,C15,C30,C41,C60,C63,D1,D5 |
Chr1:56182923 |
A |
AGG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 13 | B12,B21,B26,B32,B41,B56,B99,C15,C30,C41,C60,C63,D1 |
Chr1:56182949 |
G |
GC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 7 | B12,B26,B99,C15,C30,C6,C63 |
Chr1:56182971 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 11 | B100,B114,B12,B26,B99,C10,C30,C5,C50,C63,C84 |
Chr1:56183005 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr1:56183007 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 10 | B100,B114,B12,B26,B99,C10,C30,C50,C63,C84 |
Chr1:56183009 |
T |
TAA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 10 | B100,B12,B26,B99,C10,C30,C5,C50,C63,C84 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057777429.1PF00201
UDPGT 256-411 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057777429.1 |
Pfam | PF00201 |
UDPGT | Family | 256 | 411 | 5.9e-24 | 85.5 | UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。