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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003354

染色体: Chr07 坐标: 36025627-36030300 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003354
名称SmilChr07G003354
描述NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向36025627 - 36030300 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996217
GeneID130996217
locus_tag-
NCBI NameLOC130996217
原始查询LOC130996217

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
产物NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
ArabidopsisAT2G02050 (AT2G02050)
NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814736]
identity=74.8; qcov=1.03; evalue=2.9e-50; confidence=medium
RiceOs03g0129900
-
identity=71.6; qcov=0.95; evalue=6.55e-44; confidence=medium
GOGO:0005739 (mitochondrion); GO:0005747 (GO:0005747)
KEGGsmil00190 (Oxidative phosphorylation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF05676 (NDUF_B7)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996217

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057777713.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057777713.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 1.00000 XP_057777713.1
4 Mitochondrion intermembrane space Mitochondrion intermembrane space 0.80000 XP_057777713.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777713.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:36025858 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr7:36025883 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:36026012 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B8,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777713.1
100 aa
N
1
50
100
NDUF_B7
C
PF05676 NDUF_B7 11-73 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777713.1 Pfam PF05676 NDUF_B7 Family 11 73 3.2e-30 104.3 NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit (NDUFB7)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921730.1
AACAAAAAAAAAGAAAAGAAAAAAAGTTTACTTCTACTTTCCCAAAAGCATCAGCAACCCTAACACACGAGATCAAAATCGAAAATTTCCCAGAAATCAAACGAAACCCATTCCCCAAATCTACAAATTCAATTCACCATCTGATTCCTTCAATGGAGGCCCCGGGCTCATCGAAGAAGATGATAGCGACGCAGGAGGAGATGGTGGAGGCGAAAGTGCCGCTGGCTTACAGAGACCAGTGCGCCCATCTGCTCATCCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996217
ATGGAGGCCCCGGGCTCATCGAAGAAGATGATAGCGACGCAGGAGGAGATGGTGGAGGCGAAAGTGCCGCTGGCTTACAGAGACCAGTGCGCCCATCTGCTCATCCCCCTCAACAAATGCCGGCAGGCGGAGCTCTACCTGCCGTGGAAGTGCGGGTCGGAACGACACTCCTACGAGAAGTGTGAGTACGAGCTCGTCATGGAACGGATGCTCCAGATGCAGAAGATCCGCGAGCGCGAGGCCCAGTTGAAGGTGGGATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777713.1
MEAPGSSKKMIATQEEMVEAKVPLAYRDQCAHLLIPLNKCRQAELYLPWKCGSERHSYEKCEYELVMERMLQMQKIREREAQLKVGSSQPIPLIPKTANA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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