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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003024

染色体: Chr07 坐标: 31278596-31279402 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003024
名称SmilChr07G003024
描述10 kDa chaperonin, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向31278596 - 31279402 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995994
GeneID130995994
locus_tag-
NCBI NameLOC130995994
原始查询LOC130995994

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述10 kDa chaperonin, mitochondrial-like
产物10 kDa chaperonin%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT1G23100 (AT1G23100)
GroES-like family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838918]
identity=80.2; qcov=0.98; evalue=1.05e-53; confidence=high
RiceOs03g0366000
-
identity=68.4; qcov=1; evalue=1.22e-44; confidence=medium
GOGO:0005524 (ATP binding); GO:0005759 (mitochondrial matrix); GO:0044183 (protein folding chaperone); GO:0046872 (metal ion binding); GO:0051082 (GO:0051082); GO:0051085 (GO:0051085); GO:0051087 (protein-folding chaperone binding)
KEGG-
PfamPF00166 (Cpn10)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995994

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057777511.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 1.00000 XP_057777511.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777511.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777511.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777511.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:31278818 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777511.1
98 aa
N
1
49
98
Cpn10
C
PF00166 Cpn10 6-95 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777511.1 Pfam PF00166 Cpn10 Domain 6 95 4.7e-25 88.2 Chaperonin 10 Kd subunit

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921528.1
TGGTCGATTTGATTTGAGGATGAGGGCATAATCTTGCTTCAAAATCTGACGACACAACCCTAAAACCTCCTTGTAAAACCCTAAGCCTTTGCCCCTTTGTACGCCTAGAACCTTCTACCACCATCCTTGAACTAATGTAACTATTTATTAGCCAATTCCACATTAGCACAAGCACAGCTTCACACTTTCTCGCAGCTGCAAATACAGTTTCTCTGCAATGGCGGCGAGGCGTCTGATTCCAACTCTCAATAGAGTTCTCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995994
ATGGCGGCGAGGCGTCTGATTCCAACTCTCAATAGAGTTCTCGTGGAGAAAATCATCCCGCCGTCCAAAACCACCGCCGGAATTCTCCTCCCAGAAAAATCATCCAAGTTGAACTCTGGTAAAGTAGTTGCAGTTGGACCTGGGCTGCGCGACAAAGCAGGGAATAATATCCCAGCTGCTGTCAAAGAAGGCGACACAGTTCTCTTGCCGGAATATGGTGGAACCCAAGTGAAATTGGGCGAAAAAGAGTATCATTTGTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777511.1
MAARRLIPTLNRVLVEKIIPPSKTTAGILLPEKSSKLNSGKVVAVGPGLRDKAGNNIPAAVKEGDTVLLPEYGGTQVKLGEKEYHLYRDEDILGTLHD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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