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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002971

染色体: Chr07 坐标: 30268075-30269556 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002971
名称SmilChr07G002971
描述cytosolic sulfotransferase 12-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向30268075 - 30269556 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995959
GeneID130995959
locus_tag-
NCBI NameLOC130995959
原始查询LOC130995959

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytosolic sulfotransferase 12-like
产物cytosolic sulfotransferase 12-like
ArabidopsisAT2G03760 (SOT12)
sulfotransferase 12 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814903]
identity=49.9; qcov=0.973; evalue=1.49e-108; confidence=high
RiceOs01g0311600
-
identity=45.9; qcov=1.01; evalue=4.79e-94; confidence=high
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0008146 (sulfotransferase activity); GO:0051923 (sulfation)
KEGG-
PfamPF00685 (Sulfotransfer_1); PF13469 (Sulfotransfer_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995959

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057777470.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057777470.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057777470.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777470.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777470.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777470.1
336 aa
N
1
168
336
Sulfotransfer_1
Sulfotransfer_3
C
PF00685 Sulfotransfer_1 74-333 aa PF13469 Sulfotransfer_3 164-259 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777470.1 Pfam PF00685 Sulfotransfer_1 Domain 74 333 6.4e-75 252.6 Sulfotransferase domain
XP_057777470.1 Pfam PF13469 Sulfotransfer_3 Domain 164 259 8.9e-11 43.2 Sulfotransferase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921487.1
ATGACACTGTTAGTAATTGATACAATTCGGTTATACAAATAACACTGCCTATAAATGACATTATAACATTTTAAAATGACATCGTGTATAACCGAATAGTGTCAGTTATAAGAAAGTATCATTTGAATAACCGAATATTGTCATTTATACGGTTGGAGTAAGGAGAATGAGGGTAATAATTCATTCCTAGTGGGGTAGCAACCCTCCACTGAGTCTCCCTATATGTGAAGGTGAATCCAGCATGCAAATTAAACCAAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995959
ATGCAAATTAAACCAAAAATGCCATCAGAAACGAGTCCAGCAACTCCAGAATATCTGCAGCAAGAAGAAAGCGTAGGTGAAGAAGTGAACGAGCTGATCAGCAGACTCCCGAAAGAAAAGGGGTGGCTGACCGCTCACCTCTACCAATATCAAGGCTTCTGGTATCCCGTCCGCCACCTCGCCGGCGTCCTCGCCTGCCAAAAGCACTTCCTCTCCGAAGACAACGACATCTTCCTGGTGTCCACCCCCAAATCCGGCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777470.1
MQIKPKMPSETSPATPEYLQQEESVGEEVNELISRLPKEKGWLTAHLYQYQGFWYPVRHLAGVLACQKHFLSEDNDIFLVSTPKSGTTWLKAIVFALVNRSRFPTKPHPLTASNPHDLVPFLEINHYVDGRIPDLSSSPSPRLFSTHLPLLSLPESVGRSHACKIVYLCRNPKDIFVSLWHFTNGLKPLHSPPNSMADVVDMFLRGVSLFGPCWDHALHYWNLCKEDSGRVMFVRFEEMKERPKAQLRRLSEFLGCPFSA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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