当前解析结果
SmilChr07G003026| 统一新 Gene ID | SmilChr07G003026 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G003026 |
| 描述 | WUSCHEL-related homeobox 6-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 31300441 - 31302492 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130995972 |
|---|---|
| GeneID | 130995972 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995972 |
| 原始查询 | LOC130995972 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | WUSCHEL-related homeobox 6-like |
| 产物 | WUSCHEL-related homeobox 6-like |
| Arabidopsis | AT3G18010 (WOX1)WUSCHEL related homeobox 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821325] identity=77.5; qcov=0.263; evalue=1.24e-34; confidence=weak |
| Rice | Os05g0118700 (LSY1)- identity=73.1; qcov=0.248; evalue=4.49e-29; confidence=weak |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0099402 (plant organ development) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00046 (Homeodomain) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995972 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057777483.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057777483.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057777483.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057777483.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057777483.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:31300614 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B53,B91,B94 |
Chr7:31300627 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C3,C81 |
Chr7:31300686 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B91 |
Chr7:31300761 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A24 |
Chr7:31301976 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C85 |
Chr7:31302049 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C27 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057777483.1PF00046
Homeodomain 51-110 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057777483.1 |
Pfam | PF00046 |
Homeodomain | Domain | 51 | 110 | 3.5e-16 | 59.5 | Homeodomain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。