Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002983`

染色体: Chr07 坐标: 30399247-30403463 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002983`
名称	SmilChr07G002983
描述	uncharacterized SmilChr07G002983
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	30399247 - 30403463 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995998`
GeneID	`130995998`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995998`
原始查询	`LOC130995998`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Prolyl oligopeptidase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843234]; symbol=AT1G69020; hit=AT1G69020; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Prolyl oligopeptidase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843234]; symbol=AT1G69020; hit=AT1G69020; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G69020` (AT1G69020) Prolyl oligopeptidase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843234] identity=53.2; qcov=0.978; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os09g0475700` (OsPOP19) - identity=50.9; qcov=0.999; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004252 (serine-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis)
KEGG	-
Pfam	PF00326 (Peptidase_S9); PF02897 (Peptidase_S9_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995998

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057777518.1`
2	Chloroplast	叶绿体	0.40000	`XP_057777518.1`
3	Mitochondrion	线粒体	0.20000	`XP_057777518.1`
4	Mitochondrion matrix	线粒体基质	0.20000	`XP_057777518.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057777518.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:30399422`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C83
`Chr7:30399422`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C83
`Chr7:30399425`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C83
`Chr7:30399425`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C83
`Chr7:30399478`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C81
`Chr7:30399493`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr7:30399663`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B123,B19
`Chr7:30400248`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B53,C27
`Chr7:30400640`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B72,B88
`Chr7:30400661`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C73
`Chr7:30400661`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C73
`Chr7:30400813`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A4,C11,C67,C69,C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777518.1

815 aa

408

815

Peptidase_S9_N

Peptidase_S9

PF02897 Peptidase_S9_N 40-406 aa PF00326 Peptidase_S9 592-803 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777518.1`	Pfam	`PF02897`	Peptidase_S9_N	Repeat	40	406	8.1e-58	196.8	Prolyl oligopeptidase, N-terminal beta-propeller domain
`XP_057777518.1`	Pfam	`PF00326`	Peptidase_S9	Domain	592	803	4.2e-40	138.3	Prolyl oligopeptidase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921535.1
TATTGAGCTCCATTTTATGTGTGCAAACACAGTAGATTTCTTCGTCTTCTTCCTTCTTCGTCTTCTTCCTCCCCATTTTACTGCAATGCAACCCAACCTCGACAGTTCGCCGCCGCCGCCATGGTGAGCCGCCTCCTTCATGCTGGGTCATCAACCAGAAAGACCCTCCTTACCTTCCATTCATGCGTATTCCCCAAAGTGTTCTCCACCGCCTGCAGGAAAAGCCAGTTTCCACCGCCGCCGGTGGCCAAGAAGGTTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995998
ATGGTGAGCCGCCTCCTTCATGCTGGGTCATCAACCAGAAAGACCCTCCTTACCTTCCATTCATGCGTATTCCCCAAAGTGTTCTCCACCGCCTGCAGGAAAAGCCAGTTTCCACCGCCGCCGGTGGCCAAGAAGGTTCCTTTCGCTGCAACCGCGCATGGGTTGACGTGGAAAGACCCGTACCGTTGGATGTCCAACACCAGCGACCCGGATTTCATCAGCTACATAAACCAAGAGAACTCCTACGCCGATGCATTTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057777518.1
MVSRLLHAGSSTRKTLLTFHSCVFPKVFSTACRKSQFPPPPVAKKVPFAATAHGLTWKDPYRWMSNTSDPDFISYINQENSYADAFMRDTLQLHNTLYSEMVSRLPPDITTPPERWGPWLYYQCIPEGKEYPILYRKPAVERKGWAEMIFSSSRGVFGREQVLLDWNEIAEKHGYVHVNTCRVSPDHRFLAYTVDTKGDEQFQLHIKDLSNDSILPQPRIAGVVSLAWAQDSSTLFYTLCDQNLRPYRVLCTELGSHFGD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器