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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003077

染色体: Chr07 坐标: 32409678-32410881 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003077
名称SmilChr07G003077
描述protein PLANT CADMIUM RESISTANCE 2-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向32409678 - 32410881 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996042
GeneID130996042
locus_tag-
NCBI NameLOC130996042
原始查询LOC130996042

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein PLANT CADMIUM RESISTANCE 2-like
产物protein PLANT CADMIUM RESISTANCE 2-like
ArabidopsisAT1G14870 (PCR2)
PLANT CADMIUM RESISTANCE 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838052]
identity=66; qcov=0.774; evalue=1.09e-66; confidence=high
RiceOs02g0579800 (OsFWL2)
-
identity=62.9; qcov=0.753; evalue=8.27e-61; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF04749 (PLAC8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996042

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057777529.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057777529.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057777529.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777529.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777529.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:32409857 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,D7
Chr7:32409896 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr7:32410003 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 5 B76,B90,B92,C21,C87
Chr7:32410003 AT A 1bp_deletion CDS_variant 5 B76,B90,B92,C21,C87
Chr7:32410168 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr7:32410570 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B131
Chr7:32410570 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr7:32410653 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 10 A23,B13,B5,B66,B86,C17,C28,C32,C59,C68
Chr7:32410764 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 42 A14,A15,A21,A22,A6,A7,A8,B1,B101,B110,B113,B115,B3,B4,B46,B47,B51,B54,B63,B78,B88,B91,B98,C1,C10,C14,C19,C24,C31,C35,C48,C49,C51,C52,C64,C66,C8,C83,C9,D10,D11,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777529.1
217 aa
N
1
108
217
PLAC8
C
PF04749 PLAC8 53-151 aa
XP_057777530.1
186 aa
N
1
93
186
PLAC8
C
PF04749 PLAC8 53-151 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777529.1 Pfam PF04749 PLAC8 Family 53 151 4.4e-34 118.1 PLAC8 family
XP_057777530.1 Pfam PF04749 PLAC8 Family 53 151 2.4e-34 119.0 PLAC8 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921547.1
AAGAACAAGTAAGCGGGTCCCATCACACATTTTGGACGCGTTGCAGAGCAAAGAATGATCAACGCTGGTGGCTGACTCGTTCAACTCAACTCTCCCACCGCTTATTTATGTTCCAACCATCCCATCTCATCCCCACTCTCTCAATACAACATGTACTCCTCCACCTCAACCGACTATCAGAAATTCTCCGACGTCACCGCCTCTCCGCCGCCTGACTCCGCCACTCCCACCGGGATCCCCGTCAGCTCTTACTCGCCCGA...
XM_057921546.1
GTTCAACTCAACTCTCCCACCGCTTATTTATGTTCCAACCATCCCATCTCATCCCCACTCTCTCAATACAACATGTACTCCTCCACCTCAACCGACTATCAGAAATTCTCCGACGTCACCGCCTCTCCGCCGCCTGACTCCGCCACTCCCACCGGGATCCCCGTCAGCTCTTACTCGCCCGACAAGCCCCAGGCGCGACCTCCTCTTCCCCCCAAGCCTCAGGTCCCCTGGTCCACCGGCCTCTGCGATTGCTTTTCCGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130996042
ATGTACTCCTCCACCTCAACCGACTATCAGAAATTCTCCGACGTCACCGCCTCTCCGCCGCCTGACTCCGCCACTCCCACCGGGATCCCCGTCAGCTCTTACTCGCCCGACAAGCCCCAGGCGCGACCTCCTCTTCCCCCCAAGCCTCAGGTCCCCTGGTCCACCGGCCTCTGCGATTGCTTTTCCGATTTCCGCAACTGTTGCTTGACGTGCTGGTGCCCATGCATTACGTTTGGCCAGATCTCTGAGATTGTCGACAA...
LOC130996042
ATGTACTCCTCCACCTCAACCGACTATCAGAAATTCTCCGACGTCACCGCCTCTCCGCCGCCTGACTCCGCCACTCCCACCGGGATCCCCGTCAGCTCTTACTCGCCCGACAAGCCCCAGGCGCGACCTCCTCTTCCCCCCAAGCCTCAGGTCCCCTGGTCCACCGGCCTCTGCGATTGCTTTTCCGATTTCCGCAACTGTTGCTTGACGTGCTGGTGCCCATGCATTACGTTTGGCCAGATCTCTGAGATTGTCGACAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057777529.1
MYSSTSTDYQKFSDVTASPPPDSATPTGIPVSSYSPDKPQARPPLPPKPQVPWSTGLCDCFSDFRNCCLTCWCPCITFGQISEIVDKGSSSCAQNGALYTLIACVTGCPCFYSCFYRSKMRQQYSLHESPCGDCLLHCCCESCALCQEYRELKNRGFDMSIGIPLFLLLAISQCRKITPCGCCRMAWKCRETESRDSHGSNRSRRNDQIISCTQCVS
XP_057777530.1
MYSSTSTDYQKFSDVTASPPPDSATPTGIPVSSYSPDKPQARPPLPPKPQVPWSTGLCDCFSDFRNCCLTCWCPCITFGQISEIVDKGSSSCAQNGALYTLIACVTGCPCFYSCFYRSKMRQQYSLHESPCGDCLLHCCCESCALCQEYRELKNRGFDMSIGWHGNVERQNRGIAMAPTVQGGMTR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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