同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002943

染色体: Chr07 坐标: 29804164-29805225 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002943
名称SmilChr07G002943
描述uncharacterized SmilChr07G002943
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向29804164 - 29805225 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995983
GeneID130995983
locus_tag-
NCBI NameLOC130995983
原始查询LOC130995983

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os12g0501400; species=rice; confidence=high
产物hit=Os12g0501400; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT1G69080 (AT1G69080)
Adenine nucleotide alpha hydrolases-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843240]
identity=40.09; qcov=0.986; evalue=2.54e-54; confidence=medium
RiceOs12g0501400
-
identity=51.8; qcov=0.977; evalue=1.36e-64; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00582 (Usp)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995983

打开注释模块

非零投票定位候选(最多五项)

特征证据限制:抽查两个保留的历史缓存共 206 行,PROFEAT 特征全部为零;第二块缓存为 106 行,比对应 FASTA 的 100 个蛋白多 6 个。ESM2 特征在抽查范围内为有限非零值。缓存与当前定位结果的历史执行链仍未核实,不能据蛋白编号重合认定这些特征用于线上预测,也不能将抽查推广到全蛋白组。当前结果仅作为探索性候选,特征完整性与预测可靠性尚未建立。

Rank定位位置中文五折投票比例Protein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057777498.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:29804327 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 2 B50,B81
Chr7:29804327 TA T 1bp_deletion CDS_variant 2 B50,B81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777498.1
217 aa
N
1
108
217
Usp
C
PF00582 Usp 50-194 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777498.1 Pfam PF00582 Usp Domain 50 194 1.4e-16 62.1 Universal stress protein family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921515.1
AAAAAGAATGAAAAAGAGAAAGAAACTGTGTCCCCATGCAATCATGCAGTAGTTGCAAATTTGCTTTGCTCTTTTCCCTCAAAAATAAATAAACCTCTTCTTCTCACACAACAAATAATCTCCTCTTCAACCAGAATTAAACAAACATGGTTAAAATAGGCACTAAACTGCCTAATCTCTGCTTAAACAGGATTAGGCCTCTAGCCCGGGTGCGTTCGCCTCCCAACAATGCGGAAGAAAAAAAGGACTGTTTTTCCGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080393.1_cds_XP_057777498.1_38313
ATGGTTAAAATAGGCACTAAACTGCCTAATCTCTGCTTAAACAGGATTAGGCCTCTAGCCCGGGTGCGTTCGCCTCCCAACAATGCGGAAGAAAAAAAGGACTGTTTTTCCGGCGGCGGTTGTGAGAAAGCTGCGGCGGCGAGTGGCCGGAAAATCATGATCGTGGTGGATCCGAGCGCCGTGGCAAAGAACGCGGTGCAGTGGGCTCTCAGCCACACCGTTCAGAATCAAGATTTGGTGGTTCTGCTCTATGTCATTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777498.1
MVKIGTKLPNLCLNRIRPLARVRSPPNNAEEKKDCFSGGGCEKAAAASGRKIMIVVDPSAVAKNAVQWALSHTVQNQDLVVLLYVIKPSKQGDREVKNDPRIPAFLTSMQSMCQVKRPEVCVEVEVVEGKEKGPAIVEAARRQEAALLVVGQKKRSVTWRLMLTWAGGRVVAAAGGGVAEYCVQNASCMALAVRRKSKKVGGYLITTKRQKDFWLLA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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