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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003012

染色体: Chr07 坐标: 30963572-30967294 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003012
名称SmilChr07G003012
描述transcription factor bHLH49
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向30963572 - 30967294 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995941
GeneID130995941
locus_tag-
NCBI NameLOC130995941
原始查询LOC130995941

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription factor bHLH49
产物transcription factor bHLH49
ArabidopsisAT1G68920 (AT1G68920)
basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843225]
identity=42.9; qcov=1; evalue=8.53e-104; confidence=medium
RiceOs06g0275600 (OsbHLH086)
-
identity=41.6; qcov=0.789; evalue=8.91e-74; confidence=medium
GOGO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG-
PfamPF00010 (HLH)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995941

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057777433.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777433.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777433.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057777433.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057777433.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:30964042 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 D11
Chr7:30964042 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:30964044 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 2 B1,C1
Chr7:30964044 GC G 1bp_deletion CDS_variant 2 B1,C1
Chr7:30964048 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,B45
Chr7:30964052 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B129,B26,B5,C59,D3
Chr7:30964077 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 14 B101,B106,B34,B42,B43,B48,B78,C38,C46,C65,D11,D5,D6,D9
Chr7:30964098 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 2 A21,B101
Chr7:30964098 G GC 1bp_insertion CDS_variant 2 A21,B101
Chr7:30964127 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:30964255 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr7:30965097 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B15,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777433.1
508 aa
N
1
254
508
HLH
C
PF00010 HLH 330-378 aa
XP_057777434.1
508 aa
N
1
254
508
HLH
C
PF00010 HLH 330-378 aa
XP_057777435.1
508 aa
N
1
254
508
HLH
C
PF00010 HLH 330-378 aa
XP_057777436.1
508 aa
N
1
254
508
HLH
C
PF00010 HLH 330-378 aa
XP_057777437.1
508 aa
N
1
254
508
HLH
C
PF00010 HLH 330-378 aa
XP_057777438.1
508 aa
N
1
254
508
HLH
C
PF00010 HLH 330-378 aa
XP_057777439.1
506 aa
N
1
253
506
HLH
C
PF00010 HLH 330-378 aa
XP_057777440.1
506 aa
N
1
253
506
HLH
C
PF00010 HLH 330-378 aa
XP_057777441.1
503 aa
N
1
252
503
HLH
C
PF00010 HLH 330-378 aa
XP_057777442.1
503 aa
N
1
252
503
HLH
C
PF00010 HLH 330-378 aa
XP_057777443.1
503 aa
N
1
252
503
HLH
C
PF00010 HLH 330-378 aa
XP_057777445.1
503 aa
N
1
252
503
HLH
C
PF00010 HLH 330-378 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777433.1 Pfam PF00010 HLH Domain 330 378 1.1e-06 29.0 Helix-loop-helix DNA-binding domain
XP_057777434.1 Pfam PF00010 HLH Domain 330 378 1.1e-06 29.0 Helix-loop-helix DNA-binding domain
XP_057777435.1 Pfam PF00010 HLH Domain 330 378 1.1e-06 29.0 Helix-loop-helix DNA-binding domain
XP_057777436.1 Pfam PF00010 HLH Domain 330 378 1.1e-06 29.0 Helix-loop-helix DNA-binding domain
XP_057777437.1 Pfam PF00010 HLH Domain 330 378 1.1e-06 29.0 Helix-loop-helix DNA-binding domain
XP_057777438.1 Pfam PF00010 HLH Domain 330 378 1.1e-06 29.0 Helix-loop-helix DNA-binding domain
XP_057777439.1 Pfam PF00010 HLH Domain 330 378 1.1e-06 29.1 Helix-loop-helix DNA-binding domain
XP_057777440.1 Pfam PF00010 HLH Domain 330 378 1.1e-06 29.1 Helix-loop-helix DNA-binding domain
XP_057777441.1 Pfam PF00010 HLH Domain 330 378 1.1e-06 29.1 Helix-loop-helix DNA-binding domain
XP_057777442.1 Pfam PF00010 HLH Domain 330 378 1.1e-06 29.1 Helix-loop-helix DNA-binding domain
XP_057777443.1 Pfam PF00010 HLH Domain 330 378 1.1e-06 29.1 Helix-loop-helix DNA-binding domain
XP_057777445.1 Pfam PF00010 HLH Domain 330 378 1.1e-06 29.1 Helix-loop-helix DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

