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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003045

染色体: Chr07 坐标: 31584194-31586007 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003045
名称SmilChr07G003045
描述uncharacterized SmilChr07G003045
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向31584194 - 31586007 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995991
GeneID130995991
locus_tag-
NCBI NameLOC130995991
原始查询LOC130995991

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843415]; symbol=AT1G70780; hit=AT1G70780; species=arabidopsis; confidence=high
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843415]; symbol=AT1G70780; hit=AT1G70780; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G70780 (AT1G70780)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843415]
identity=64.5; qcov=1.04; evalue=2.04e-58; confidence=high
RiceOs02g0324700
-
identity=50.6; qcov=0.61; evalue=9.87e-23; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF23156 (DUF7054)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995991

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus membrane 核膜 0.40000 XP_057777507.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057777507.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057777507.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057777507.1
5 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057777507.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:31584564 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B38
Chr7:31584564 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B38
Chr7:31585101 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B36,B82,C19,D1
Chr7:31585300 A ATT 2bp_insertion frameshift_variant 110 A1,A13,A14,A15,A16,A23,A5,A7,A8,B102,B103,B104,B105,B109,B112,B113,B114,B115,B118,B120,B124,B127,B128,B129,B130,B132,B135,B136,B139,B15,B17,B2,B20,B21,B24,B26,B27,B3,B30,B37,B40,B42,B43,B50,B51,B53,B55,B56,B57,B58,B59,B6,B61,B63,B65,B67,B68,B69,B70,B71,B73,B74,B76,B78,B81,B85,B91,B95,B96,C12,C13,C14,C16,C21,C22,C23,C25,C29,C30,C33,C37,C39,C4,C41,C43,C45,C47,C55,C56,C57,C6,C60,C62,C63,C67,C7,C72,C74,C76,C78,C8,C84,C85,C87,C9,D1,D4,D6,D8,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777507.1
136 aa
N
1
68
136
DUF7054
C
PF23156 DUF7054 14-96 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777507.1 Pfam PF23156 DUF7054 Domain 14 96 8.7e-29 100.0 Domain of unknown function (DUF7054)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921524.1
AATGAAATTGCATTACAATCAACGGTCGCAGGCGGCGTGGTGACCTACTTCTATCACAACCACACTCGTGTTTTCTCTCTCAACAAAATCCAGCTCACACTGCACGCAGCGGCCGAATTCATTCATTATTTTCAAATAAAATAAAGAATTATACAAGCCCTAACCCTAATTTTCGAGATTGCATACACATTGAGATAGATATAAATCCACGCATCCCTTCACCTTTCTCAAATCACAACCCTTCTCCAATTCCTCTCCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995991
ATGTTGCTTTACAAGCAGAAGAAGAATCAGGCGGTGAAGGTAAACCGGTTCTTGATCAGCGTTACGTTTCTGGGTAGCGCCGGTCCGATCCGGTTCGTGGTCAATGAGGACGAGCTCGTTGCTGCTGTGACTGATACTGCGCTGAAATCGTATGCGCGTGAGGGCAGGCTCCCTATTCTTGGATCCGATCTCAATAATTTCATTCTCTATTGCCCCATTGCTGGAACTGAAGCTCTGAGTCCATGGGAGACGATTGGATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777507.1
MLLYKQKKNQAVKVNRFLISVTFLGSAGPIRFVVNEDELVAAVTDTALKSYAREGRLPILGSDLNNFILYCPIAGTEALSPWETIGSVGVRNFVLCKKPQAEKAIDSEKLPPISRKGSGSWKSWFNKSINPKISSH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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