Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003161

染色体: Chr07 坐标: 33578182-33586312 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003161
名称SmilChr07G003161
描述putative disease resistance protein RGA3
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向33578182 - 33586312 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996068
GeneID130996068
locus_tag-
NCBI NameLOC130996068
原始查询LOC130996068

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative disease resistance protein RGA3
产物putative disease resistance protein RGA3
ArabidopsisAT4G27190 (AT4G27190)
NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828827]
identity=24.9; qcov=0.868; evalue=2.93e-13; confidence=weak
RiceOs01g0799100
-
identity=25.5; qcov=0.752; evalue=4.15e-14; confidence=low
GOGO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG-
PfamPF00931 (NB-ARC); PF18052 (Rx_N); PF23247 (LRR_RPS2); PF23559 (WHD_DRP); PF23598 (LRR_14); PF25019 (LRR_R13L1-DRL21)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996068

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057777565.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057777562.1
3 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057777565.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057777562.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777565.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:33580502 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B111
Chr7:33580534 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B127,B24,B53,B72,D6
Chr7:33580536 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,B53
Chr7:33580757 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B25,B29
Chr7:33580765 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B75
Chr7:33580765 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B75
Chr7:33580882 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,B140
Chr7:33581082 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B129,C46,C51,D6,D9
Chr7:33581196 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D9
Chr7:33581376 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,B140
Chr7:33581403 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr7:33581519 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,B136,B46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777562.1
880 aa
N
1
440
880
Rx_N
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
LRR_R13L1-DRL21
C
PF18052 Rx_N 11-96 aa PF00931 NB-ARC 166-336 aa PF23559 WHD_DRP 419-490 aa PF23598 LRR_14 537-741 aa PF25019 LRR_R13L1-DRL21 654-788 aa
XP_057777564.1
880 aa
N
1
440
880
Rx_N
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
LRR_R13L1-DRL21
C
PF18052 Rx_N 11-96 aa PF00931 NB-ARC 166-336 aa PF23559 WHD_DRP 419-490 aa PF23598 LRR_14 537-741 aa PF25019 LRR_R13L1-DRL21 654-788 aa
XP_057777565.1
600 aa
N
1
300
600
LRR_14
LRR_RPS2
C
PF23598 LRR_14 168-365 aa PF23247 LRR_RPS2 489-576 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777562.1 Pfam PF18052 Rx_N Domain 11 96 2.2e-20 73.3 Rx N-terminal domain
XP_057777562.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 166 336 2.5e-32 112.5 NB-ARC domain
XP_057777562.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 419 490 3.5e-24 85.4 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057777562.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 537 741 1e-28 100.9 Leucine-rich repeat region
XP_057777562.1 Pfam PF25019 LRR_R13L1-DRL21 Repeat 654 788 1.5e-38 132.2 R13L1/DRL21 LRRs
XP_057777564.1 Pfam PF18052 Rx_N Domain 11 96 2.2e-20 73.3 Rx N-terminal domain
XP_057777564.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 166 336 2.5e-32 112.5 NB-ARC domain
XP_057777564.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 419 490 3.5e-24 85.4 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057777564.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 537 741 1e-28 100.9 Leucine-rich repeat region
XP_057777564.1 Pfam PF25019 LRR_R13L1-DRL21 Repeat 654 788 1.5e-38 132.2 R13L1/DRL21 LRRs
XP_057777565.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 168 365 7.4e-12 45.4 Leucine-rich repeat region
XP_057777565.1 Pfam PF23247 LRR_RPS2 Repeat 489 576 3.4e-14 53.9 Plant disease resistance protein RPS2-like, leucine-rich repeats

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921582.1
AGGATTGGATTGTGCAGAGGGTTGATGGTGTTGCCACGTCAAATGATAGAGTCGTGGGCTTCGACGCTTGAGTATCTCTCGCTGGTGGAATTAAGCAGCCTAAGGAATCTACCAATGGTAATTGACTGCCTCTCAAAATCAGCTCGTCTCAGAGAATTGAGAATTGTTGGTATTCCTAAACTTTGGGCTTCTCGTAGTGTTAAGAGTTGGCCTTTTGACAACATGTGGAAATTAAGGATAGATGTTAGTGAGGAGTGGTC...
XM_057921581.1
TGAATGGTCATCCACAAGTCTTCAAGCATTCATTTACAAGAAAATAAAACAAGAGAAAATTATTTTACAACCTTTCTCATCCTGTTTCTCTCTCTCACAGCCAAATAATGGAAGGAGGTGTGTATGCTGCATCAATTGAAGTTACAGTTCAAAACCTGATCAACCTTTTGAAGGAAGTATCCTCTCTAATTCGAGGTGTCGATGAAGGTGCCAAACAGCTACGGATGACTTTGGCCATGATTGGAAGTTACTTGAATGAT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130996068
ATGTCTATTAGTGGCTTTGAAGAGTCCTCTTATATTCTTGATGGGGTGATTTCAAAGGTTCCTACGGGACACTCAAATTCTTCATCAATTTCAGAATACGAAATTGAGCAGCAATTTGCAGATAAAATTGAACAAGAGGGTATCCTCTCGGAGGATAGTAAAACAGAGATGTCTATTAGTGGCTTTGATTCACAGCAAAGAGTTGAATCAGAGTGCCATGGAGAAATTCAGGCAATGAATGCGCAACAAGAAACTGAACC...
LOC130996068
ATGGAAGGAGGTGTGTATGCTGCATCAATTGAAGTTACAGTTCAAAACCTGATCAACCTTTTGAAGGAAGTATCCTCTCTAATTCGAGGTGTCGATGAAGGTGCCAAACAGCTACGGATGACTTTGGCCATGATTGGAAGTTACTTGAATGATGCCGCGAAGAAGTCCATCACCCACGATGCTGTCAAGGTCTGGTTGAGAGAGGTTGAAGCAGTGGCTTTCGATGCTGATAATGTTTTGGATGAACTGAGCTATCATCT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057777562.1
MEGGVYAASIEVTVQNLINLLKEVSSLIRGVDEGAKQLRMTLAMIGSYLNDAAKKSITHDAVKVWLREVEAVAFDADNVLDELSYHLLHNKMKTPKNKVLSFFSSFDHIAGPRNPAHTIKQINADFKSMNKRAAELGLESIVVNAPAAAFETDPFTLDPIFIGKDDVVSEIVELFSESPEEQMMSILAIVGMGGIGKTTLTRKVFTHKKINARFKSLIWVHVSQCSDPIILFKKIFSTLTSHKSDGVESAEVILQKLQEI...
XP_057777564.1
MEGGVYAASIEVTVQNLINLLKEVSSLIRGVDEGAKQLRMTLAMIGSYLNDAAKKSITHDAVKVWLREVEAVAFDADNVLDELSYHLLHNKMKTPKNKVLSFFSSFDHIAGPRNPAHTIKQINADFKSMNKRAAELGLESIVVNAPAAAFETDPFTLDPIFIGKDDVVSEIVELFSESPEEQMMSILAIVGMGGIGKTTLTRKVFTHKKINARFKSLIWVHVSQCSDPIILFKKIFSTLTSHKSDGVESAEVILQKLQEI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器