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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003350

染色体: Chr07 坐标: 35971281-35987311 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003350
名称SmilChr07G003350
描述protein ACCUMULATION AND REPLICATION OF CHLOROPLASTS 3, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向35971281 - 35987311 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996213
GeneID130996213
locus_tag-
NCBI NameLOC130996213
原始查询LOC130996213

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein ACCUMULATION AND REPLICATION OF CHLOROPLASTS 3, chloroplastic
产物protein ACCUMULATION AND REPLICATION OF CHLOROPLASTS 3%2C chloroplastic
ArabidopsisAT1G75010 (ARC3)
GTP binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843839]
identity=43.6; qcov=0.819; evalue=1.48e-143; confidence=medium
RiceOs09g0555600 (ARC3)
-
identity=49.8; qcov=0.363; evalue=9.72e-76; confidence=low
GOGO:0005829 (cytosol); GO:0009707 (chloroplast outer membrane); GO:0010020 (chloroplast fission); GO:0035452 (extrinsic component of plastid membrane)
KEGG-
PfamPF02493 (MORN)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996213

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057777708.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.80000 XP_057777710.1
3 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.40000 XP_057777708.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777708.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777708.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:35971523 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C2,C27,C30
Chr7:35971634 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C12
Chr7:35971634 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 C12
Chr7:35976497 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr7:35980371 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr7:35981036 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 D4
Chr7:35981036 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 D4
Chr7:35981964 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132
Chr7:35982326 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:35982467 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:35986844 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777708.1
768 aa
N
1
384
768
MORN
MORN
MORN
C
PF02493 MORN 632-653 aa PF02493 MORN 655-677 aa PF02493 MORN 678-700 aa
XP_057777709.1
763 aa
N
1
382
763
MORN
MORN
MORN
C
PF02493 MORN 627-648 aa PF02493 MORN 650-672 aa PF02493 MORN 673-695 aa
XP_057777710.1
686 aa
N
1
343
686
MORN
MORN
MORN
C
PF02493 MORN 550-571 aa PF02493 MORN 573-595 aa PF02493 MORN 596-618 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777708.1 Pfam PF02493 MORN Repeat 632 653 1.1e-09 38.3 MORN repeat
XP_057777708.1 Pfam PF02493 MORN Repeat 655 677 1.1e-09 38.3 MORN repeat
XP_057777708.1 Pfam PF02493 MORN Repeat 678 700 1.1e-09 38.3 MORN repeat
XP_057777709.1 Pfam PF02493 MORN Repeat 627 648 1e-09 38.4 MORN repeat
XP_057777709.1 Pfam PF02493 MORN Repeat 650 672 1e-09 38.4 MORN repeat
XP_057777709.1 Pfam PF02493 MORN Repeat 673 695 1e-09 38.4 MORN repeat
XP_057777710.1 Pfam PF02493 MORN Repeat 550 571 6e-10 39.1 MORN repeat
XP_057777710.1 Pfam PF02493 MORN Repeat 573 595 6e-10 39.1 MORN repeat
XP_057777710.1 Pfam PF02493 MORN Repeat 596 618 6e-10 39.1 MORN repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921725.1
GGATATTAACAAAATTAAAATTGAGTGACAATTTTATAGTCTAATATTGAAGAAAAATAATCCGTTTTTTTTTTCTTTGAAAAAAGAAAAATAATCCGTTAAATCTAAAAGTTTGCAACTGTCGGAGGAGCCCTTCCTCGTCCACCAGCTCCCGCCTCCTCCACCTCCACGACGGCACGCCGTATAAAGTTTCCGCCGATAGCCCATGAACCTTTTCTACCCCAATACCACTGCGCCACATTCCTTCTCACGCCTTTCAT...
XM_057921726.1
AATTTTATAGTCTAATATTGAAGAAAAATAATCCGTTTTTTTTTTCTTTGAAAAAAGAAAAATAATCCGTTAAATCTAAAAGTTTGCAACTGTCGGAGGAGCCCTTCCTCGTCCACCAGCTCCCGCCTCCTCCACCTCCACGACGGCACGCCGTATAAAGTTTCCGCCGATAGCCCATGAACCTTTTCTACCCCAATACCACTGCGCCACATTCCTTCTCACGCCTTTCATCCTTTCCACAAACAACCCTCCATAAACGC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130996213
ATGAACCTTTTCTACCCCAATACCACTGCGCCACATTCCTTCTCACGCCTTTCATCCTTTCCACAAACAACCCTCCATAAACGCCGTTCTAAGTTGTTTGTCGGATGCCGCTCAAATTCCATCAAACAGAAATTAAGCTGCAATTGCGTCACTTCTAGCTGCGAAAGTAGCAGTGGGCGTAGCAATGGCGGTAGTGATACGTCGGGGGAATGCGGCGAGTGCCTGGACGTGATAGTGGTGGGCAGCCGGAAAGATGCGCT...
LOC130996213
ATGAACCTTTTCTACCCCAATACCACTGCGCCACATTCCTTCTCACGCCTTTCATCCTTTCCACAAACAACCCTCCATAAACGCCGTTCTAAGTTGTTTGTCGGATGCCGCTCAAATTCCATCAAACAGAAATTAAGCTGCAATTGCGTCACTTCTAGCTGCGAAAGTAGCAGTGGGCGTAGCAATGGCGGTAGTGATACGTCGGGGGAATGCGGCGAGTGCCTGGACGTGATAGTGGTGGGCAGCCGGAAAGATGCGCT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057777708.1
MNLFYPNTTAPHSFSRLSSFPQTTLHKRRSKLFVGCRSNSIKQKLSCNCVTSSCESSSGRSNGGSDTSGECGECLDVIVVGSRKDALLDFCSASPFLSPVLRFWNVLGADSEQVQLQQRFASKDSTPRTVEDFLAWHTSKAVILVASAAYGSDHITALEVLSNVKSGNGFVVGIILMPFSFEGKRRQDEVKDLVGKLQKQTNFCIVLETDTLLENDLVTLDEALRTTNNAVLMAIYTISILLSEKHMKFLSAKDDSIREI...
XP_057777709.1
MNLFYPNTTAPHSFSRLSSFPQTTLHKRRSKLFVGCRSNSIKQKLSCNCVTSSCESSSGRSNGGSDTSGECGECLDVIVVGSRKDALLDFCSASPFLSPVLRFWNVLGADSEQVQLQQRFASKDSTPRTVEDFLAWHTSKAVILVASAAYGSDHITALEVLSNVKSGNGFVVGIILMPFSFEGKRRQDEVKDLVGKLQKQTNFCIVLETDTLLENDLVTLDEALRTTNNAVLMAIYTISILLSEKHMKFLSAKDDSIREI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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