当前解析结果
SmilChr07G003096| 统一新 Gene ID | SmilChr07G003096 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G003096 |
| 描述 | ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 1A-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 32734275 - 32738051 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130996057 |
|---|---|
| GeneID | 130996057 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130996057 |
| 原始查询 | LOC130996057 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 1A-like |
| 产物 | ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 1A-like |
| Arabidopsis | AT1G23260 (MMZ1)MMS ZWEI homologue 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838935] identity=74.2; qcov=1; evalue=3.17e-89; confidence=high |
| Rice | Os03g0712300 (OsUEV1A)- identity=80.1; qcov=1.01; evalue=9.84e-92; confidence=high |
| GO | GO:0005634 (nucleus); GO:0006301 (DNA damage tolerance); GO:0070534 (protein K63-linked ubiquitination) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00179 (UQ_con) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130996057 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057777543.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057777544.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057777544.1 |
| 4 | Nucleoplasm | 核质 | 0.40000 | XP_057777544.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057777543.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:32734891 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A23,B104,B136,C52 |
Chr7:32735358 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B68 |
Chr7:32735359 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr7:32735455 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B7 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057777543.1PF00179
UQ_con 42-134 aa
XP_057777544.1PF00179
UQ_con 42-134 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057777543.1 |
Pfam | PF00179 |
UQ_con | Domain | 42 | 134 | 8.9e-15 | 55.2 | Ubiquitin-conjugating enzyme |
XP_057777544.1 |
Pfam | PF00179 |
UQ_con | Domain | 42 | 134 | 4.3e-15 | 56.2 | Ubiquitin-conjugating enzyme |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。