Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003132`

染色体: Chr07 坐标: 33256420-33260459 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003132`
名称	SmilChr07G003132
描述	patatin-like protein 2
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	33256420 - 33260459 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996078`
GeneID	`130996078`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996078`
原始查询	`LOC130996078`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	patatin-like protein 2
产物	patatin-like protein 2
Arabidopsis	`AT2G26560` (PLA2A) phospholipase A 2A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817197] identity=56.4; qcov=0.783; evalue=1.03e-150; confidence=high
Rice	`Os11g0614400` (OspPLAIItheta) - identity=53.3; qcov=0.783; evalue=1.7e-148; confidence=high
GO	GO:0004620 (glycerophospholipase activity); GO:0006629 (lipid metabolic process); GO:0047372 (monoacylglycerol lipase activity)
KEGG	-
Pfam	PF01734 (Patatin)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996078

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057777577.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057777577.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057777577.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057777577.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057777577.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:33256619`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr7:33256694`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C68
`Chr7:33256838`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B129
`Chr7:33257034`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33
`Chr7:33257107`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A22,B110,C24,C9,D10
`Chr7:33257750`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B129,B140,D10
`Chr7:33257795`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B129,D10
`Chr7:33257947`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr7:33258281`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B63,B65,C67
`Chr7:33258361`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B63,B65,C63,C67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777577.1

498 aa

249

498

Patatin

PF01734 Patatin 20-226 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777577.1`	Pfam	`PF01734`	Patatin	Domain	20	226	6.6e-26	92.4	Patatin-like phospholipase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921594.1
ATAGTTTTCAATTTCATTTCAAATTTTCACACATGCACGCATTGTATACATATCAATAAATAAGACGTATCGTTGTGCACTATCTACATCACATATATCAATAAGTAGTTCCATTTTTTGTCTTATCAATGGAAAGGACCTCATTTTTCCATGAACCAAAGAAGCAGCAAAGATATGTGACGGTCCTCAGCATCGACGGCGGCGGCATCAAAGGTATCCTCCCCGCCGTTATCCTGGAGTGCCTGGAGTCGCAGCTGCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130996078
ATGGAAAGGACCTCATTTTTCCATGAACCAAAGAAGCAGCAAAGATATGTGACGGTCCTCAGCATCGACGGCGGCGGCATCAAAGGTATCCTCCCCGCCGTTATCCTGGAGTGCCTGGAGTCGCAGCTGCAGGCATTAGACGGCGAGGAAGCAAGAATAGCAGACTACTTCGACGTGATAGCCGGGACGAGCACAGGCGGCCTCGTCACGGCCATGCTCACAGCTCCGGACAAAAACAATCGCCCTCTTTACACTGCCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057777577.1
MERTSFFHEPKKQQRYVTVLSIDGGGIKGILPAVILECLESQLQALDGEEARIADYFDVIAGTSTGGLVTAMLTAPDKNNRPLYTAKDIKPFYLNNCPKIFPQPHCQSLFPFVKWVKSLKGPLYDGGHLHRVLTETLKDTKLSDAITNVIIPAFDIKLLQPVIFSTYEARKSALANAKLSDICISTSAAPTFLPGHKFATHDGKGSVRKYNLIDGGVAANNPALIAVAEVTKQMFDSNVNFFHTRPSDYPRLLTISLGTG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器