Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003074`

染色体: Chr07 坐标: 32296182-32301419 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003074`
名称	SmilChr07G003074
描述	polyadenylate-binding protein RBP47B'-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	32296182 - 32301419 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996040`
GeneID	`130996040`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996040`
原始查询	`LOC130996040`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	polyadenylate-binding protein RBP47B'-like
产物	polyadenylate-binding protein RBP47B'-like
Arabidopsis	`AT5G19350` (AT5G19350) RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832055] identity=69.52; qcov=0.981; evalue=0.0; confidence=high
Rice	`Os03g0174100` - identity=70.67; qcov=0.983; evalue=0.0; confidence=high
GO	GO:0003729 (mRNA binding); GO:0005829 (cytosol)
KEGG	-
Pfam	PF00076 (RRM_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996040

打开注释模块

非零投票定位候选（最多五项）

特征证据限制：抽查两个保留的历史缓存共 206 行，PROFEAT 特征全部为零；第二块缓存为 106 行，比对应 FASTA 的 100 个蛋白多 6 个。ESM2 特征在抽查范围内为有限非零值。缓存与当前定位结果的历史执行链仍未核实，不能据蛋白编号重合认定这些特征用于线上预测，也不能将抽查推广到全蛋白组。当前结果仅作为探索性候选，特征完整性与预测可靠性尚未建立。

Rank	定位位置	中文	五折投票比例	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057777525.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057777525.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057777525.1`
4	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057777525.1`
5	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057777525.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:32296508`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B26,B81
`Chr7:32296545`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B12,B131,C65,C82,C9
`Chr7:32298750`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A3
`Chr7:32298768`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B45
`Chr7:32298922`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C71
`Chr7:32300134`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B26,B81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777525.1

421 aa

210

421

RRM_1

PF00076 RRM_1 20-89 aa PF00076 RRM_1 113-180 aa PF00076 RRM_1 231-294 aa

XP_057777526.1

420 aa

210

420

RRM_1

PF00076 RRM_1 20-89 aa PF00076 RRM_1 113-180 aa PF00076 RRM_1 230-293 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777525.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	20	89	1.7e-56	188.7	RNA recognition motif
`XP_057777525.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	113	180	1.7e-56	188.7	RNA recognition motif
`XP_057777525.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	231	294	1.7e-56	188.7	RNA recognition motif
`XP_057777526.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	20	89	1.7e-56	188.7	RNA recognition motif
`XP_057777526.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	113	180	1.7e-56	188.7	RNA recognition motif
`XP_057777526.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	230	293	1.7e-56	188.7	RNA recognition motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921543.1
GGGTCTATCAACTTCCATTTGTCATCCGCCCTAATAAGGAATAACCAAAACCCCTTTTGATGACATCGTCGTAGAAACTCGCAACAGCAGAGTTCATATCTGTAACAAAGACGATCGAATTTGAGGTTCTTGCATAAATACCAAGAGAAGAACAAGTAGAAAATGAGCGCACAAACGGCGCCGTATCACCAGCCAGCGACGCTGGAAGAAGTCCGCACTCTTTGGATTGGAGATTTGCCTTATTGGGCTGACGAGAACTA...

XM_057921542.1
GGGTCTATCAACTTCCATTTGTCATCCGCCCTAATAAGGAATAACCAAAACCCCTTTTGATGACATCGTCGTAGAAACTCGCAACAGCAGAGTTCATATCTGTAACAAAGACGATCGAATTTGAGGTTCTTGCATAAATACCAAGAGAAGAACAAGTAGAAAATGAGCGCACAAACGGCGCCGTATCACCAGCCAGCGACGCTGGAAGAAGTCCGCACTCTTTGGATTGGAGATTTGCCTTATTGGGCTGACGAGAACTA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

lcl|NC_080393.1_cds_XP_057777526.1_38441
ATGAGCGCACAAACGGCGCCGTATCACCAGCCAGCGACGCTGGAAGAAGTCCGCACTCTTTGGATTGGAGATTTGCCTTATTGGGCTGACGAGAACTATCTCCGTGCCTGGTTTTCCCACACCGGCGAGGTCCTCTCAATTAAAGTAATTCGCAACAAAATAACAGGACAGCCAGAGGGTTATGGGTTTGTAGAATTCACATCACATCAGGTTGCAGAAAGTATTCTTCAGTCCTATAATGGAACCCAAATTCCTGGGAC...

lcl|NC_080393.1_cds_XP_057777525.1_38442
ATGAGCGCACAAACGGCGCCGTATCACCAGCCAGCGACGCTGGAAGAAGTCCGCACTCTTTGGATTGGAGATTTGCCTTATTGGGCTGACGAGAACTATCTCCGTGCCTGGTTTTCCCACACCGGCGAGGTCCTCTCAATTAAAGTAATTCGCAACAAAATAACAGGACAGCCAGAGGGTTATGGGTTTGTAGAATTCACATCACATCAGGTTGCAGAAAGTATTCTTCAGTCCTATAATGGAACCCAAATTCCTGGGAC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057777525.1
MSAQTAPYHQPATLEEVRTLWIGDLPYWADENYLRAWFSHTGEVLSIKVIRNKITGQPEGYGFVEFTSHQVAESILQSYNGTQIPGTELTFRLNWASSGIGERRTDGGPEHSIFVGDLAPDVTDYLLQETFRVSYPSVRGAKVVTDPNTGRSKGYGFVKFADEAERNRAMVEMNGLYCSTRPMRISAAAPKKTATGVQLQYAATKAVYPAPAYTTPVQAVPVDNDINNTTVFIGNLDPNVTEEELRQIFLQFGDIVYVKI...

XP_057777526.1
MSAQTAPYHQPATLEEVRTLWIGDLPYWADENYLRAWFSHTGEVLSIKVIRNKITGQPEGYGFVEFTSHQVAESILQSYNGTQIPGTELTFRLNWASSGIGERRTDGGPEHSIFVGDLAPDVTDYLLQETFRVSYPSVRGAKVVTDPNTGRSKGYGFVKFADEAERNRAMVEMNGLYCSTRPMRISAAAPKKTATGVQLQYAATKVYPAPAYTTPVQAVPVDNDINNTTVFIGNLDPNVTEEELRQIFLQFGDIVYVKIP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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