Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003083`

染色体: Chr07 坐标: 32482539-32484284 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003083`
名称	SmilChr07G003083
描述	F-box protein SKIP28
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	32482539 - 32484284 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996047`
GeneID	`130996047`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996047`
原始查询	`LOC130996047`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	F-box protein SKIP28
产物	F-box protein SKIP28
Arabidopsis	`AT2G01620` (MEE11) RNI-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814691] identity=40.3; qcov=0.993; evalue=6.31e-70; confidence=medium
Rice	`Os04g0485800` (OsFbox225) - identity=34.2; qcov=0.797; evalue=5.12e-40; confidence=low
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0005737 (cytoplasm)
KEGG	-
Pfam	PF00646 (F-box); PF12937 (F-box-like); PF28114 (At3g27290_F_box_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996047

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057777533.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057777533.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057777533.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057777533.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057777533.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:32482857`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C71
`Chr7:32482857`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C71
`Chr7:32482906`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B78,D11,D7
`Chr7:32482926`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C37
`Chr7:32483650`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B100
`Chr7:32483650`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B100
`Chr7:32483862`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B100,C58
`Chr7:32484051`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C47

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777533.1

290 aa

145

290

F-box

F-box-like

At3g27290_F_box_C

PF00646 F-box 15-50 aa PF12937 F-box-like 15-55 aa PF28114 At3g27290_F_box_C 189-258 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777533.1`	Pfam	`PF00646`	F-box	Domain	15	50	1.2e-06	28.9	F-box domain
`XP_057777533.1`	Pfam	`PF12937`	F-box-like	Domain	15	55	6.2e-06	26.6	F-box-like
`XP_057777533.1`	Pfam	`PF28114`	At3g27290_F_box_C	Domain	189	258	4.9e-21	75.6	At3g27290 F-box protein C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921550.1
AGATACAGATAAACATGCGATGATGTGAATTGTCATAAGCCGACATCGACATGCATTTGTGTGAAGCAAACAAGTGAATCAAAGAATTGATGATGGCAAAGCAGGAGGAAGAAGAAGAAGAAGGGTCATCGCCAAATGAAGCAATTTTCTTCGTATTGGCTTATCTCCCTGTGTTTGAGCTACTGAGCATGGCTCGAGTTTGCACATCACTGAGAGATGCCGTAAAGAATGACAGACTGGCATGGCTGAGAATGGTGGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130996047
ATGATGGCAAAGCAGGAGGAAGAAGAAGAAGAAGGGTCATCGCCAAATGAAGCAATTTTCTTCGTATTGGCTTATCTCCCTGTGTTTGAGCTACTGAGCATGGCTCGAGTTTGCACATCACTGAGAGATGCCGTAAAGAATGACAGACTGGCATGGCTGAGAATGGTGGTGGATCGGCCTCTCAACCGCCGTGTCTCCGATGATCGGCTCGTCGAAGTTGCTTCCATGGCGGAAGGTAGGCTTCAAGCTCTTGTTCTCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057777533.1
MMAKQEEEEEEGSSPNEAIFFVLAYLPVFELLSMARVCTSLRDAVKNDRLAWLRMVVDRPLNRRVSDDRLVEVASMAEGRLQALVLINCLNITDDGLFTLIHHNPLITKLHIPGCTSLSAGGVVRAVQLLTKDNHRLRSLKISGIYGVRREDLQTLRGLVEHNVTRQERGKMLYHHHNKIESDDDPCIDVDICPKCNDVRMVFDCPRHLCECRGCDSCIVRCIECGVCIKVIDQEAEAAACADALCLTCWLKLPKCNFCN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器