Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003336`

染色体: Chr07 坐标: 35739848-35741977 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003336`
名称	SmilChr07G003336
描述	protein BASIC PENTACYSTEINE2-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	35739848 - 35741977 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996201`
GeneID	`130996201`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996201`
原始查询	`LOC130996201`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein BASIC PENTACYSTEINE2-like
产物	protein BASIC PENTACYSTEINE2-like
Arabidopsis	`AT2G01930` (BPC1) basic pentacysteine1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814724] identity=54.6; qcov=1.05; evalue=3.91e-104; confidence=high
Rice	`Os10g0114500` - identity=46; qcov=1.18; evalue=2.31e-79; confidence=high
GO	GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0009723 (response to ethylene); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding)
KEGG	-
Pfam	PF06217 (GAGA_bind)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996201

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057777694.1`
2	Nucleoplasm	核质	1.00000	`XP_057777694.1`
3	Nuclear body	核内小体	0.20000	`XP_057777694.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057777694.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057777694.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:35740927`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A23
`Chr7:35741045`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B60
`Chr7:35741084`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A20,C2,C27,C30,C54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777694.1

290 aa

145

290

GAGA_bind

PF06217 GAGA_bind 3-290 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777694.1`	Pfam	`PF06217`	GAGA_bind	Domain	3	290	1.5e-103	347.7	GAGA binding protein-like family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921711.1
AGATATGTTTTTTATATTAAATGCGGAAATCTATTTGATGAAAACTCAATTTTGAGGGCCTCTCTCTGTCTCTCTCTGGTTTCTATCTTCTCTCTCTTCTCTCTCAATTCTCTCTCCTCTCTCCTCTCTCCAGAAGGAAAAAAAACCTAAAAGAGCTGTTTACCCACAAATCTGTAGATTATATGGACGAGGACAGCCTAAGGAATTGGGGTTATTATGAACCTCCCCTTAAAGGGCTCGGTCTCCAGCTCATGTCGTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130996201
ATGGACGAGGACAGCCTAAGGAATTGGGGTTATTATGAACCTCCCCTTAAAGGGCTCGGTCTCCAGCTCATGTCGTCTCTGGCAGAGCGAGACACAAAGCCTTTTCTATCTGGGCGCGACAATCCTGTAATGGTTTCAGCGAATGGTGCCTTCCATCACCGAGATTGTGTTGTTACTGAACCACCAGTCACACACATGGACTACGTTAGGGATAGCTGGATAAACCATAGGGAGAAGTTCTTGCATATGTTCCCAGGGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057777694.1
MDEDSLRNWGYYEPPLKGLGLQLMSSLAERDTKPFLSGRDNPVMVSANGAFHHRDCVVTEPPVTHMDYVRDSWINHREKFLHMFPGNPYSSVLAESSGSHHPMQMVQQPQQQPPQQQPETAKETRPSMEEPVVKKESGPAKKRAAAATPKTPKAKKPRKNPAPKENGNGNPSVQRAKTAKKNVEVVINGIDMDITGIPIPVCSCTGTPQQCYRWGCGGWQSACCTTTISMYPLPMSQKRRGARIAGRKMSQGAFKKVLEK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器