12 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921458.1
TTAATACTAATGATCAAGAGTTTTCTGTTTAATTTAATTTTATTTATAATTATTTTTATGAAGCATCAAGAGCTCTGTTTTTTATGCGAGGCGTGGGTATAAATGCAGCATCTTTCCTATTAAGTTATCCTTTTCATTTCCTTCAAATCACCCATTTATTTTGCTTCCTCCCTCTCATTTACTCTCTCTCTCTCTCTGCTTCCTGATCTTGTTTCCCCTCTTTCTCTCTCCTCTTTATTGTTTTCTTGAATGCTCAGGTC...
XM_057921451.1
TATCCTTTTCATTTCCTTCAAATCACCCATTTATTTTGCTTCCTCCCTCTCATTTACTCTCTCTCTCTCTCTGCTTCCTGATCTTGTTTCCCCTCTTTCTCTCTCCTCTTTATTGTTTTCTTGAATGCTCAGGTCACTGTGTACAGTACATAACAGTCTCAGCTTTGAACGATAATATTGCCACGAATTCAAAATTTGAAGAAAGAAAAGAAAAAAAAAAAAAAGAATTCTTCAAGGGCTGCTCAAAAACAGTACCGAAG...

CDS

12 records

下载 CDS FASTA
LOC130995941
ATGGATGTTGCTGGAAAAGATGCCAGTGTTGAGCCTTCTAATGCAAATGATGATTCTTTAAACTATCACACGCCTAATATGGCTGCAGAGTGGCAAGTTAGTGGGAATAATCTAGCTAACACGTCTATTGGGATGATGTCTATCTGCAATTCTTTGATGGAGTCCTCTGCTTGCTCATCGCCCTCGTTGGTCGATTCATTTTGCCCTCCCGTTTGGGACCATTCGATAAATGGACAGAACTTGGGGTATTGTGATGTGAA...
LOC130995941
ATGGATGTTGCTGGAAAAGATGCCAGTGTTGAGCCTTCTAATGCAAATGATGATTCTTTAAACTATCACACGCCTAATATGGCTGCAGAGTGGCAAGTTAGTGGGAATAATCTAGCTAACACGTCTATTGGGATGATGTCTATCTGCAATTCTTTGATGGAGTCCTCTGCTTGCTCATCGCCCTCGTTGGTCGATTCATTTTGCCCTCCCGTTTGGGACCATTCGATAAATGGACAGAACTTGGGGTATTGTGATGTGAA...

Protein

12 records

下载 Protein FASTA
XP_057777433.1
MDVAGKDASVEPSNANDDSLNYHTPNMAAEWQVSGNNLANTSIGMMSICNSLMESSACSSPSLVDSFCPPVWDHSINGQNLGYCDVNDASTSSNLGSVRADLGWNPTAMLRGGMFMPPVSGMLPNFPADSGFIERAARFSCFSGGNFGEMMNPFGVPDPLNPFSRGLGVVHSQRHEVNVAELSKEGGPLLGKQGAEGSPFKNEKRSESIHDEAKQGVGASGNESDEAECSGRGPQEEVDCVTGESSGKGLGAKKRKRGRG...
XP_057777434.1
MDVAGKDASVEPSNANDDSLNYHTPNMAAEWQVSGNNLANTSIGMMSICNSLMESSACSSPSLVDSFCPPVWDHSINGQNLGYCDVNDASTSSNLGSVRADLGWNPTAMLRGGMFMPPVSGMLPNFPADSGFIERAARFSCFSGGNFGEMMNPFGVPDPLNPFSRGLGVVHSQRHEVNVAELSKEGGPLLGKQGAEGSPFKNEKRSESIHDEAKQGVGASGNESDEAECSGRGPQEEVDCVTGESSGKGLGAKKRKRGRG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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