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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003017

染色体: Chr07 坐标: 31188868-31190665 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003017
名称SmilChr07G003017
描述uncharacterized SmilChr07G003017
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向31188868 - 31190665 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995997
GeneID130995997
locus_tag-
NCBI NameLOC130995997
原始查询LOC130995997

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os11g0516100; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os11g0516100; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisAT5G55125 (AT5G55125)
Ribosomal protein L31 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:6241018]
identity=81; qcov=0.784; evalue=1.15e-30; confidence=medium
RiceOs11g0516100
-
identity=76.6; qcov=0.865; evalue=1.09e-33; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995997

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057777515.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057777515.1
3 Nucleolus 核仁 0.20000 XP_057777515.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057777515.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777515.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:31189051 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2
Chr7:31189071 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 60 A10,A13,A15,A23,A4,A5,A7,B10,B102,B110,B119,B12,B120,B122,B125,B126,B13,B131,B139,B16,B17,B21,B40,B41,B46,B50,B52,B54,B59,B61,B62,B63,B65,B73,B76,B81,B89,B92,C1,C16,C27,C28,C33,C34,C36,C41,C44,C45,C5,C56,C6,C61,C66,C7,C72,C73,C74,C78,C8,C81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XR_009092320.1
ACTTAACTTAAATTCTATCAAGCTTGCGCCGCCGCCCATCTCCATCCTCCTATTCTCTCCTCTCTCATTCAGTTCATCTGTCGACTCTACTCTCTCACTCTTTGCCCCGTCGTCGACCGCCGTGCTCTCCTCTGTGCCGCCGTCCTTGCTTTCTCTCTTCCCTCAACTTTTCCGTCTCTCAGTTTTCTCCCATTTTCTGTCGCAGTAGCCGCGCCGCCGTCCTCCTCTCCTCTCCACTCTTCAGCAGCCTCCAAGTCCAA...
XM_057921532.1
ATCCTAATTGGGTGAAAAACAATCCCTACTTAACTTAAATTCTATCAAGCTTGCGCCGCCGCCCATCTCCATCCTCCTATTCTCTCCTCTCTCATTCAGTTCATCTGTCGACTCTACTCTCTCACTCTTTGCCCCGTCGTCGACCGCCGTGCTCTCCTCTGTGCCGCCGTCCTTGCTTTCTCTCTTCCCTCAACTTTTCCGTCTCTCAGTTTTCTCCCATTTTCTGTCGCAGTAGCCGCGCCGCCGTCCTCCTCTCCTCT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130995997
ATGAAAAAAGGGATTCACCCTCAAATGCAATGGATATCGTACGTGACCCAAAGTGGTCGTCTGATGACTGTGATGATGACCAAGATTCATGAGACTGGTAAAGTTTATCATTTGCGAGCAAAGCGGCAGATGGCTCAGAACTTAGGGCAGATCGCTAAGTTCAAGCGTAAATATGGGGAAAAGGAAGAGGAACCTCAAATGGAAGGGGAACCTCAAAAGAAATGA
LOC130995997
ATGAAAAAAGGGATTCACCCTCAAATGCAATGGATATCGTACGTGACCCAAAGTGGTCGTCTGATGACTGTGATGATGACCAAGATTCATGAGACTGGTAAAGTTTATCATTTGCGAGCAAAGCGGCAGATGGCTCAGAACTTAGGGCAGATCGCTAAGTTCAAGCGTAAATATGGGGAAAAGGAAGAGGAACCTCAAATGGAAGGGGAACCTCAAAAGAAATGA

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057777515.1
MKKGIHPQMQWISYVTQSGRLMTVMMTKIHETGKVYHLRAKRQMAQNLGQIAKFKRKYGEKEEEPQMEGEPQKK
XP_057777516.1
MKKGIHPQMQWISYVTQSGRLMTVMMTKIHETGKVYHLRAKRQMAQNLGQIAKFKRKYGEKEEEPQMEGEPQKK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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