当前解析结果
SmilChr07G003032| 统一新 Gene ID | SmilChr07G003032 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G003032 |
| 描述 | protein ESMERALDA 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 31360522 - 31370000 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130995936 |
|---|---|
| GeneID | 130995936 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995936 |
| 原始查询 | LOC130995936 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein ESMERALDA 1-like |
| 产物 | protein ESMERALDA 1-like |
| Arabidopsis | AT2G01480 (AT2G01480)O-fucosyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814676] identity=78.4; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0841200- identity=75.8; qcov=0.679; evalue=0; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF10250 (O-FucT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995936 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057777426.1 |
| 2 | Golgi stack | 高尔基堆 | 0.20000 | XP_057777426.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057777426.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057777426.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057777426.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:31360969 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B129 |
Chr7:31361080 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B25 |
Chr7:31363327 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B7,C5 |
Chr7:31363340 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C43,C62,C63,D7 |
Chr7:31363533 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B63,C38 |
Chr7:31363533 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B63,C38 |
Chr7:31368304 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,B75 |
Chr7:31368316 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B44,C19,C35 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057777426.1PF10250
O-FucT 152-482 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057777426.1 |
Pfam | PF10250 |
O-FucT | Family | 152 | 482 | 2.9e-101 | 340.3 | GDP-fucose protein O-fucosyltransferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。