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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003162

染色体: Chr07 坐标: 33605990-33614096 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003162
名称SmilChr07G003162
描述phragmoplastin DRP1C
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向33605990 - 33614096 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996074
GeneID130996074
locus_tag-
NCBI NameLOC130996074
原始查询LOC130996074

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phragmoplastin DRP1C
产物phragmoplastin DRP1C
ArabidopsisAT1G14830 (DL1C)
DYNAMIN-like 1C [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838048]
identity=83.2; qcov=0.975; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0713100
-
identity=81.8; qcov=0.97; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003924 (GTPase activity); GO:0005525 (GTP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005874 (microtubule); GO:0008017 (microtubule binding); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF00350 (Dynamin_N); PF01031 (Dynamin_M); PF02212 (GED)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996074

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057777572.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057777573.1
3 Cytoskeleton 细胞骨架 0.60000 XP_057777573.1
4 Clathrin-coated vesicle Clathrin-coated vesicle 0.60000 XP_057777572.1
5 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.40000 XP_057777573.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:33606205 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,B101
Chr7:33607286 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr7:33607568 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr7:33608276 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr7:33608628 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C18,C35,C40
Chr7:33609663 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D9
Chr7:33609693 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B111
Chr7:33609766 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr7:33613419 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,C54
Chr7:33613519 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr7:33613522 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A24
Chr7:33613694 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777572.1
610 aa
N
1
305
610
Dynamin_N
Dynamin_M
GED
C
PF00350 Dynamin_N 38-213 aa PF01031 Dynamin_M 221-489 aa PF02212 GED 516-607 aa
XP_057777573.1
526 aa
N
1
263
526
Dynamin_N
Dynamin_M
GED
C
PF00350 Dynamin_N 17-129 aa PF01031 Dynamin_M 137-405 aa PF02212 GED 432-523 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777572.1 Pfam PF00350 Dynamin_N Domain 38 213 6.1e-55 186.5 Dynamin family
XP_057777572.1 Pfam PF01031 Dynamin_M Family 221 489 2.4e-63 214.7 Dynamin central region
XP_057777572.1 Pfam PF02212 GED Family 516 607 4.5e-23 81.9 Dynamin GTPase effector domain
XP_057777573.1 Pfam PF00350 Dynamin_N Domain 17 129 5.3e-30 105.4 Dynamin family
XP_057777573.1 Pfam PF01031 Dynamin_M Family 137 405 2.1e-63 214.9 Dynamin central region
XP_057777573.1 Pfam PF02212 GED Family 432 523 3.6e-23 82.3 Dynamin GTPase effector domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921589.1
AAATATATCAAAGTATATTTGGTAACACGTCCTCGACCGTTTTTCCGTTTCCCTCTCCCTCTCTCTCTCTCAGATTCATTTCTGTGATCAAGTGCTAACACAGATCCGATCCCAATTTCTCAACATTCACTGCCATTTTACGCACCTCCAAACATGGCGACGATGGAAAGCTTAATCGGCTTAGTCAACAGAATTCAAAGAGCATGCACTGTGTTGGGCGATCACGGTGGCGAAGGCATGTCTCTCTGGGAAGCCCTTCC...
XM_057921590.1
AGTTCGGGAAAATCATCGGTCCTCGAGAGCGTCGTCGGGAGAGATTTTCTGCCTCGTGGATCCGGCATTGTGACGAGGAGGCCATTGGTATTACAACTCCATAAAACGGAAGGAGGGACAGAGTACGCAGAGTTTCTACATGCACCAAGGAAGAAATTTGCTGACTTTGGCATTTTTGGATGGTGCAGCTGCTGTTCGGAAAGAGATAGCAGATGAGACAGATCGCATAACAGGGCAGACCAAACAAATTTCCAATGTTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130996074
ATGGCGACGATGGAAAGCTTAATCGGCTTAGTCAACAGAATTCAAAGAGCATGCACTGTGTTGGGCGATCACGGTGGCGAAGGCATGTCTCTCTGGGAAGCCCTTCCGTCCGTCGCCGTCGTCGGCGGCCAGAGTTCGGGAAAATCATCGGTCCTCGAGAGCGTCGTCGGGAGAGATTTTCTGCCTCGTGGATCCGGCATTGTGACGAGGAGGCCATTGGTATTACAACTCCATAAAACGGAAGGAGGGACAGAGTACGC...
LOC130996074
ATGCACCAAGGAAGAAATTTGCTGACTTTGGCATTTTTGGATGGTGCAGCTGCTGTTCGGAAAGAGATAGCAGATGAGACAGATCGCATAACAGGGCAGACCAAACAAATTTCCAATGTTCCTATCCACTTGAGCATTTATTCACCTAATGTCGTAAATTTAACCCTCATTGATCTTCCGGGATTGACAAAGGTAGCTGTAGAGGGACAGCCAGAGACTATCGTTCAAGATATAGAAATGATGGTGCGTTCTTATGTTGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057777572.1
MATMESLIGLVNRIQRACTVLGDHGGEGMSLWEALPSVAVVGGQSSGKSSVLESVVGRDFLPRGSGIVTRRPLVLQLHKTEGGTEYAEFLHAPRKKFADFAAVRKEIADETDRITGQTKQISNVPIHLSIYSPNVVNLTLIDLPGLTKVAVEGQPETIVQDIEMMVRSYVEKPNCIILAISPANQDIATSDAIKLAREVDATGERTFGVLTKLDLMDKGTNALDVLEGRSYRLVYPWVGIVNRSQADINKNVDMIAARQK...
XP_057777573.1
MHQGRNLLTLAFLDGAAAVRKEIADETDRITGQTKQISNVPIHLSIYSPNVVNLTLIDLPGLTKVAVEGQPETIVQDIEMMVRSYVEKPNCIILAISPANQDIATSDAIKLAREVDATGERTFGVLTKLDLMDKGTNALDVLEGRSYRLVYPWVGIVNRSQADINKNVDMIAARQKEREYFESSPEYGHLSHKMGAEYLAKLLSQHLEKVIRQRIPSIIALINKTIDELNAELDRIGRPVGVDGGAQLYTILEMCRAFDR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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