同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;身份待核实的名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003316

染色体: Chr07 坐标: 35358573-35367870 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 IDSmilChr07G003316
名称SmilChr07G003316
描述uncharacterized SmilChr07G003316
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向35358573 - 35367870 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996183
GeneID130996183
locus_tag-
NCBI 名称LOC130996183
原始查询LOC130996183

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述golgin family A protein (DUF1664) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839346]; symbol=AT1G04960; hit=AT1G04960; species=arabidopsis; confidence=high
产物golgin family A protein (DUF1664) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839346]; symbol=AT1G04960; hit=AT1G04960; species=arabidopsis; confidence=high
拟南芥AT1G04960 (AT1G04960)
golgin family A protein (DUF1664) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839346]
identity=57.14; qcov=0.991; evalue=3.13e-126; confidence=high
水稻Os09g0482740
-
identity=58.8; qcov=0.837; evalue=9.12e-116; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF07889 (DUF1664)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996183

打开注释模块

亚细胞定位候选(最多五项)

预测得分表示模型支持程度,不能作为定位概率;所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,预测得分表示模型支持程度,不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核,原始投票全部一致。

排序定位位置预测得分蛋白 ID
1 线粒体 1.00000 XP_057777677.1
2 线粒体膜 1.00000 XP_057777677.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 参考等位基因 变异等位基因 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:35364679 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr7:35365096 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A13,B136
Chr7:35367250 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777677.1
319 aa
N
1
160
319
DUF1664
C
PF07889 DUF1664 91-214 aa
蛋白 ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value 得分 说明
XP_057777677.1 Pfam PF07889 DUF1664 Coiled-coil 91 214 1.1e-50 171.6 Protein of unknown function (DUF1664)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921694.1
ATTTGATAAACGGACGAAAATGAGTTTTGCCAGTTACATACTACGGCACTCCAGCTAAAAACTTAAACATGAAAAAGTTAAAATAAACAAAAAAGAAAATAAAATAAAATAAAAGAAAAAGGAAAAAGAAAGGAAAAACATGAAAATGGAATAGAAATATAGGAAAGTAACATTTTGCAGCAGTAGAGTAAAATTCAACCATGGCGATGCAGACGGGCGTAGCTGCTTCTAAGGTCCTCATCCTCGTCGGCGCAGGTGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080393.1_cds_XP_057777677.1_38620
ATGGCGATGCAGACGGGCGTAGCTGCTTCTAAGGTCCTCATCCTCGTCGGCGCAGGTGTTACTGGATCAGTCATCTTGAGGAGTGGACATTTGTCTGATTTGATTTCCCATCTTCAGGAGTTGATAACTAAGATAAATGAAGCTGAAACATCACCTGGAAAATATGATGCCTCTCTTCTCGCTGCTCAGGTTCGACAATTGGCTAAAGAGATCAAGGAGTTGAGTTTATCCAATCCAGTTACCATCTTTAATGGGAATTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777677.1
MAMQTGVAASKVLILVGAGVTGSVILRSGHLSDLISHLQELITKINEAETSPGKYDASLLAAQVRQLAKEIKELSLSNPVTIFNGNSSSSGSYASYILPAAAVGAMGYCYMWWKGWSFSDIMFVTKHNMASAVASVSKQLDNVTEAVASTKRHLTKRLENLDVKVDEQKEISKLIVNDVTNVRSNLNQIGCDLGSIHEMVSGLEGKIELLESKQDLTNSAVWYLCQVADNIKDGQSSKVFQDVEAKLIENKTITPESERT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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