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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003267

染色体: Chr07 坐标: 34430184-34435007 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003267
名称SmilChr07G003267
描述MACPF domain-containing protein At1g14780
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向34430184 - 34435007 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996146
GeneID130996146
locus_tag-
NCBI NameLOC130996146
原始查询LOC130996146

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述MACPF domain-containing protein At1g14780
产物MACPF domain-containing protein At1g14780
ArabidopsisAT1G14780 (AT1G14780)
MAC/Perforin domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838043]
identity=54.8; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0736300
-
identity=51.9; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0009626 (plant-type hypersensitive response); GO:2000031 (regulation of salicylic acid mediated signaling pathway)
KEGG-
PfamPF01823 (MACPF)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996146

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057777635.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057777635.1
3 Secreted 分泌到胞外 0.40000 XP_057777635.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057777635.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777635.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:34430421 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A24,B140,B35
Chr7:34430574 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 144 A10,A13,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A23,A24,A5,A6,A7,A8,B1,B100,B106,B108,B109,B111,B113,B114,B118,B123,B125,B126,B127,B128,B13,B130,B133,B134,B136,B138,B140,B15,B16,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B23,B25,B26,B27,B28,B29,B30,B32,B33,B35,B36,B40,B46,B47,B49,B51,B53,B55,B56,B58,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B65,B66,B67,B69,B70,B71,B72,B73,B74,B76,B77,B78,B8,B80,B81,B83,B84,B89,B9,B94,B95,B96,C13,C16,C18,C19,C25,C27,C29,C3,C30,C31,C33,C34,C35,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C49,C5,C50,C51,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C60,C62,C63,C67,C71,C72,C77,C78,C8,C83,C84,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D7,D8
Chr7:34430746 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7
Chr7:34430773 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B59,C57,C83
Chr7:34430864 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A13
Chr7:34430923 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:34431863 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B20
Chr7:34431868 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B28,B49,B79,C61
Chr7:34431882 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,C25
Chr7:34432399 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B132,C35
Chr7:34434723 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B127
Chr7:34434730 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A15,B102

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777635.1
596 aa
N
1
298
596
MACPF
C
PF01823 MACPF 10-319 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777635.1 Pfam PF01823 MACPF Domain 10 319 4.6e-31 109.1 MAC/Perforin domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921652.1
CAAGACAAGAAACGGAATGAATCAAATACCATCATATCTCTTCCACTTTTAAACTCACTACTATATATATATACACACACACAAAATCTGTGTGCACAAAATCCATCATCATCTATGGTTTATTACATCTAGCAAAAAAAATATGAATGATGGAATTGTGCAGAGGGCTCTCTCCAGCCTGGGCAAGGGCTTCGATTTATCGTCGGATTTTCGACTGAAATACTGCAAGGGCGACGAGCGGCTCGTCGTCCTGAACGAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996146
ATGAATGATGGAATTGTGCAGAGGGCTCTCTCCAGCCTGGGCAAGGGCTTCGATTTATCGTCGGATTTTCGACTGAAATACTGCAAGGGCGACGAGCGGCTCGTCGTCCTGAACGAATCCGACACCCGGGAACTGCGGGTCCCGGGTTTCGGATCCTTGGCTGACGTGTCGAACGACATAAAATGCGATAAGGGTGAGCGTACGAGGTACCAGACCGACATCCTGGACTTCAAGCAGATGTCGGAATTTTTCAACCAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777635.1
MNDGIVQRALSSLGKGFDLSSDFRLKYCKGDERLVVLNESDTRELRVPGFGSLADVSNDIKCDKGERTRYQTDILDFKQMSEFFNQKCSLPGKIPSGLFNAMFGFQSGSWAVDASNTKNLGLDGYFIVLFTLHIHRYPLILAPHVRNAVPSKWDPAALARFIEKYGTHIIVGLSIGGEDVILVKQEKCSNMEASQLKNHLDNLGDQLFTGACTFSPHQCTKTKDQKNKAPQAFSEIFDPQPNLFSNYASATAKDGISVIC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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