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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003091

染色体: Chr07 坐标: 32658509-32662728 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003091
名称SmilChr07G003091
描述plasmodesmata-located protein 6
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向32658509 - 32662728 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996052
GeneID130996052
locus_tag-
NCBI NameLOC130996052
原始查询LOC130996052

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述plasmodesmata-located protein 6
产物plasmodesmata-located protein 6
ArabidopsisAT2G01660 (PDLP6)
plasmodesmata-located protein 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814695]
identity=56; qcov=1.04; evalue=9.98e-106; confidence=high
RiceOs04g0537800
-
identity=42.3; qcov=0.95; evalue=1.12e-75; confidence=medium
GOGO:0009506 (plasmodesma)
KEGG-
PfamPF01657 (Stress-antifung)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996052

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057777540.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777540.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777540.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777540.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057777540.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:32662018 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B51,C3,C30,C70
Chr7:32662186 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B84,C30,C44
Chr7:32662348 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,B125,B21,B89
Chr7:32662357 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,C52
Chr7:32662420 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B111

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777540.1
279 aa
N
1
140
279
Stress-antifung
Stress-antifung
C
PF01657 Stress-antifung 34-130 aa PF01657 Stress-antifung 173-231 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777540.1 Pfam PF01657 Stress-antifung Family 34 130 1e-31 110.2 Salt stress response/antifungal
XP_057777540.1 Pfam PF01657 Stress-antifung Family 173 231 1e-31 110.2 Salt stress response/antifungal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921557.1
TGATTAAAGAAGTAATTAAATGGATTAGGAGCAATAGAAAAGTAAGAAAGATGAGTTTGAGAAGGGAGCCCCAGCCCCCACAGAGAAATGAGTGAGGAAACTTCCCTTATACCTATTTATATATTCATCACTGCACACTCGATCAAAATCAGCATACTGTATTTCTTCCACACTCATCCCGTAACGCCCAAACACACAACTTGATCATATACATATATATATACCTCTCTCTCTGTGTCTCTCATAAAATTAATTAAAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996052
ATGAACATGCAGTCTGTGTGGGTATTAGTGATGATAATCCTGACGCAGCTATCAAAAAGCTGCTGCAGCTCTTCCCTGAATTCGTTCATATACGTGGGGTGCTCCCAACTGAAATACAACCCGGGCAGCCCCTACGAGTCCAACGTCAATTCAATACTCACCTCCATCGTCAACTCCGCCTCCTACGCCAACTACAACAACTTCAAGATCTCCCTTCCCGGTTCCGCCGCCGGCGACGTCGTCTACGGCCTCTTCCAGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777540.1
MNMQSVWVLVMIILTQLSKSCCSSSLNSFIYVGCSQLKYNPGSPYESNVNSILTSIVNSASYANYNNFKISLPGSAAGDVVYGLFQCRGDLAAADCRQCVSDAVARLGATCTGASGGALQLEGCFVRFDNASFVGVEDKTVVSEKCGPMVGEESDVLTRRDSVLSYLGAGGQYFRASGAGKVQGVAQCVQDLSVPECQDCVSEAIQRLRAQCGSAAWGDMFFAKCYARYSQRGYTSKTENDDEVEKTLAIFIGLVAGVAI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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