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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003105

染色体: Chr07 坐标: 32877731-32878789 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003105
名称SmilChr07G003105
描述probable calcium-binding protein CML25
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向32877731 - 32878789 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996063
GeneID130996063
locus_tag-
NCBI NameLOC130996063
原始查询LOC130996063

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable calcium-binding protein CML25
产物probable calcium-binding protein CML25
ArabidopsisAT1G24620 (AT1G24620)
EF hand calcium-binding protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839076]
identity=58.5; qcov=0.8; evalue=3.76e-58; confidence=high
RiceOs01g0949500 (OsCML10)
-
identity=49.7; qcov=0.942; evalue=2.82e-52; confidence=high
GOGO:0005509 (calcium ion binding)
KEGGsmil04626 (Plant-pathogen interaction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00036 (EF-hand_1); PF13202 (EF-hand_5); PF13405 (EF-hand_6); PF13499 (EF-hand_7); PF13833 (EF-hand_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996063

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057777555.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057777555.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057777555.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777555.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777555.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:32878173 TTG T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C69
Chr7:32878173 TTG T 2bp_deletion CDS_variant 1 C69
Chr7:32878259 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777555.1
190 aa
N
1
95
190
EF-hand_7
EF-hand_1
EF-hand_6
EF-hand_5
EF-hand_8
EF-hand_1
EF-hand_5
EF-hand_8
EF-hand_7
EF-hand_5
EF-hand_1
EF-hand_6
EF-hand_8
EF-hand_1
EF-hand_5
C
PF13499 EF-hand_7 42-104 aa PF00036 EF-hand_1 44-72 aa PF13405 EF-hand_6 44-73 aa PF13202 EF-hand_5 45-69 aa PF13833 EF-hand_8 57-104 aa PF00036 EF-hand_1 80-104 aa PF13202 EF-hand_5 83-103 aa PF13833 EF-hand_8 116-143 aa PF13499 EF-hand_7 117-179 aa PF13202 EF-hand_5 118-141 aa PF00036 EF-hand_1 118-145 aa PF13405 EF-hand_6 118-146 aa PF13833 EF-hand_8 130-178 aa PF00036 EF-hand_1 153-180 aa PF13202 EF-hand_5 161-178 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777555.1 Pfam PF13499 EF-hand_7 Domain 42 104 2.1e-32 112.0 EF-hand domain pair
XP_057777555.1 Pfam PF00036 EF-hand_1 Domain 44 72 2.2e-34 115.1 EF hand domain
XP_057777555.1 Pfam PF13405 EF-hand_6 Domain 44 73 8.3e-29 97.2 EF-hand domain
XP_057777555.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 45 69 4.1e-28 96.2 EF hand
XP_057777555.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 57 104 1.8e-21 76.4 EF-hand domain pair
XP_057777555.1 Pfam PF00036 EF-hand_1 Domain 80 104 2.2e-34 115.1 EF hand domain
XP_057777555.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 83 103 4.1e-28 96.2 EF hand
XP_057777555.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 116 143 1.8e-21 76.4 EF-hand domain pair
XP_057777555.1 Pfam PF13499 EF-hand_7 Domain 117 179 2.1e-32 112.0 EF-hand domain pair
XP_057777555.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 118 141 4.1e-28 96.2 EF hand
XP_057777555.1 Pfam PF00036 EF-hand_1 Domain 118 145 2.2e-34 115.1 EF hand domain
XP_057777555.1 Pfam PF13405 EF-hand_6 Domain 118 146 8.3e-29 97.2 EF-hand domain
XP_057777555.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 130 178 1.8e-21 76.4 EF-hand domain pair
XP_057777555.1 Pfam PF00036 EF-hand_1 Domain 153 180 2.2e-34 115.1 EF hand domain
XP_057777555.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 161 178 4.1e-28 96.2 EF hand

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921572.1
GAGAGGTAATGATAAATTAGGCGTTTTTTGGTATATCGAAACAGATTTATAGAATGAGACGAATACGCATCCGATTCAACTAATAGCCGGTTTTTAATCCCAACAGAAAGCAAGATCCTATTAAACAGATTTAATCCCAACAGAAAGCAAGATCCTAAACAAAAATAGGCTTAGTATCGTGCCACCACGTACACGTACCCCCCAAAACATTGACACCACCAATCTCCCTCTTCAATAATCTTCTTCTTCTTCACCTTTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996063
ATGGGATTCAGATCTCTGTTCAAGAAGAAGAAGCAGCTCCCGATCCCGATCGAATCCACCGTGGCCGCACAGAGCTTCATGATGGCCTCCCGCACGCCGTCGCACAACGGGCGCGCCCGGATAGAGGAGGAGCTGGAGCAGGTCTTCAAGAAGTTCGACGCCAACGGCGACGGCCGGATCTGCGCGGAGGAGCTCGGCTCCATCATGCGCAGCCTCGGCCACCCCGTGACGGAGGACGAGGTGCGCAGCATGATCCGCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777555.1
MGFRSLFKKKKQLPIPIESTVAAQSFMMASRTPSHNGRARIEEELEQVFKKFDANGDGRICAEELGSIMRSLGHPVTEDEVRSMIREVDADGDGFIDLREFIELNTSNVDHDEVLDNLRHAFEVFDADKNGAISAEELLNVLRSLGEECTLDDCKKMISGVDIDGSGTIDFDEFKAMMMKGVRFDLAKAD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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